Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 7f20e58)
Fix typo debranding -> debranching
authorelserj <elserj@localhost>
Fri, 5 Jan 2018 21:59:29 +0000 (21:59 +0000)
committerelserj <elserj@localhost>
Fri, 5 Jan 2018 21:59:29 +0000 (21:59 +0000)
svn path=/; revision=843

po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc patch | blob | history
po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc patch | blob | history
to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc patch | blob | history

diff --git a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
index 5b26e62cd5f97429ca9471da00f618137b3e2403..47018e8b5bd0479e87861c5766b29a7b2d0a097c 100644 (file)
--- a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
@@ -60,8 +60,8 @@ GR_gene       GR:0060453      HSP2*           PO:0000003      GR_ref:2293|PMID:7894488        TAS             A       HEAT SHOCK
 GR_gene        GR:0060454      HSP4*           PO:0000003      GR_ref:2293|PMID:7894488        TAS             A       HEAT SHOCK PROTEIN4     hsp4|heat shock protein-4       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0060468      IC              PO:0000003      GR_ref:5873     TAS             A       IRON DEFICIENCY CHLOROSIS       Ic|Iron deficiency chlorosis tolerance  gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061176      lrd26           PO:0000003      GR_ref:10136    TAS             A       lesion resembling disease-26    spotted leaf-12|spl12(t)*       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0000003      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             A       Starch debranding enzyme-1      Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0000003      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             A       Starch debranding enzyme-2      Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0000003      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             A       Starch debranching enzyme-1     Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0000003      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             A       Starch debranching enzyme-2     Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061240      Ctb2            PO:0000003      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-2       Cold tolerance at booting stage|pCT1*   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061241      Ctb3            PO:0000003      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-3       Cold tolerance at booting stage|pCT2*   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061242      Ctb4            PO:0000003      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-4       pCT3*|Cold tolerance at booting stage   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -1216,8 +1216,8 @@ GR_gene   GR:0060452      HPR3            PO:0009011      GR_ref:2293|PMID:7894488        TAS             A       HEAT SHOCK P
 GR_gene        GR:0060453      HSP2*           PO:0009011      GR_ref:2293|PMID:7894488        TAS             A       HEAT SHOCK PROTEIN4     hsp4|heat shock protein-4       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0060454      HSP4*           PO:0009011      GR_ref:5873     TAS             A       IRON DEFICIENCY CHLOROSIS       Ic|Iron deficiency chlorosis tolerance  gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0060468      IC              PO:0009011      GR_ref:10136    TAS             A       lesion resembling disease-26    spotted leaf-12|spl12(t)*       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061176      lrd26           PO:0009011      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             A       Starch debranding enzyme-1      Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0009011      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             A       Starch debranding enzyme-2      Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061176      lrd26           PO:0009011      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             A       Starch debranching enzyme-1     Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0009011      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             A       Starch debranching enzyme-2     Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0009011      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-2       Cold tolerance at booting stage|pCT1*   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061240      Ctb2            PO:0009011      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-3       Cold tolerance at booting stage|pCT2*   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061241      Ctb3            PO:0009011      GR_ref:0        TAS             A       Cold tolerance at booting stage-4       pCT3*|Cold tolerance at booting stage   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
diff --git a/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
index b7818c21345eedd3c2f0cfaa3a941ec9172f8908..e00351ec375f80cd38b95bbcaf9cfa3d9b3197e8 100644 (file)
--- a/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
@@ -2046,10 +2046,10 @@ GR_gene GR:0061185      Pi24            PO:0007130      GR_ref:10051    TAS             G       Magnaporthe grisea resis
 GR_gene        GR:0061185      Pi24            PO:0007134      GR_ref:10051    TAS             G       Magnaporthe grisea resistance-24        Pi24(t)|RMg59   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061186      Pi25            PO:0007130      GR_ref:10051    TAS             G       Magnaporthe grisea resistance-25        Pi25(t)|RMg60   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061186      Pi25            PO:0007134      GR_ref:10051    TAS             G       Magnaporthe grisea resistance-25        Pi25(t)|RMg60   gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0007033      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             G       Starch debranding enzyme-1      Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0009012      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             G       Starch debranding enzyme-1      Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0007033      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             G       Starch debranding enzyme-2      Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0009012      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             G       Starch debranding enzyme-2      Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0007033      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             G       Starch debranching enzyme-1     Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061189      Sdb1            PO:0009012      GR_ref:988|PMID:9748665 TAS             G       Starch debranching enzyme-1     Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0007033      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             G       Starch debranching enzyme-2     Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0061190      Sdb2            PO:0009012      GR_ref:1031|PMID:10333591       TAS             G       Starch debranching enzyme-2     Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061191      sgr             PO:0001054      GR_ref:9779     IC      Q652K1  G       stay green      sgr(t)|OsSGR|staying green during senescence    gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061191      sgr             PO:0007017      GR_ref:9779     IC      Q652K1  G       stay green      sgr(t)|OsSGR|staying green during senescence    gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0061193      MS19            PO:0007016      GR_ref:5572     TAS             G       MALE STERILE 19 ms19(t)|ms19|male sterile-19    gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
diff --git a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
index 15432879d823759f213dd1da61b0c1f7d92e06d2..cfc35c09926f3be26febf3cb0c57541c903bed5b 100644 (file)
--- a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
+++ b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
@@ -1116,8 +1116,8 @@ GR_gene   GR:0061184      Rhz3            TO:0000257      GR_REF:9675     IMP             T       Rhizomatous from O. longi
 GR_gene        GR:0061185      Pi24            TO:0000468      GR_REF:10051    IMP             T       Magnaporthe grisea resistance-24        Pi24(t)|RMg59   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061186      Pi25            TO:0000468      GR_REF:10051    IMP             T       Magnaporthe grisea resistance-25        Pi25(t)|RMg60   gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061188      Xa25            TO:0000175      GR_REF:10779    IMP             T       Xanthomonas oryzae pv. oryzae resistance-25     Xanthomonas campestris pv. oryzae resistance-25|RXa28|Xa25*     gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061189      Sdb1            TO:0000489      GR_REF:988      IMP             T       Starch debranding enzyme-1      Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0061190      Sdb2            TO:0000489      GR_REF:1031     IMP             T       Starch debranding enzyme-2      Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061189      Sdb1            TO:0000489      GR_REF:988      IMP             T       Starch debranching enzyme-1     Starch debranching (R-enzyme)|Re        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0061190      Sdb2            TO:0000489      GR_REF:1031     IMP             T       Starch debranching enzyme-2     Starch debranching-2|ISA        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061191      sgr             TO:0000249      GR_REF:9779     IMP             T       stay green      sgr(t)|OsSGR|staying green during senescence|OsSGR|staying green during senescence|LOC_Os09g36200       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061191      sgr             TO:0000298      GR_REF:9779     IMP             T       stay green      sgr(t)|OsSGR|staying green during senescence|OsSGR|staying green during senescence|LOC_Os09g36200       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0061191      sgr             TO:0000326      GR_REF:9779     IMP             T       stay green      sgr(t)|OsSGR|staying green during senescence|OsSGR|staying green during senescence|LOC_Os09g36200       gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
Planteome associations