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raw | patch | inline | side by side (parent: f3ad7c8)
Revised annotations to TO:0000079, with new terms for lemma and palea morphology...
authorcooperl <cooperl@localhost>
Thu, 17 Mar 2016 19:55:15 +0000 (19:55 +0000)
committercooperl <cooperl@localhost>
Thu, 17 Mar 2016 19:55:15 +0000 (19:55 +0000)
svn path=/; revision=702

to-associations/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc patch | blob | history

diff --git a/to-associations/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc b/to-associations/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc
index a6343e7b91476b6ffa98178a5b4d13d194f8ee92..232fa4aec1b15bcdc907d1efc8c23c7469090135 100644 (file)
--- a/to-associations/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc
+++ b/to-associations/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc
@@ -18,11 +18,11 @@ GR_gene     GR:0060068      BC1     brittle culm    TO:0000200      PMID:12953108   IMP             T       Os03g0416200
 GR_gene        GR:0060068      BC1     grain shattering        TO:0000473      PMID:12953108   IMP             T       Os03g0416200    panicles brittle at green stage gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060068      BC1     grain shattering        TO:0000473      PMID:12953108   IMP             T       Os03g0416200    panicles brittle at mature stage        gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
 !GR_gene       GR:0060068      BC1                     PMID:12953108   IMP                     Os03g0416200    low content of alpha-cellulose in cell wall     gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060070      BC3     stem strength   TO:0000051      GR_gene:5651    IMP             T       Os02g0738900    weak culm       gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060070      BC3     brittle culm    TO:0000200      GR_gene:5651    IMP             T       Os02g0738900    brittle culm    gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060070      BC3     panicle size    TO:0006032      GR_gene:5651    IMP             T       Os02g0738900    short emergence of panicles     gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060070      BC3     panicle anatomy and morphology trait    TO:0000847      GR_gene:5651    IMP             T       Os02g0738900    incomplete emergence of panicles        gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
-!GR_gene       GR:0060073      BC6                     GR_gene:5933    IMP                     Os09g0422500    all parts of plant are extremely brittle        gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060070      BC3     stem strength   TO:0000051      GR_REF5651      IMP             T       Os02g0738900    weak culm       gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060070      BC3     brittle culm    TO:0000200      GR_REF:5651     IMP             T       Os02g0738900    brittle culm    gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060070      BC3     panicle size    TO:0006032      GR_REF:5651     IMP             T       Os02g0738900    short emergence of panicles     gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060070      BC3     panicle anatomy and morphology trait    TO:0000847      GR_REF:5651     IMP             T       Os02g0738900    incomplete emergence of panicles        gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+!GR_gene       GR:0060073      BC6                     GR_REF:5933     IMP                     Os09g0422500    all parts of plant are extremely brittle        gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0080018      BLE3    root length     TO:0000227      PMID:16808934   IMP             T       Os05g0245300    short roots     gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0080018      BLE3    inflorescence branching TO:0000050      PMID:16808934   IMP             T       Os05g0245300    less branching  gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0080018      BLE3    plant height    TO:0000207      PMID:16808934   IMP             T       Os05g0245300    Semi-dwarf      gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
@@ -46,10 +46,10 @@ GR_gene     GR:0060184      D1      panicle compactness and shape   TO:0020001      PMID:12237405   IMP
 GR_gene        GR:0060184      D1      glume width     TO:0020034      PMID:12237405   IMP             T       Os05g0333200    small glume     gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060184      D1      glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID:12237405   IMP             T       Os05g0333200    round glumes    gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060184      D1      basal internode diameter        TO:0000132      PMID:12237405   IMP             T       Os05g0333200    thick internodes        gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060192      D10     plant height    TO:0000207      GR_gene:5792    IMP             T       Os01g0746400    dwarf   gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060192      D10     tiller number   TO:0000346      GR_gene:5792    IMP             T       Os01g0746400    profuse tillers gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
-!GR_gene       GR:0060192      D10                     GR_gene:5792    IMP                     Os01g0746400    slender tillers gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060192      D10     panicle size    TO:0006032      GR_gene:5792    IMP             T       Os01g0746400    small panicles  gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060192      D10     plant height    TO:0000207      GR_REF:5792     IMP             T       Os01g0746400    dwarf   gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060192      D10     tiller number   TO:0000346      GR_REF:5792     IMP             T       Os01g0746400    profuse tillers gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+!GR_gene       GR:0060192      D10                     GR_REF:5792     IMP                     Os01g0746400    slender tillers gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060192      D10     panicle size    TO:0006032      GR_REF:5792     IMP             T       Os01g0746400    small panicles  gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060193      D11     plant height    TO:0000207      PMID:15705958   IMP             T       Os04g0469800    semidwarf       gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060193      D11     stem internode anatomy and morphology trait     TO:0000756      PMID:15705958   IMP             T       Os04g0469800    second internode reduced        gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060193      D11     panicle length  TO:0000040      PMID:15705958   IMP             T       Os04g0469800    long panicles   gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
@@ -146,8 +146,8 @@ GR_gene     GR:0080037      LSI2    growth and development trait    TO:0000357      PMID:17625566   IM
 GR_gene        GR:0080037      LSI2    pericarp color  TO:0000707      PMID:17625566   IMP             T       Os03g0107300    grain discoloration     gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
 !GR_gene       GR:0080037      LSI2                    PMID:17625566   IMP                     Os03g0107300    low silicon in shoot    gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
 !GR_gene       GR:0080037      LSI2                    PMID:17625566   IMP                     Os03g0107300    low silicon in hull     gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0080015      MADS1   lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    leafy lemma     gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0080015      MADS1   lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    leafy palea     gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0080015      MADS1   lemma morphology trait  TO:1000023      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    leafy lemma     gene    taxon:4530      20150427        cooperl\r
+GR_gene        GR:0080015      MADS1   palea morphology trait  TO:1000024      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    leafy palea     gene    taxon:4530      20150427        cooperl\r
 !GR_gene       GR:0080015      MADS1                   PMID:16146529   IMP                     Os03g0215400    open hull       gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0080015      MADS1   stamen number   TO:0000225      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    reduced stamen number   gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0080015      MADS1   carpel number   TO:0006013      PMID:16146529   IMP             T       Os03g0215400    increased carpel number gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
@@ -255,21 +255,21 @@ GR_gene   GR:0060882      SHL4    shoot system growth and development trait       TO:0000654      PMI
 !GR_gene       GR:0060882      SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    scutellum normal        gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
 !GR_gene       GR:0060882      SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    radicle normal  gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
 GR_gene        GR:0060882      SHL4    root development trait  TO:0000656      PMID:10409508   IMP             T       Os03g0449200    roots grow normally     gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    malformed shoot apical meristem gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    plastochron     TO:0000735      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    short plastochron       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    aberrant leaves gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf number     TO:0000241      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    increased leaf production       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    leaves thread-like (short/narrow)       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    shoot apical meristem flat      gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060883      SHO1    cell cycle trait        TO:0000728      GR_gene:1477    IMP             T       Os04g0509300    disorganized cell division in shoot meristem    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    degenerated lemma       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    degenerated palea       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     sterility or fertility trait    TO:0000392      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    stamen nonfunctional    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     male sterility  TO:0000437      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    male sterile    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     stamen anatomy and morphology trait     TO:0000215      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    stamens malformed       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     reproductive homeotic development trait TO:0002613      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    stamens transformed to pistils  gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    Mutant floret has 3 ovaries     gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
-GR_gene        GR:0060936      SL1     fertility related trait TO:0000420      GR_gene:6472    IMP             T       Os01g0129200    female fertile  gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    malformed shoot apical meristem gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    plastochron     TO:0000735      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    short plastochron       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    aberrant leaves gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf number     TO:0000241      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    increased leaf production       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    leaves thread-like (short/narrow)       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    shoot apical meristem flat      gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060883      SHO1    cell cycle trait        TO:0000728      GR_REF:1477     IMP             T       Os04g0509300    disorganized cell division in shoot meristem    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     lemma morphology trait  TO:1000023      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    degenerated lemma       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     palea morphology trait  TO:1000024      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    degenerated palea       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     sterility or fertility trait    TO:0000392      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    stamen nonfunctional    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     male sterility  TO:0000437      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    male sterile    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     stamen anatomy and morphology trait     TO:0000215      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    stamens malformed       gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        GR:0060936      SL1     reproductive homeotic development trait TO:0002613      GR_REF:6472     IMP             T       Os01g0129200    stamens transformed to pistils  gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
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-GR_gene        GR:0060900      SP1     primary branch number   TO:0000547      GR_gene:1712    IMP             T       Os11g0235200    absence of primary branches in lower part of ear axis   gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
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-GR_gene        GR:0060900      SP1     primary branch number   TO:0000547      GR_gene:1712    IMP             T       Os11g0235200    primary branches per panicle reduced    gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
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+GR_gene        GR:0060900      SP1     spikelets per panicle length    TO:0000565      GR_REF:1712     IMP             T       Os11g0235200    spikelets per panicle decreased gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
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Planteome associations