Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 965ef8e)
Moved 11 annotations from TO:0000488 seed composition quality trait
authorLaurel Cooper <cooperl@oregonstate.edu>
Thu, 8 May 2025 21:51:15 +0000 (14:51 -0700)
committerLaurel Cooper <cooperl@oregonstate.edu>
Thu, 8 May 2025 21:51:15 +0000 (14:51 -0700)
to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc patch | blob | history

diff --git a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
index 30597131968da6cc528d98da968c23e56742e598..ac007dbab5e4a7ea7857b9c7e67dc332371ac0fc 100644 (file)
--- a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
+++ b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
@@ -1190,7 +1190,7 @@ GR_gene   GR:0060502      lhs             TO:0000377      GR_REF:55       IMP             T       leafy hull sterile      lhs2|op g
 GR_gene        GR:0060502      lhs             TO:0000436      GR_REF:55       IMP             T       leafy hull sterile      lhs2|op gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060502      lhs             TO:0000499      GR_REF:55       IMP             T       leafy hull sterile      lhs2|op gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060508      LMX             TO:0000079      GR_REF:1792     IMP             T       LONG LEMMA      lmx|long lemma|lmx|long lemma   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0060509      LOX3            TO:0000488      GR_REF:6120     IMP             T       LIPOXYGENASE 3  Lox3|Lipoxygenase-3|Lox3|Lipoxygenase-3 gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0060509      LOX3            TO:0000599      GR_REF:6120     IMP             T       LIPOXYGENASE 3  Lox3|Lipoxygenase-3|Lox3|Lipoxygenase-3 gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060510      LP1             TO:0000079      GR_REF:4517     IMP             T       LONG PALEA 1    lp1|long palea-1|lp1|long palea-1       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060511      LP2             TO:0000079      GR_REF:4517     IMP             T       LONG PALEA 2    lp2|long palea-2|lp2|long palea-2       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060512      LR              TO:0000276      GR_REF:5931     IMP             T       LEAF ROLLING UNDER DROUGHT STRESS       lr|leaf unrolling under drought stress|lr|leaf unrolling under drought stress   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1404,7 +1404,7 @@ GR_gene   GR:0061034      XAH             TO:0000175      GR_REF:5208     IMP             T       XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV.
 GR_gene        GR:0061035      XA              TO:0000175      GR_REF:1087     IMP             T       XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. ORYZAE RESISTANCE    Xanthomonas campestris pv. oryzae resistance|RXa26|Xa(t)*|Xa(t)|Xanthomonas oryzae pv. oryzae resistance|Xa(t)|Xanthomonas oryzae pv. oryzae resistance gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061036      XAK             TO:0000175      GR_REF:2467     IMP             T       XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. ORYZAE RESISTANCE K  xak*|Xanthomonas campestris pv. oryzae resistance-k|rXa27|xak|Xanthomonas oryzae pv. oryzae resistance-k|xak|Xanthomonas oryzae pv. oryzae resistance-k gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061046      YSL             TO:0000063      GR_REF:2096     IMP             T       YELLOW LEAF SPOT        yellow leaf spot|ysl|lrd23|lesion resembling disease-23|lrd23|lesion resembling disease-23      gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061070      acl             TO:0000488      GR_REF:9778     IMP             T       amylopectin chain length        acl(t)  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061070      acl             TO:0000097      GR_REF:9778     IMP             T       amylopectin chain length        acl(t)  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061073      Aox1            TO:0000432      GR_REF:8268     IMP             T       Alternative oxidase-1   AOX1a*|alternative oxidase-1a   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061074      Aox2            TO:0000432      GR_REF:8268     IMP             T       Alternative oxidase-2   alternative oxidase-1b|AOX1b*   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061075      Aox3            TO:0000303      GR_REF:8268     IMP             T       Alternative oxidase-3   AOX1c*|alternative oxidase-1c   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1441,10 +1441,10 @@ GR_gene GR:0061103      ms90            TO:0000067      GR_REF:9775     IMP             T       male sterile-90 tgms*|the
 GR_gene        GR:0061108      Oskn2           TO:0000492      GR_REF:0        IMP             T       Class 1 KNOX gene               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061109      Oskn3           TO:0000492      GR_REF:0        IMP             T       Class 1 KNOX gene               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061110      OsRS2           TO:0000492      GR_REF:10156    IMP             T       Rough sheath-2          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061111      OsSSI           TO:0000488      GR_REF:1492     IMP             T       Starch synthase-I               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061112      OsSSIIa         TO:0000488      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-IIa             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061113      OsSSIIb         TO:0000488      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-IIb             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061114      OsSSIII         TO:0000488      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-III             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061111      OsSSI           TO:0000599      GR_REF:1492     IMP             T       Starch synthase-I               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061112      OsSSIIa         TO:0000599      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-IIa             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061113      OsSSIIb         TO:0000599      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-IIb             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061114      OsSSIII         TO:0000599      GR_REF:0        IMP             T       Starch synthase-III             gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061116      pla1            TO:0000050      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron1|plt1|plastochron-1|LOC_Os10g26340  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061116      pla1            TO:0000369      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron1|plt1|plastochron-1|LOC_Os10g26340  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061116      pla1            TO:0000621      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron1|plt1|plastochron-1|LOC_Os10g26340  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1452,7 +1452,7 @@ GR_gene   GR:0061116      pla1            TO:0000659      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron
 GR_gene        GR:0061116      pla1            TO:0000730      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron1|plt1|plastochron-1|LOC_Os10g26340  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061116      pla1            TO:0002638      GR_REF:6958     IMP             T       plastochron 1   plastochron1|plt1|plastochron-1|LOC_Os10g26340  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061117      PMR             TO:0000299      GR_REF:5560     IMP             T       PURPLE MIDRIB   Plm|Pmr|Purple midrib|Pmr|Purple midrib gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061119      psy             TO:0000488      GR_REF:10149    IMP             T       plant phytoene synthase         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061119      psy             TO:0000599      GR_REF:10149    IMP             T       plant phytoene synthase         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061120      Rf10            TO:0000308      GR_REF:2579     IMP             T       Pollen fertility restoration-10 Pollen fertility restoration-b|Rfb      gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061121      Rf11            TO:0000308      GR_REF:2579     IMP             T       Pollen fertility restoration-11 Rfc|Pollen fertility restoration-c      gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061122      Rf13            TO:0000308      GR_REF:2579     IMP             T       Pollen fertility restoration-13 Rfb|Pollen fertility restoration-b      gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1507,11 +1507,11 @@ GR_gene GR:0061367      rml1            TO:0000074      GR_REF:8240     IMP             T       GT1-like transcription fa
 GR_gene        GR:0061367      rml1            TO:0000075      GR_REF:8240     IMP             T       GT1-like transcription factor-1B                gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061369      COP1            TO:0000075      GR_REF:10300    IMP             T       Constitutively photomorphogenic gene            gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061374      Hsa-1Og         TO:0000384      GR_REF:9824     IMP             T       Cyst nematode (Heterodera sacchari) resistance          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061376      lpa1            TO:0000488      GR_REF:7021     IMP             T       low phytic acid content         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061376      lpa1            TO:0000281      GR_REF:7021     IMP             T       low phytic acid content         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061377      Ltp1            TO:0000074      GR_REF:6909     IMP             T       Lipid transfer protein          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061377      Ltp1            TO:0000164      GR_REF:6909     IMP             T       Lipid transfer protein          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061378      MIPS            TO:0000064      GR_REF:5173     IMP             T       Myo-inositol-1-phosphate synthase               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061378      MIPS            TO:0000488      GR_REF:5173     IMP             T       Myo-inositol-1-phosphate synthase               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061378      MIPS            TO:0000599      GR_REF:5173     IMP             T       Myo-inositol-1-phosphate synthase               gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061380      OsEDR1          TO:0000164      GR_REF:8022     IMP             T       Mitogen-activated protein kinase (MAPK) kinase          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061382      OsGA3OX2                TO:0000401      GR_REF:6531     IMP             T       Gibberellin(GA)-3 beta-hydroxylase-2            gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061382      OsGA3OX2                TO:0000499      GR_REF:6531     IMP             T       Gibberellin(GA)-3 beta-hydroxylase-2            gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1552,7 +1552,7 @@ GR_gene   GR:0061423      Roc8            TO:0000492      GR_REF:10595    IMP             T       Rice outermost cell-spec
 GR_gene        GR:0061424      Roc9            TO:0000092      GR_REF:10595    IMP             T       Rice outermost cell-specific gene-9     Gl2-type homeobox       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061424      Roc9            TO:0000464      GR_REF:10595    IMP             T       Rice outermost cell-specific gene-9     Gl2-type homeobox       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061290      Sub2            TO:0000286      GR_REF:0        IMP             T       Submergence tolerance-2 OsGAPPH gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061080      crtI            TO:0000488      GR_REF:10149    IMP             T       bacterial phytoene desaturase involved in Beta-carotene         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061080      crtI            TO:0000599      GR_REF:10149    IMP             T       bacterial phytoene desaturase involved in Beta-carotene         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061295      ADS             TO:0000495      GR_REF:0        IMP             T       ADAXIAL SNOWY LEAF      ads|adaxial snowy leaf|ads|adaxial snowy leaf   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061296      Bph17           TO:0000424      GR_REF:0        IMP             T       Brown planthopper resistance-17 Brown planthopper resistance|Bph13(t)*  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061298      codA            TO:0000429      GR_REF:0        IMP             T       choline oxidase         gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
@@ -1564,7 +1564,7 @@ GR_gene   GR:0061306      hhg             TO:0000462      GR_REF:0        IMP             T       hyper-hardening glutinous ric
 GR_gene        GR:0061306      hhg             TO:0000510      GR_REF:0        IMP             T       hyper-hardening glutinous rice          gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061319      Hst54           TO:0000042      GR_REF:0        IMP             T       Hybrid sterility-54     Pollen semi-sterility|S28(t)*   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061307      hwe2            TO:0000046      GR_REF:0        IMP             T       hybrid weakness-e2      hybrid breakdown-l      gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061308      lcy             TO:0000488      GR_REF:10149    IMP             T       lycopene beta-cyclase           gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061308      lcy             TO:0000599      GR_REF:10149    IMP             T       lycopene beta-cyclase           gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061327      lk7             TO:0000734      GR_REF:0        IMP             T       long kernel-7   slender kernel from Oryza glumaepatula-1|slk1(t)* (sk1) gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061328      Lk8             TO:0000734      GR_REF:0        IMP             T       Long kernel-8   Slender kernel from Oryza glumaepatula-2|Slk2(t)* (Sk2) gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0060955      TMS1            TO:0000067      GR_REF:1526     IMP             T       THERMOSENSITIVE MALE STERILITY 1        thermosensitive male sterility-1|tms1 (TGMS)|ms80|male sterile-80|ms80|male sterile-80  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
Planteome associations