Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 178ffee)
Changed "Austin Meier" to "austin_meier" in z.mays gene assoc file.
authormeiera <meiera@localhost>
Mon, 4 Jan 2016 19:50:50 +0000 (19:50 +0000)
committermeiera <meiera@localhost>
Mon, 4 Jan 2016 19:50:50 +0000 (19:50 +0000)
svn path=/; revision=669

to-associations/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc patch | blob | history

diff --git a/to-associations/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc b/to-associations/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
index f88ee04899a44238bebfc948fabe4bfafc12e0af..b4fa9927ce0b8ae07415c464264c81cd25c9d26f 100644 (file)
--- a/to-associations/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
+++ b/to-associations/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
@@ -115,8 +115,8 @@ MaizeGDB    12148   dek1    grain shape     TO:0002730      PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G321753   th
 MaizeGDB       12197   du1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G141399   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12197   du1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G141399   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12197   du1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G141399   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       1219936 spi1    kernel number per ear   TO:0000937      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   The number of kernals on the cob is reduced     gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       1219936 spi1    tassel branch number    TO:0000813      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   number of tassel spikelets greatly reduced      gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       1219936 spi1    kernel number per ear   TO:0000937      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   The number of kernals on the cob is reduced     gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       1219936 spi1    tassel branch number    TO:0000813      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   number of tassel spikelets greatly reduced      gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 !MaizeGDB      12218   et1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G157574   surface of kernel strewn with small pits or indentations        gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12218   et1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G157574   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12218   et1     floury endosperm        TO:0000104      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G157574   interior floury gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
@@ -188,10 +188,10 @@ MaizeGDB  12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G70
 MaizeGDB       12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G701063   cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.       gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12553   pl1     endosperm color TO:0000487      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G701063   Aleuron has blotches of anthocyanin pigmentation        gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12553   pl1     variegated leaf TO:0000069      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G701063   striped leaves  gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12562   ps1     cotyledon       TO:0000750      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   pink coloration of scutellum    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12562   ps1     endosperm color TO:0000487      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   pink coloration of endosperm    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12562   ps1     cotyledon       TO:0000750      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   pink coloration of scutellum    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12562   ps1     endosperm color TO:0000487      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   pink coloration of endosperm    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       12562   ps1     leaf color      TO:0000326      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   Seedling leaves are white.      gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12562   ps1     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   viviparous embryo       gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12562   ps1     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G849107   viviparous embryo       gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       12573   tan1    cell cycle trait        TO:0000728      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G039113   irregular cell division placement in leaf epidermis (results in irregularly shaped cells)       gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12573   tan1    leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G039113   leaves short    gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12573   tan1    plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G039113   plant short     gene    taxon:4577      20150622        \r
@@ -210,16 +210,16 @@ MaizeGDB  12579   ra3     fascicled ear   TO:0000715      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G014729   e
 MaizeGDB       12595   rf2     anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Anthers shriveled       gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12595   rf2     male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Male sterile    gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12595   rf2     pollen free     TO:0000245      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Pollen absent or aborted.       gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-!MaizeGDB      12602   rgd1                    PMID:25774204   IMP                     GRMZM2G020187   leaf blade absent       gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-!MaizeGDB      12602   rgd1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G020187   difficulty emerging     gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+!MaizeGDB      12602   rgd1                    PMID:25774204   IMP                     GRMZM2G020187   leaf blade absent       gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+!MaizeGDB      12602   rgd1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G020187   difficulty emerging     gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       12602   rgd1    leaf shape      TO:0000492      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves divided gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves narrow  gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves thread-like     gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia polysora    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia sorghi      gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        resistant to Puccinia sorghi    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12616   rs1     leaf sheath anatomy and morphology trait        TO:0000835      PMID:24218490   IMP             T       GRMZM2G028041   leaf sheath is rough    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12616   rs1     leaf vein anatomy and morphology trait  TO:0000820      PMID:24218490   IMP             T       GRMZM2G028041   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves narrow  gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves thread-like     gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia polysora    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia sorghi      gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID:25805314   IMP             T       AC152495.1_FG002        resistant to Puccinia sorghi    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12616   rs1     leaf sheath anatomy and morphology trait        TO:0000835      PMID:24218490   IMP             T       GRMZM2G028041   leaf sheath is rough    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       12616   rs1     leaf vein anatomy and morphology trait  TO:0000820      PMID:24218490   IMP             T       GRMZM2G028041   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       12617   rs2     leaf sheath anatomy and morphology trait        TO:0000835      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G403620   leaf sheath is rough    gene    taxon:4577      20150619        \r
 MaizeGDB       12617   rs2     ligule anatomy and morphology trait     TO:0002748      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G403620   abnormality of ligule   gene    taxon:4577      20150619        \r
 MaizeGDB       12664   su1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G138060   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      gene    taxon:4577      20150619        \r
@@ -278,7 +278,7 @@ MaizeGDB    25995   crp1    seedling growth and development trait   TO:0000949      PMID:25774
 MaizeGDB       274903  dcd1    mitotic cell cycle trait        TO:0000730      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G083459   Leaf epidermis cell division asymmetric gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G083459   cork cells abnormal     gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G083459   silica cells abnormal   gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       30011   rld1    leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G109987   adaxial traits on the abaxial side of the leaves        gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       30011   rld1    leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G109987   adaxial traits on the abaxial side of the leaves        gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       30011   rld1    leaf rolling    TO:0000085      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G109987   leaves are rolled       gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 !MaizeGDB      30023   vp10                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G067176   seedling leaves stuck together  gene    taxon:4577      20150622        \r
 !MaizeGDB      30023   vp10                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G067176   tassels stuck together  gene    taxon:4577      20150622        !!\r
@@ -301,10 +301,10 @@ MaizeGDB  60438   bif2    inflorescence branching TO:0000050      PMID:21423772   IMP             T       GRMZ
 MaizeGDB       60468   dlf1    flowering time trait    TO:0002616      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G067921   mature plant 7-10 days later in flowering than normal   gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       60468   dlf1    node number     TO:0000634      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G067921   4-6 more nodes and leaves than normal.  gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       60468   dlf1    plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G321753   mature plant 2-3 feet taller than normal.       gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       60513   rth1    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G099056   root hairs fail to elongate     gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       60513   rth1    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G099056   root hairs fail to elongate     gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       60513   rth1    root shape      TO:0002710      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G099056   general term to describe abnormality in root system     gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G377215   root hair decreased length      gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G377215   root hairs fail to elongate     gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G377215   root hair decreased length      gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G377215   root hairs fail to elongate     gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       60537   tsh1    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G325850   abnormality of the tassel       gene    taxon:4577      20150622        \r
 !MaizeGDB      61077   ns1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G069028   Plants (stems) do not elongate in response to gibberellins.     gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       61077   ns1     internode length        TO:0000145      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G069028   internode elongation reduced    gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
@@ -327,15 +327,15 @@ MaizeGDB  854977  brk1    plant cell shape        TO:0002682      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G842
 MaizeGDB       86035   mac1    cell growth and development trait       TO:0002686      PMID:25713378   IMP             T       GRMZM2G027522   More archesporial cells in developing anthers   gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       86035   mac1    cell growth and development trait       TO:0002686      PMID:25713378   IMP             T       GRMZM2G027522   More archesporial cells in developing ovules.   gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       86035   mac1    sterility related trait TO:0000485      PMID:25713378   IMP             T       GRMZM2G027522   Male and female sterile.        gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       870601  sgo1    anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Anthers shriveled       gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       870601  sgo1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Male sterile    gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       870601  sgo1    pollen abortion type    TO:0000218      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Pollen absent or aborted.       gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Anthers shriveled       gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Male sterile    gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    pollen abortion type    TO:0000218      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Pollen absent or aborted.       gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 MaizeGDB       871231  pac1    endosperm color TO:0000487      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058292   Reduced pigmentation in aleurone        gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       886495  sal1    aleurone layer anatomy and morphology trait     TO:0000942      PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G117935   multiple cell layers in the aleurone tissue     gene    taxon:4577      20150622        \r
 !MaizeGDB      9017732 cf1                     PMID:25774204   IMP                     GRMZM2G026117   Leaves develop irregular nonclonal, yellow_green sectors, which leads to an appearance similar to military camouflage. Sectors can turn necrotic.       gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       9018083 vp15    vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G121468   kernels germinate while still on the ear        gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       9019783 caf2    leaf color      TO:0000326      PMID:25725436   IMP             T       AC199526.5_FG003        Seedling leaves are white.      gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       941309  rnc1    leaf color      TO:0000326      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G035820   Seedling leaves are white.      gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       941309  rnc1    leaf color      TO:0000326      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G035820   Seedling leaves are white.      gene    taxon:4577      20150619        austin_meier\r
 !MaizeGDB      969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   ligule on outside of leaf at base of auricle    gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 !MaizeGDB      969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   sometimes upper leaves may be crinkly (cr) or wab-like (wavy auricle in blade-like)     gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       969623  mwp1    leaf sheath auricle pubescence  TO:0002716      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G082264   may have hairy sheaths  gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
Planteome associations