Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
removed duplicate lines from GO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc
authormeiera <meiera@localhost>
Sat, 12 Sep 2015 00:07:17 +0000 (00:07 +0000)
committermeiera <meiera@localhost>
Sat, 12 Sep 2015 00:07:17 +0000 (00:07 +0000)
svn path=/; revision=543

go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc

index 2c158dff8ed8828d290b863c3c456dbabe90ab1f..07dbae43c9f55f2022da3508ec08df4ceace0d35 100644 (file)
@@ -1,54 +1,46 @@
-LIS    Medtr5g030920   nork    nodulation      GO:0009877      25774204        IMP             BP      Medtr5g030920   nodulation receptor kinase      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr5g086130   LYK3    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g086130   LYSIN MOTIF RECEPTOR-LIKE KINASE 3      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr5g086120   LYK4    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g086120   LYSIN MOTIF RECEPTOR-LIKE KINASE 4      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     floral whorl formation  GO:0048458      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     specification of petal identity GO:0010095      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     specification of sepal identity GO:0010096      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     stigma development      GO:0048480      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     style development       GO:0048479      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    AFI56799.1      NAM     vegetative meristem growth      GO:0010448      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    CAD48198.1      ENOD40  tissue development      GO:0009888      25774204        IMP             BP      CAD48198.1      Early nodulin 40        Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC   arbuscular mycorrhizal association      GO:0036377      25774204        IMP             BP      CAI29046.1      Allene-oxide cyclase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC   arbuscule       GO:0085041      25774204        IMP             CC      CAI29046.1      Allene-oxide cyclase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    CAR57918.1      MtCCD1  arbuscule       GO:0085041      25774204        IMP             CC      CAR57918.1      carotenoid cleavage dioxygenase 1       Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr2g005870   DMI1    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr2g005870   doesn't make infections 1       Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr5g022030   CDPK1   root hair       GO:0035618      25774204        IMP             CC      Medtr5g022030   calcium-dependent protein kinase 1      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   part_of [PO:0000256]\r
-LIS    Medtr7g084970   FTa1    flower development      GO:0009908      25774204        IMP             BP      Medtr7g084970   Similar to FLOWERING LOCUS T    Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr3g021180   cyp716A12       saponin biosynthetic process    GO:0016135      25774204        IMP             BP      Medtr3g021180   cytochrome P450 monoxygenase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr3g021350   cyp716A12       saponin biosynthetic process    GO:0016135      25774204        IMP             BP      Medtr3g021350   cytochrome P450 monoxygenase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr3g098560   SGL1    leaf morphogenesis      GO:0009965      25774204        IMP             BP      Medtr3g098560   single leaflet1 Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr3g099620   bHLH1   nodule morphogenesis    GO:0009878      25774204        IMP             BP      Medtr3g099620   basic helix loop helix 1        Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr3g106420   FLOT2   acetylene metabolic process     GO:0018864      25774204        IMP             BP      Medtr3g106420   Flotillin-like protein 2        Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr3g106420   FLOT2   formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr3g106420   Flotillin-like protein 2        Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr3g106430   FLOT4   acetylene metabolic process     GO:0018864      25774204        IMP             BP      Medtr3g106430   Flotillin-like protein 4        Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g106430   FLOT4   formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr3g106430   Flotillin-like protein 4        Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g106430   FLOT4   formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr3g106430   Flotillin-like protein 4        Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr5g014400   PALM1   compound leaf morphogenesis     GO:0060777      25774204        IMP             BP      Medtr5g014400   PALMATE-LIKE PENTAFOLIATA1      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN    cellular response to nitrogen levels    GO:0043562      25774204        IMP             BP      Medtr4g070970   super numeric nodules   Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009005]\r
 LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  acetylene metabolic process     GO:0018864      25774204        IMP             BP      Medtr4g084140   Nick-associated protein 1       Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr4g084140   Nick-associated protein 1       Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr4g084140   Nick-associated protein 1       Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000256]\r
 LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  nitrogenase activity    GO:0016163      25774204        IMP             BP      Medtr4g084140   Nick-associated protein 1       Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0003023]\r
-LIS    AFI56799.1      NAM     vegetative meristem growth      GO:0010448      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    AFI56799.1      NAM     floral whorl formation  GO:0048458      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    AFI56799.1      NAM     specification of sepal identity GO:0010096      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    AFI56799.1      NAM     specification of petal identity GO:0010095      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    AFI56799.1      NAM     style development       GO:0048479      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    AFI56799.1      NAM     stigma development      GO:0048480      25774204        IMP             BP      AFI56799.1      No Apical Meristem (null allele)        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr1g090320   LIN     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr1g090320   Lumpy infections        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr1g090320   LIN     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr1g090320   Lumpy infections        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr4g070970   SUNN    cellular response to nitrogen levels    GO:0043562      25774204        IMP             BP      Medtr4g070970   super numeric nodules   Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009005]\r
-LIS    Medtr8g106150   MtCre1  root development        GO:0048364      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g106150   MtCre1  cellular response to cytokinin stimulus GO:0071368      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g106150   MtCre1  nodule morphogenesis    GO:0009878      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g106150   MtCre1  formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    gravitropism    GO:0009630      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    negative regulation of growth   GO:0045926      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020100]\r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    negative regulation of growth   GO:0045926      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in PO:0009005]\r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    negative regulation of growth   GO:0045926      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in PO:0009005]\r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    defense response to fungus      GO:0050832      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g101410   Skl1    ethylene biosynthetic process   GO:0009693      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1   compound leaf morphogenesis     GO:0060777      25774204        IMP             BP      Medtr5g014400   PALMATE-LIKE PENTAFOLIATA1      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g019040   NFP     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g019040   Nod Factor Perception   Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g022030   CDPK1   root hair       GO:0035618      25774204        IMP             CC      Medtr5g022030   calcium-dependent protein kinase 1      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   part_of [PO:0000256]\r
 LIS    Medtr5g026850   CYCLOPS formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g026850   cyclops Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
 LIS    Medtr5g026850   CYCLOPS nodule morphogenesis    GO:0009878      25774204        IMP             BP      Medtr5g026850   cyclops Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr5g019040   NFP     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g019040   Nod Factor Perception   Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g098560   SGL1    leaf morphogenesis      GO:0009965      25774204        IMP             BP      Medtr3g098560   single leaflet1 Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
-LIS    CAI29046.1      MtAOC   arbuscular mycorrhizal association      GO:0036377      25774204        IMP             BP      CAI29046.1      Allene-oxide cyclase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    CAI29046.1      MtAOC   arbuscule       GO:0085041      25774204        IMP             CC      CAI29046.1      Allene-oxide cyclase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g099620   bHLH1   nodule morphogenesis    GO:0009878      25774204        IMP             BP      Medtr3g099620   basic helix loop helix 1        Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    CAR57918.1      MtCCD1  arbuscule       GO:0085041      25774204        IMP             CC      CAR57918.1      carotenoid cleavage dioxygenase 1       Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g055940   chitIII-3       spore germination       GO:0009847      25774204        IMP             BP      Medtr8g055940   class III chitinase     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g055940   chitIII-3       chlamydospore formation GO:0001410      25774204        IMP             BP      Medtr8g055940   class III chitinase     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g021350   cyp716A12       saponin biosynthetic process    GO:0016135      25774204        IMP             BP      Medtr3g021350   cytochrome P450 monoxygenase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr3g021180   cyp716A12       saponin biosynthetic process    GO:0016135      25774204        IMP             BP      Medtr3g021180   cytochrome P450 monoxygenase    Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr8g020200   ELF4    Circadian rhythm        GO:0007623      25774204        IMP             BP      Medtr8g020200   EARLY FLOWERING 4       Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    CAD48198.1      ENOD40  tissue development      GO:0009888      25774204        IMP             BP      CAD48198.1      Early nodulin 40        Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g085810   ERN     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr7g085810   ERF Required for Nodulation     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g030920   nork    nodulation      GO:0009877      25774204        IMP             BP      Medtr5g030920   nodulation receptor kinase      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g086120   LYK4    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g086120   LYSIN MOTIF RECEPTOR-LIKE KINASE 4      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr5g086130   LYK3    formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr5g086130   LYSIN MOTIF RECEPTOR-LIKE KINASE 3      Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g084970   FTa1    flower development      GO:0009908      25774204        IMP             BP      Medtr7g084970   Similar to FLOWERING LOCUS T    Gene    taxon:3880      20150629        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g085040   FTc     flower development      GO:0009908      25774204        IMP             BP      Medtr7g085040   FLOWERING LOCUS T c     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   
 LIS    Medtr7g085810   ERN     Signal transduction     GO:0007165      25774204        IMP             BP      Medtr7g085810   ERF Required for Nodulation     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
-LIS    Medtr7g085040   FTc     flower development      GO:0009908      25774204        IMP             BP      Medtr7g085040   FLOWERING LOCUS T c     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   
\ No newline at end of file
+LIS    Medtr7g085810   ERN     formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr7g085810   ERF Required for Nodulation     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    defense response to fungus      GO:0050832      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    ethylene biosynthetic process   GO:0009693      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    gravitropism    GO:0009630      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    negative regulation of growth   GO:0045926      25774204        IMP             BP      Medtr7g101410   Sickle 1        Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020100]\r
+LIS    Medtr8g020200   ELF4    Circadian rhythm        GO:0007623      25774204        IMP             BP      Medtr8g020200   EARLY FLOWERING 4       Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g055940   chitIII-3       chlamydospore formation GO:0001410      25774204        IMP             BP      Medtr8g055940   class III chitinase     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g055940   chitIII-3       spore germination       GO:0009847      25774204        IMP             BP      Medtr8g055940   class III chitinase     Gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  cellular response to cytokinin stimulus GO:0071368      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  formation of infection structure on or near host        GO:0075015      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  nodule morphogenesis    GO:0009878      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  root development        GO:0048364      25774204        IMP             BP      Medtr8g106150   Cytokinin Response1     Gene    taxon:3880      20150630        Ethan Johnson   \r