Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
added TEST_TO folder containing .assoc files for maize, medicago, rice,
authorjohnseth <johnseth@localhost>
Thu, 10 Sep 2015 23:40:26 +0000 (23:40 +0000)
committerjohnseth <johnseth@localhost>
Thu, 10 Sep 2015 23:40:26 +0000 (23:40 +0000)
soybean, tomato

svn path=/; revision=533

to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Maize.assoc [new file with mode: 0644]
to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Medicago.assoc [new file with mode: 0644]
to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Rice.assoc [new file with mode: 0644]
to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Soybean.assoc [new file with mode: 0644]
to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Tomato.assoc [new file with mode: 0644]

diff --git a/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Maize.assoc b/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Maize.assoc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..94d5fe6
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,348 @@
+MaizeGDB       111820  abph1   leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G035688   Two leaves at each node, in decussate phyllotaxy.       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12029   afd1    anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G059037   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12029   afd1    pollen free     TO:0000245      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G059037   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12029   afd1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G059037   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12028   ae1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G032628   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12028   ae1     endosperm quality       TO:0000587      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G032628   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12028   ae1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G032628   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G081554   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     flower development trait        TO:0000622      PMID: 21423772  IMP             GDT     GRMZM2G081554   Ear florets are hermaphroditic; most easily observed in unfertilized ear.       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G081554   Dwarf   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     tassel branch number    TO:0000813      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   tassel branches few     Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   leaf width excess       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     leaf length     TO:0000135      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   short leaves    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     phyllotaxy      TO:0006014      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G081554   The plant is shorter    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12048   an1     internode length        TO:0000145      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G081554   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   no color in aleurone    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      pericarp color  TO:0000707      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   The pericarp is brown   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   lack of anthocyanins in aleurone        Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   anthers are green       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      style color     TO:0000676      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G026930   silks are green Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12000   a1      seedling vigor  TO:0000280      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G026930   seedling dies   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12006   a2      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G345717   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12006   a2      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G345717   anthers are green       Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60438   bif2    inflorescence branching TO:0000050      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G171822   Inflorescence branches absent   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60438   bif2                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G171822   ear meristem absent     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       41343   bde1    inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G160565   proliferation of irregular growth on ear        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       41343   bde1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G160565   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       41343   bde1    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G160565   silks in the tassel     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12070   bd1     fascicled ear   TO:0000715      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G307119   ear is branched Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   silks absent    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   pistils abort, no silks Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       854977  brk1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G842058   Leaf blade epidermal cell shape abnormal        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       854977  brk1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G842058   Leaf blade epidermal cell shape rectangular     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       854977  brk1    plant cell anatomy and morphology trait TO:0002683      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G842058   Leaf blade epidermal cell lobes blocked Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       854977  brk1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G842058   Stomatal subsidiary cells are abnormal  Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     brittle endosperm       TO:0000713      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144081   texture of endosperm is brittle Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144081   mature kernel collapsed Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     fruit shape     TO:0002628      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144081   mature kernel angular   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     brittle endosperm       TO:0000713      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144081   mature kernel brittle   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144081   endosperm collapsed     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12091   bt1     endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144081   endosperm is opaque     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12092   bt2                     PMID: 25600571  IMP                     GRMZM2G068506   No mRNA is produced from the bt2 gene   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12077   bk2     plant structure anatomy and morphology trait    TO:0000839      PMID: 17932309  IMP             AMT     GRMZM2G109326   brittle plant parts after 4-leaf stage  Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12077   bk2     leaf shattering TO:0000108      PMID: 17932309  IMP             GDT     GRMZM2G109326   leaves shatter after moderate winds     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12098   bz1     aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 25201957  IMP             AMT     GRMZM2G165390   Aleurone color is bronze        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12098   bz1     plant color     TO:0000708      PMID: 25201957  IMP             SVT     GRMZM2G165390   Whole plant color can be bronze Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12098   bz1     fluorescence related trait      TO:0012006      PMID: 25201957  IMP             BT      GRMZM2G165390   Shedding tassels viewed under UV light show bright yellow fluorescence in the anthers   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12099   bz2     aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G016241   Aleurone color is bronze        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12099   bz2     plant color     TO:0000708      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G016241   Whole plant color can be bronze Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12079   bm1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12079   bm1     cob color       TO:0000924      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of cob        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12079   bm1     root color      TO:0000065      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of roots      Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12079   bm1     leaf midrib color       TO:0000720      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G844562   brown pigment first visible as a reddish-brown pigmentation of the midrib at the 4-6 leaf stage.        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12079   bm1     lignin content  TO:0000731      PMID: 21423772  IMP             BT      GRMZM5G844562   The amount of lignin in the leaves is reduced   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12081   bm3                     PMID: 21423772  IMP                     AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12081   bm3     cob color       TO:0000924      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of cob        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12081   bm3     root color      TO:0000065      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of roots      Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12081   bm3     leaf midrib color       TO:0000720      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC196475.3_FG004        brown pigment first visible as a reddish-brown pigmentation of the midrib at the 4-6 leaf stage.        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12081   bm3     lignin content  TO:0000731      PMID: 21423772  IMP             BT      AC196475.3_FG004        The amount of lignin in the leaves is reduced   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       112957  bsd2    chloroplast development trait   TO:0002715      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G062788   chloroplasts contain rudimentary lamellae       Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       112957  bsd2    seedling cotyledon color        TO:0000750      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G062788   seedling leaves red fluorescence under long-wave uv     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       112957  bsd2    seedling growth and development trait   TO:0000949      PMID: 25725436  IMP                     GRMZM2G062788   seedling dies after endosperm is used up        Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       9017732 cf1                             IMP                     GRMZM2G026117   Leaves develop irregular nonclonal, yellow_green sectors, which leads to an appearance similar to military camouflage. Sectors can turn necrotic.       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25995   crp1    seedling cotyledon color        TO:0000750      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G083950   seedling leaves red fluorescence under long-wave uv     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25995   crp1    seedling growth and development trait   TO:0000949              IMP                     GRMZM2G083950   seedling dies after endosperm is used up        Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       106358  crs2    leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G132021   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12101   c1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G005066   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12101   c1      aleurone layer appearance       TO:0000944      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G005066   aleurone layer mottled  Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12065   b1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G172795   blotches of anthocyanin pigmentation due to cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12065   b1      variegated leaf TO:0000069      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G172795   striped leaves  Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12065   b1      stem color      TO:0000056      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G172795   striped stems   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12065   b1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G172795   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12065   b1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G172795   anthocyanin pigmented sectors in aleurone       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Anthocyanin pigment in pericarp.        Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   anthers are green       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      aleurone layer appearance       TO:0000944      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM5G822829   aleurone layer mottled  Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   red anthers     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12102   c2      aleurone layer appearance       TO:0000944      PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G422750   aleurone layer mottled  Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21987797  IMP             AMT     GRMZM2G022489   narrow leaves   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     tillering ability       TO:0000329      PMID: 21987797  IMP             GDT     GRMZM2G022489   extreme tillering       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     ear length      TO:0000431      PMID: 21987797  IMP             AMT     GRMZM2G022489   highly reduced ears     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21987797  IMP             AMT     GRMZM2G022489   highly reduced tassel   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     basic vegetative phase  TO:0000461      PMID: 21987797  IMP             GDT     GRMZM2G022489   often vegetative leaves in the ear and tassle   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12115   cg1     basal tiller number     TO:0001004      PMID: 21987797  IMP             AMT     GRMZM2G022489   Plant produces many lateral branches (tillers) at its base.     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G051637   compact tassel  Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G051637   plant short     Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G051637   leaves broad    Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     leaf shape      TO:0000492      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G051637   leaves crinkled Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G051637   seedling which has an irregular shape   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     portion of plant tissue anatomy and morphology trait    TO:0000843      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G051637   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25017   cr4     aleurone layer appearance       TO:0000944      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G051637   irregular-shaped patches of color and non-color in the aleurone tissue with distinct borders    Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       9019783 caf2    leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             AMT     AC199526.5_FG003        Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    fruit shape     TO:0002628      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G321753   round kernel    Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    floury endosperm        TO:0000104      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G321753   floury kernel   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    fruit size      TO:0002625      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   Generally a reduced size kernel Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    grain shape     TO:0002730      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G321753   thin kernel     Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    fruit color     TO:0002617      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   colorless kernel        Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    endosperm anatomy and morphology trait  TO:0000575      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   abnormal endosperm      Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    chalky endosperm        TO:0000266      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   endosperm has a soft, chalk-like texture        Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    floury endosperm        TO:0000104      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   endosperm opaque appearance     Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12148   dek1    endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G321753   endosperm reduced yellow color  Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60468   dlf1    plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             SVT     GRMZM2G321753   mature plant 2-3 feet taller than normal.       Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60468   dlf1    flowering time trait    TO:0002616      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G067921   mature plant 7-10 days later in flowering than normal   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60468   dlf1    node number     TO:0000634      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G067921   4-6 more nodes and leaves than normal.  Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25058   dsc1    wrinkled seed   TO:0000718      PMID: 21423772  IMP             QT      chr4:47715993   kernel surface like crumpled paper      Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25058   dsc1    pericarp anatomy and morphology trait   TO:0000945      PMID: 21423772  IMP                     chr4:47715993   kernel surface opaque   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       25058   dsc1    pericarp texture        TO:0002623      PMID: 21423772  IMP             AMT     chr4:47715993   surface of kernel covered with many small irregularities giving it a rough texture      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       274903  dcd1    mitotic cell cycle trait        TO:0000730      PMID: 21423772  IMP             GDT     GRMZM2G083459   Leaf epidermis cell division asymmetric Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       274903  dcd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G083459   stomata abnormal        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G083459   cork cells abnormal     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G083459   silica cells abnormal   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12197   du1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G141399   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12197   du1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G141399   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12197   du1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G141399   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3                              IMP                     GRMZM2G093195   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3      leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G093195   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3      leaf size       TO:0002637      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G093195   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3      leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G093195   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3      plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             SVT     GRMZM2G093195   The plant is shorter    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12141   d3      internode length        TO:0000145      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G093195   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G144744   Dwarf   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   Ear florets are hermaphroditic; most easily observed in unfertilized ear.       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      tassel branch number    TO:0000813      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   tassel branches few     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   leaf width excess       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      leaf height     TO:0000541      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      leaf size       TO:0002637      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Plant does not reposnd to giberellin    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      tiller number   TO:0000346      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   Plant produces many lateral branches (tillers) at its base.     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G144744   whole plant short       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12143   d8      tassel inflorescence circumference      TO:0000796      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G144744   compact tassel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9      leaf height     TO:0000541      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G024973   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9      leaf size       TO:0002637      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G024973   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9      leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G024973   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9      plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   whole plant short       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12144   d9      tassel inflorescence circumference      TO:0000796      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G024973   compact tassel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       256276  dwf1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G057000   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       256276  dwf1    leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G057000   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       256276  dwf1    leaf size       TO:0002637      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G057000   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       256276  dwf1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G057000   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1233612 emp4    shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G092198   kernel is collapsed     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1233612 emp4    fruit anatomy and morphology trait      TO:0002629      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G092198   kernel is angular       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1233612 emp4    shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G092198   endosperm much reduced  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   loose pericarp  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   small embryo    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12218   et1     floury endosperm        TO:0000104      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G157574   interior floury Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12218   et1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G157574   surface of kernel strewn with small pits or indentations        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12218   et1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G157574   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12218   et1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G157574   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12218   et1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G157574   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       308904  fea2    ear diameter    TO:0000433      PMID: 23377180  IMP             AMT     GRMZM2G104925   Ear broadened   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       308904  fea2                    PMID: 23377180  IMP                     GRMZM2G104925   Ear tip flattened       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       308904  fea2    kernel row number per ear       TO:0000687      PMID: 23377180  IMP             AMT     GRMZM2G104925   increase in the number of rows of seeds on the ear; ear floret numbers increased        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       308904  fea2    fascicled ear   TO:0000715      PMID: 23377180  IMP             AMT     GRMZM2G104925   Ear meristem overproliferation  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12225   fl2     chalky endosperm        TO:0000266      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G397687   endosperm has a soft, chalk-like texture        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12225   fl2     endosperm color TO:0000487      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G397687   endosperm reduced yellow color  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12225   fl2     glutinous endosperm     TO:0000098      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G397687   endosperm opaque appearance     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12225   fl2     glutinous endosperm     TO:0000098      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G397687   endosperm is opaque     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12242   gl1     inflorescence waxiness  TO:0000787      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G114642   Cuticular wax on epidermis of juvenile leaves is altered        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12242   gl1     leaf gloss      TO:0000709      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G114642   Juvenile leaves have a glossy surface   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12247   gl15    inflorescence waxiness  TO:0000787      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G160730   Cuticular wax on epidermis of juvenile leaves is altered        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12247   gl15    leaf gloss      TO:0000709      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G160730   Juvenile leaves have a glossy surface   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12252   gl2     inflorescence waxiness  TO:0000787      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G098239   Cuticular wax on epidermis of juvenile leaves is altered        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12252   gl2     leaf gloss      TO:0000709      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G098239   Juvenile leaves have a glossy surface   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12263   gl8     inflorescence waxiness  TO:0000787      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC205703.4_FG006        Cuticular wax on epidermis of juvenile leaves is altered        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12263   gl8     leaf gloss      TO:0000709      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC205703.4_FG006        Juvenile leaves have a glossy surface   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling distorted      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling twisted        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1     plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             SVT     GRMZM2G452178   The plant is shorter    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1     internode length        TO:0000145      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G452178   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   silks in the tassel     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12229   g2      chloroplast development trait   TO:0002715      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G087804   Chloroplasts in bundle sheath cells are less membranous than normal.    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12229   g2      chloroplast development trait   TO:0002715      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G087804   Chloroplasts in bundle sheath cells are smaller than normal.    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12229   g2      plant color     TO:0000708      PMID: 25725436  IMP             SVT     GRMZM2G087804   plant with distinct yellow cast Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12229   g2      leaf sheath color       TO:0002724      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G087804   distinct yellow cast on sheath  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12229   g2      variegated leaf TO:0000069      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G087804   Normal green along veins (vascular bundles); tissue between the veins is pale green or grayish green, giving the leaf a striped appearance      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12327   hm1     fungal disease resistance       TO:0000439      PMID: 24847713  IMP             ST      GRMZM5G881887   resistant to Cochliobolus carbonum      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12327   hm1     fungal disease resistance       TO:0000439      PMID: 24847713  IMP             ST      GRMZM5G881887   resistant to Colletotrichum graminicola Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12328   hm2     fungal disease resistance       TO:0000439      PMID: 24847713  IMP             ST      GRMZM2G086773   resistant to Cochliobolus carbonum      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12290   hcf106  fluorescence related trait      TO:0012006      PMID: 25725436  IMP             BT      GRMZM5G898735   seedling leaves red fluorescence under long-wave uv     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      pericarp color  TO:0000707      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Anthocyanin pigment in pericarp.        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   pale pink to red anthers        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   aborted kernel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12340   ig1     fruit anatomy and morphology trait      TO:0002629      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G118250   kernel with loose pericarp      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12340   ig1     seed size       TO:0000391      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G118250   kernal smaller in size  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   kernel with loose pericarp      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12340   ig1     fertility related trait TO:0000420      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G118250   Male flowers have reduced fertility     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12341   ij1     variegated leaf TO:0000069      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G004583   Leaf is mostly white, with short, thin, green, longitudinal stripes (in the direction of the lateral veins),    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12341   ij1     leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G004583   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12352   kn1     leaf vein anatomy and morphology trait  TO:0000820      PMID: 24218490  IMP             AMT     GRMZM2G017087   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12352   kn1     sterility or fertility trait    TO:0000392      PMID: 24218490  IMP             SFT     GRMZM2G017087   pollen nonfunctional    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12352   kn1                     PMID: 24218490  IMP                     GRMZM2G017087   The number of ovules that develop into a seed is reduced        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12352   kn1     spikelet number TO:0000456      PMID: 24218490  IMP             AMT     GRMZM2G017087   number of tassel spikelets greatly reduced      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       223331  les22   variegated leaf necrosis        TO:0000070      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G044074   necrotic or chlorotic lesions   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1    chlorophyll content     TO:0000495      PMID: 21423772  IMP             BT      GRMZM2G339563   Chlorotic leaf lesion   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1    leaf necrosis   TO:0000652      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G339563   necrotic leaf lesions   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1    leaf senescence TO:0000249      PMID: 21423772  IMP             GDT     GRMZM2G339563   Premature leaf senescence       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Premature plant death   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have round lesions       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have elliptical lesions  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12386   lg1     auricleless     TO:0000226      PMID: 25516601  IMP             AMT     GRMZM2G036297   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12386   lg1     leaf attitude   TO:0000824      PMID: 25516601  IMP             AMT     GRMZM2G036297   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12387   lg2     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G060216   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12387   lg2     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G060216   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12388   lg3     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G087741   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12388   lg3     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G087741   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12388   lg3                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G087741   more ligule     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12389   lg4     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G094241   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12389   lg4     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G094241   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       113518  ms26    anther shape    TO:0000214      PMID: 24112765  IMP             AMT     GRMZM2G091822   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       113518  ms26    pollen free     TO:0000245      PMID: 24112765  IMP             SFT     GRMZM2G091822   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       113518  ms26    male sterility  TO:0000437      PMID: 24112765  IMP             SFT     GRMZM2G091822   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   Reduction of gene silencing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   reduction of small RNAs Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   Proliferation of auricle-like tissue in husks   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   ligule on outside of leaf at base of auricle    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   Proliferation of auricle-like tissue in husks   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1    ligule anatomy and morphology trait     TO:0002748      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G082264   ligules on abaxial leaf surface Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1    leaf sheath auricle pubescence  TO:0002716      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G082264   may have hairy sheaths  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   sometimes upper leaves may be crinkly (cr) or wab-like (wavy auricle in blade-like)     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       86035   mac1    cell growth and development trait       TO:0002686      PMID: 25713378  IMP             GDT     GRMZM2G027522   More archesporial cells in developing anthers   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       86035   mac1    cell growth and development trait       TO:0002686      PMID: 25713378  IMP             GDT     GRMZM2G027522   More archesporial cells in developing ovules.   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       86035   mac1    sterility related trait TO:0000485      PMID: 25713378  IMP             SFT     GRMZM2G027522   Male and female sterile.        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12469   na1     plant height    TO:0000207      PMID: 22106275  IMP             SVT     JN020030.1      short plant     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12469   na1     anatomy and morphology trait    TO:0000017      PMID: 22106275  IMP             AMT     JN020030.1      erect plant     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12469   na1     plant growth hormone sensitivity        TO:0000401      PMID: 22106275  IMP             ST      JN020030.1      no response to gibberellins     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       61077   ns1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G069028   Plants (stems) do not elongate in response to gibberellins.     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       61077   ns1     plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G069028   Plants are reduced in height    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       61077   ns1     vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G069028   The margin domain of both blade and sheath is missing   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       61077   ns1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G069028   leaves are very narrow along their whole length Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       61077   ns1     internode length        TO:0000145      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G069028   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       104331  ns2     stem elongation TO:0006036      PMID: 17571927  IMP             GDT     NM_001111772.1  Plants (stems) do not elongate in response to gibberellins.     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       104331  ns2     plant height    TO:0000207      PMID: 17571927  IMP             SVT     NM_001111772.1  Plants are reduced in height    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       104331  ns2     internode length        TO:0000145      PMID: 17571927  IMP             AMT     NM_001111772.1  extremely shortened internodes  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12515   oy1     variegated leaf TO:0000069      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G419806   Normal green along veins (vascular bundles); tissue between the veins is pale green or grayish green, giving the leaf a striped appearance      Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12495   o2      glutinous endosperm     TO:0000098      PMID: 23586588  IMP             AMT     GRMZM2G015534   endosperm is opaque     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       871231  pac1    endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G058292   Reduced pigmentation in aleurone        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       1232899 ppr5    leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G025409   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12517   p1      style color     TO:0000676      PMID: 25250036  IMP             AMT     GRMZM2G084799   Silks brown sooner than normal  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12562   ps1     leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G849107   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12562   ps1     vivipary        TO:0000619      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G849107   viviparous embryo       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12562   ps1     cotyledon       TO:0000750      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G849107   pink coloration of scutellum    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12562   ps1     endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G849107   pink coloration of endosperm    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G701063   cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12553   pl1     endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G701063   Aleuron has blotches of anthocyanin pigmentation        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G701063   blotches of anthocyanin pigmentation due to cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12553   pl1     variegated leaf TO:0000069      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G701063   striped leaves  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12553   pl1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G701063   striped stems   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12602   rgd1                            IMP                     GRMZM2G020187   leaf blade absent       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G020187   seedling leaves thread-like     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G020187   difficulty emerging     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G020187   seedling leaves narrow  Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12602   rgd1    leaf shape      TO:0000492      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G020187   seedling leaves divided Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12577   ra1     spikelet anatomy and morphology trait   TO:0000657      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G003927   abnormality in spikelet Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       2365883 rel2    kernel number per ear   TO:0000937      PMID: 21423772  IMP             YT      GRMZM2G042992   Ear with few kernels if any     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12578   ra2     spikelet anatomy and morphology trait   TO:0000657      PMID: 21423772  IMP             AMT     AC233943.1_FG002        abnormality in spikelet Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12579   ra3     fascicled ear   TO:0000715      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G014729   ear is branched Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             BT      GRMZM5G822829   Strong anthocyanin on leaf blade after 4-6 leaf stage   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      pericarp color  TO:0000707      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Anthocyanin pigment in pericarp.        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   anthers are green       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID: 25805314  IMP             ST      AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia polysora    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID: 25805314  IMP             ST      AC152495.1_FG002        Plants are partially resistance to Puccinia sorghi      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12609   rp1     disease resistance      TO:0000112      PMID: 25805314  IMP             ST      AC152495.1_FG002        resistant to Puccinia sorghi    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12595   rf2     anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G058675   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12595   rf2     pollen free     TO:0000245      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G058675   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12595   rf2     male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G058675   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       941309  rnc1    leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G035820   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       30011   rld1    leaf rolling    TO:0000085      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G109987   leaves are rolled       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       30011   rld1    leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G109987   adaxial traits on the abaxial side of the leaves        Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       60513   rth1    root hair length        TO:0002665      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G099056   root hairs fail to elongate     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       60513   rth1    root shape      TO:0002710      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G099056   general term to describe abnormality in root system     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G377215   root hairs fail to elongate     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G377215   root hair decreased length      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       114025  rtcs1   lateral root number     TO:0001013      PMID: 23843603  IMP             ST      GRMZM2G092542   few or no secondary roots       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12616   rs1     leaf vein anatomy and morphology trait  TO:0000820      PMID: 24218490  IMP             AMT     GRMZM2G028041   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12616   rs1     leaf sheath anatomy and morphology trait        TO:0000835      PMID: 24218490  IMP             AMT     GRMZM2G028041   leaf sheath is rough    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       12617   rs2     ligule anatomy and morphology trait     TO:0002748      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G403620   abnormality of ligule   Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12617   rs2     leaf sheath anatomy and morphology trait        TO:0000835      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G403620   leaf sheath is rough    Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12576   r1      pericarp color  TO:0000707      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Anthocyanin pigment in pericarp.        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      anther color    TO:0000187      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   anthers are green       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       12576   r1      aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM5G822829   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G074082   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    pollen abortion type    TO:0000218      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G074082   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       870601  sgo1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             SFT     GRMZM2G074082   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       1219936 spi1    kernel number per ear   TO:0000937      PMID:21423772   IMP             YT      GRMZM2G025222   The number of kernals on the cob is reduced     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       1219936 spi1    tassel branch number    TO:0000813      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G025222   number of tassel spikelets greatly reduced      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+MaizeGDB       415181  sbe3    leaf senescence duration        TO:0012012      PMID: 21508184  IMP             GDT     GRMZM2G073054   leaves senesc earleir than normal sibs  Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12664   su1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G138060   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12664   su1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G138060   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12664   su1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G138060   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150619        \r
+MaizeGDB       12665   su2     glutinous endosperm     TO:0000098      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G348551   endosperm is opaque     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12665   su2     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             QT      GRMZM2G348551   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12665   su2     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G348551   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12665   su2     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G348551   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       886495  sal1    aleurone layer anatomy and morphology trait     TO:0000942      PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G117935   multiple cell layers in the aleurone tissue     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12573   tan1    cell cycle trait        TO:0000728      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G039113   irregular cell division placement in leaf epidermis (results in irregularly shaped cells)       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12573   tan1    plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             SVT     GRMZM2G039113   plant short     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12573   tan1    leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM2G039113   leaves short    Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12690   ts1     floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G104843   defective floret        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12690   ts1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G104843   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12691   ts2     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G455809   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       60537   tsh1    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G325850   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12692   ts4     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM5G803935   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12694   ts6     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             AMT     GRMZM5G862109   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12694   ts6     embryo development trait        TO:0000620      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM5G862109   The embryo develops on the wrong side of the kernel     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12671   tb1     tiller number   TO:0000346      PMID: 25909039  IMP             AMT     AC233950.1_FG002        Plant produces many lateral branches (tillers) at its base.     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12673   te1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G085113   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12696   tu1     glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID: 24980907  IMP             AMT     NM_001111678.1  tassel glumes large     Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12696   tu1     glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID: 24980907  IMP             AMT     NM_001111678.1  tassel glumes coarse    Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12696   tu1                     PMID: 24980907  IMP                     NM_001111678.1  kernels completely enclosed in long glumes      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12731   vp1     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G133398   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   seedling leaves stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   top leaves stuck together       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   tassels stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10    aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G067176   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10    seedling vigor  TO:0000280      PMID: 21423772  IMP             SVT     GRMZM2G067176   seedling dies after endosperm is used up        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       30023   vp10    vivipary        TO:0000619      PMID: 21423772  IMP             GDT     GRMZM2G067176   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       97589   vp14    vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G014392   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       9018083 vp15    vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G121468   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12733   vp5     leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             AMT     GRMZM2G410515   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12733   vp5     vivipary        TO:0000619      PMID: 21423772  IMP             GDT     GRMZM2G410515   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12735   vp8     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             GDT     GRMZM2G010353   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12768   wx1     amylopectin content     TO:0000097      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G024993   Amylopectin in endosperm.       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       12768   wx1     amylopectin content     TO:0000097      PMID:21423772   IMP             BT      GRMZM2G024993   Amylopectin in pollen.  Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       1232891 wtf1    leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             AMT     GRMZM2G403797   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       1232893 why1    leaf color      TO:0000326      PMID: 25599833  IMP             AMT     GRMZM2G155662   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       41310   zfl2    inflorescence development trait TO:0000621      PMID: 24381105  IMP             GDT     GRMZM2G180190   defective ear   Gene    taxon:4577      20150622        \r
+MaizeGDB       41310   zfl2    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 24381105  IMP             AMT     GRMZM2G180190   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        
\ No newline at end of file
diff --git a/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Medicago.assoc b/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Medicago.assoc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8ae2115
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,139 @@
+LIS    Medtr5g030920   nork    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr5g030920   Root nodules absent in presence of Nod factor   gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g030920   nork    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr5g030920   Root nodules absent in presence of the rhizobial Sinorhizobium meliloti gene    taxon:3880      20150701        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g030920   nork                    25774204        IMP                     Medtr5g030920   mycorrhizal symbioses absent    gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g086130   LYK3    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr5g086130   root nodules absent     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g086130   LYK3                    25774204        IMP                     Medtr5g086130   Infection thread aborted        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g086120   LYK4    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr5g086120   root nodules absent     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g086120   LYK4                    25774204        IMP                     Medtr5g086120   Infection thread aborted        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g005870   DMI1    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr2g005870   root nodules absent     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g005870   DMI1                    25774204        IMP                     Medtr2g005870   Infection thread aborted        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g043970   DMI3    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr8g043970   root nodule absent      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g043970   DMI3                    25774204        IMP                     Medtr8g043970   mycorrhizal symbioses absent    gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g022030   CDPK1   root hair length        TO:0002665      25774204        IMP             AMT     Medtr5g022030   reduced root hair length        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g022030   CDPK1   root cortical cell length       TO:0020108      25774204        IMP             AMT     Medtr5g022030   reduced root cell length        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g022030   CDPK1   root nodule anatomy and morphology trait        TO:0000898      25774204        IMP             AMT     Medtr5g022030   root nodulation decreased       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g022030   CDPK1                   25774204        IMP                     Medtr5g022030   mycorrhizal symbioses decreased gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr6g071190   FCL1    vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      25774204        IMP             AMT     Medtr6g071190   Fused leaflets  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr6g071190   FCL1    petiole length  TO:0000766      25774204        IMP             AMT     Medtr6g071190   Short petiole   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr6g071190   FCL1                    25774204        IMP                     Medtr6g071190   Leaf rachis malformed   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g084970   FTa1    flowering time trait    TO:0002616      25774204        IMP             GDT     Medtr7g084970   Delayed flowering       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2   root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106420   Fewer nodules per plant gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2   root nodule number              25774204        IMP                     Medtr3g106420   More no-nodule plants   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2                   25774204        IMP                     Medtr3g106420   A decrease in plants that form pink nodules     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2   seminal root length     TO:0000586      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106420   Decreased primary root length   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2   lateral root length     TO:0001012      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106420   Long primary lateral roots      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2                   25774204        IMP                     Medtr3g106420   reduced acetylene reduction     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106420   FLOT2                   25774204        IMP                     Medtr3g106420   Decreased rhizobial infection   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106480   FLOT3   root length     TO:0000227      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106480   Decreased root length   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106480   FLOT3   root weight     TO:0000279      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106480   Reduced root weight     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4   root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106430   Fewer nodules per plant gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4                   25774204        IMP                     Medtr3g106430   A decrease in plants that form pink nodules     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4   root number     TO:0000084      25774204        IMP             AMT     Medtr3g106430   Increased secondary roots       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4                   25774204        IMP                     Medtr3g106430   reduced acetylene reduction     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4                   25774204        IMP                     Medtr3g106430   decreased rhizobial infection   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g106430   FLOT4                   25774204        IMP                     Medtr3g106430   aborted infection threads       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1   leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      25774204        IMP             AMT     Medtr5g014400   Forms dissected leaves  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1   leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      25774204        IMP             AMT     Medtr5g014400   Palmate-like pentafoliate leaves        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1                   25774204        IMP                     Medtr5g014400   Distal lateral leaflets develop similarly to terminal leaflets  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1   petiole length  TO:0000766      25774204        IMP             AMT     Medtr5g014400   Petiole length increased        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g014400   PALM1                   25774204        IMP                     Medtr5g014400   Rachis length decreased gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr4g084140   Fewer root nodules      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1                  25774204        IMP                     Medtr4g084140   reduced acetylene reduction     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  root nodule anatomy and morphology trait        TO:0000898      25774204        IMP             AMT     Medtr4g084140   root nodules undeveloped and small      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1                  25774204        IMP                     Medtr4g084140   aborted infection threads       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1                  25774204        IMP                     Medtr4g084140   decreased rhizobial infection   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g084140   MtNAP1  enzyme activity trait   TO:0000599      25774204        IMP             BT      Medtr4g084140   low nitrogenase activity in nodules     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     cotyledon anatomy and morphology trait  TO:0000749      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      fused cotyledons        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     shoot apical meristem development       TO:0006020      25774204        IMP             GDT     AFI56799.1      aborted shoot apical meristem   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     embryo shape    TO:0000193      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      cylindrical embryos     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      fused leaflets  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      small flowers   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      seed pods absent        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     male sterility  TO:0000437      25774204        IMP             SFT     AFI56799.1      sterile stamens gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     female sterility        TO:0000358      25774204        IMP             SFT     AFI56799.1      sterile carpels gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      fused whorl of stamens and petals       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      either sepal-like or petal-like structures      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      small carpel    gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      Ovules exposed by unfused carpel edges  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     trichome anatomy and morphology trait   TO:0000911      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      abnormal carpel trichomes       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      style sometimes absent  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      stigma sometimes absent gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      fewer ovules    gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM                     25774204        IMP                     AFI56799.1      abnomal ovules  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      malformed juvenile vascular leaves      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     stamen anatomy and morphology trait     TO:0000215      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      abnormal stamen gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    AFI56799.1      NAM     carpel anatomy and morphology trait     TO:0006012      25774204        IMP             AMT     AFI56799.1      abnormal carpel gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g090320   LIN                     25774204        IMP                     Medtr1g090320   decreased rhizobial infection   gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g090320   LIN                     25774204        IMP                     Medtr1g090320   aborted infection threads       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g090320   LIN                     25774204        IMP                     Medtr1g090320   nodule development arrested     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN    root length     TO:0000227      25774204        IMP             AMT     Medtr4g070970   short roots     gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr4g070970   increased number of root nodules        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN                    25774204        IMP                     Medtr4g070970   nodulation under high nitrogen  gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN                    25774204        IMP                     Medtr4g070970   Wild type nodulation response to ethylene       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr4g070970   SUNN                    25774204        IMP                     Medtr4g070970   nodulation occurs in abnormal places on root    gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  cytokinin sensitivity   TO:0000167      25774204        IMP             ST      Medtr8g106150   root growth not inhibited by cytokinins gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1                  25774204        IMP                     Medtr8g106150   cytokinin response gene not induced by cytokinins       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  root number     TO:0000084      25774204        IMP             AMT     Medtr8g106150   Increased secondary roots       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1  root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr8g106150   Fewer root nodules      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1                  25774204        IMP                     Medtr8g106150   arrested root nodule development        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g106150   MtCre1                  25774204        IMP                     Medtr8g106150   aborted infection threads       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     Medtr7g101410   Absence of nodules      gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   increased persistant rhizobia infection gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   radial swelling of primary infection zone       gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    seedling cotyledon size TO:0000752      25774204        IMP             AMT     Medtr7g101410   large cotyledons        gene    taxon:3880      20150702        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    hypocotyl anatomy and morphology trait  TO:0000757      25774204        IMP             AMT     Medtr7g101410   reduced apical hook angle       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    root hair length        TO:0002665      25774204        IMP             AMT     Medtr7g101410   reduced ectopic root hairs      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    gravity response trait  TO:0002693      25774204        IMP             ST      Medtr7g101410   No loss of geotropism   gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    hypocotyl anatomy and morphology trait  TO:0000757      25774204        IMP             AMT     Medtr7g101410   lack of inhibition of hypocotyl growth  gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1    root development trait  TO:0000656      25774204        IMP             GDT     Medtr7g101410   lack of inhibition of root growth       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   Reduced inhibition of root growth in response to application of exogenous cytokinin benzyl adenine      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   increased mycorrhizal infections        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   increased pathogenic fungal damage      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g101410   Skl1                    25774204        IMP                     Medtr7g101410   Reduced autocatylic ethylene production gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g056530   HAP2.1  root nodule anatomy and morphology trait        TO:0000898      25774204        IMP             AMT     Medtr1g056530   small root nodules      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g056530   HAP2.1                  25774204        IMP                     Medtr1g056530   nonfunctional root nodules      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g026850   CYCLOPS                 25774204        IMP                     Medtr5g026850   inhibited rhizobial infection   gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g026850   CYCLOPS                 25774204        IMP                     Medtr5g026850   inhibited mycorrhizal infection gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g026850   CYCLOPS root nodule anatomy and morphology trait        TO:0000898      25774204        IMP             AMT     Medtr5g026850   arrested nodule development     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g019040   NFP                     25774204        IMP                     Medtr5g019040   root nodules absent     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g019040   NFP                     25774204        IMP                     Medtr5g019040   Infection thread aborted        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g098560   SGL1    leaf shape      TO:0000492      25774204        IMP             AMT     Medtr3g098560   simple, unifoliate (not compound) leaves        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g098560   SGL1    petiole length  TO:0000766      25774204        IMP             AMT     Medtr3g098560   Short petiole   gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g098560   SGL1    flower anatomy and morphology trait     TO:0000499      25774204        IMP             AMT     Medtr3g098560   fused flowers   gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g011250   ANS     anthocyanin content     TO:0000071      25774204        IMP             BT      Medtr5g011250   Reduced leaf Anthocyanin levels gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr5g011250   ANS                     25774204        IMP                     Medtr5g011250   Reduced seed Oligomeric proanthocyanidin levels gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC                   25774204        IMP                     CAI29046.1      Reduced root Jasmonic Acid levels       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC                   25774204        IMP                     CAI29046.1      mycorrhizae delayed colonization        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC                   25774204        IMP                     CAI29046.1      Arbuscle formation decreased    gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAI29046.1      MtAOC                   25774204        IMP                     CAI29046.1      Arbuscle structure normal       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g099620   bHLH1   vascular bundle development trait       TO:0020109      25774204        IMP             GDT     Medtr3g099620   Assymetrical development of nodule vascular bundles     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g099620   bHLH1   plant organ growth and development trait        TO:0000927      25774204        IMP             GDT     Medtr3g099620   reduced growth of aboveground plant organs      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g099620   bHLH1                   25774204        IMP                     Medtr3g099620   Nodulation delayed      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g101600   CBF4    root length     TO:0000227      25774204        IMP             AMT     Medtr1g101600   Higher Primary root length      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr1g101600   CBF4    salt tolerance  TO:0006001      25774204        IMP             ST      Medtr1g101600   Salt-stress tolerance increased gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAR57918.1      MtCCD1  carotene content        TO:0000289      25774204        IMP             AMT     CAR57918.1      Apocarotenoid levels abnormal in roots  gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAR57918.1      MtCCD1                  25774204        IMP                     CAR57918.1      Degenerate arbuscles    gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058380   CDC16   lateral root length     TO:0001012      25774204        IMP             AMT     Medtr8g058380   Decreased lateral roots gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058380   CDC16   root nodule anatomy and morphology trait        TO:0000898      25774204        IMP             AMT     Medtr8g058380   Increased nodules       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058380   CDC16   auxin sensitivity       TO:0000163      25774204        IMP             ST      Medtr8g058380   Reduced auxin sensitivity by roots      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058380   CDC16   lateral root length     TO:0001012      25774204        IMP             AMT     Medtr8g058380   Decreased lateral roots gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058710   chitIII-3                       25774204        IMP                     Medtr8g058710   Increased fungal spore germination      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058710   chitIII-3                       25774204        IMP                     Medtr8g058710   Increased mycorrhizal infections        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g058710   chitIII-3                       25774204        IMP                     Medtr8g058710   Increased fungal spore production       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    ABE72958.1      CPK3    root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     ABE72958.1      Increased number of root nodules        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g021350   cyp716A12                       25774204        IMP                     Medtr3g021350   Impaired hemolytic saponin synthesis    gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr3g021350   cyp716A12       plant structure growth and development trait    TO:0000928      25774204        IMP             GDT     Medtr3g021350   Plant growth stunted    gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr8g020200   ELF4                    25774204        IMP                     Medtr8g020200   Circadian rhythm abnormal       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    CAD48198.1      ENOD40  tissue development trait        TO:0006015      25774204        IMP             GDT     CAD48198.1      Abnormal tissue development     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g085810   ERN                     25774204        IMP                     Medtr7g085810   Rhizobial colonization blocked  gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g085810   ERN                     25774204        IMP                     Medtr7g085810   Signal transduction for nodulation blocked      gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr7g085040   FTc     flower development trait        TO:0000622      25774204        IMP             GDT     Medtr7g085040   Flower development normal under long days       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)   plant structure growth and development trait    TO:0000928      25774204        IMP             GDT     Medtr2g035020   Plant growth stunted    gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)   germination rate        TO:0000430      25774204        IMP             SVT     Medtr2g035020   Seed germination delayed        gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)   root length     TO:0000227      25774204        IMP             AMT     Medtr2g035020   Roots short     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)   root branching  TO:0000257      25774204        IMP             AMT     Medtr2g035020   Roots less branched     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)                   25774204        IMP                     Medtr2g035020   Reduced saponins in roots       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    Medtr2g035020   GT3 (UGT73F3)                   25774204        IMP                     Medtr2g035020   Increased isoflavones in roots  gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    ADC33495.1      VPY                     25774204        IMP                     ADC33495.1      Rhizobial Infection thread abnormal     gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    ADC33495.1      VPY     root nodule number      TO:0000900      25774204        IMP             AMT     ADC33495.1      root nodulation decreased       gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson\r
+LIS    ADC33495.1      VPY                     25774204        IMP                     ADC33495.1      Aborted mycorrhizae formation   gene    taxon:3880      20150706        Ethan Johnson
\ No newline at end of file
diff --git a/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Rice.assoc b/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Rice.assoc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..17ca78d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,335 @@
+GR_gene        800010  AID1    spikelet sterility      TO:0000436      PMID:15247409   IMP             SFT     Os06g0181300    spikelet sterility      Gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson\r
+GR_gene        800010  AID1    tiller number   TO:0000346      PMID:15247409   IMP             AMT     Os06g0181300    few tillers     Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        800010  AID1    days to flowering       TO:0000344      PMID:15247409   IMP             GDT     Os06g0181300    late flowering  Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    leaf number     TO:0000241      PMID:15950602   IMP             AMT     Os06g0665400    increased leaf number   Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    primary branching of inflorescence      TO:0000052      PMID:15950602   IMP             AMT     Os06g0665400    abnormal panicle phyllotaxy     Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    inflorescence branching TO:0000050      PMID:15950602   IMP             GDT     Os06g0665400    decreased panicle branching     Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    reproductive homeotic development trait TO:0002613      PMID:15950602   IMP             GDT     Os06g0665400    homeotic floral transformations Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    fertility related trait TO:0000420      PMID:15950602   IMP             SFT     Os06g0665400    reduced fertility       Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1                    PMID:15950602   IMP                     Os06g0665400    smaller rachis meristem Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    primary branch number   TO:0000547      PMID:15950602   IMP             AMT     Os06g0665400    reduced primary branches        Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    spikelet number TO:0000456      PMID:15950602   IMP             YT      Os06g0665400    less than half the number of spikelets  Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60058   APO1    secondary branch number TO:0000557      PMID:15950602   IMP             AMT     Os06g0665400    less than half the number of secondary branches Gene    taxon:4530      20150415        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     leaf flexibility        TO:0000825      PMID:12953108   IMP                     Os03g0416200    leaves brittle at green stage   Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     leaf flexibility        TO:0000825      PMID:12953108   IMP                     Os03g0416200    leaves brittle at mature stage  Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     brittle culm    TO:0000200      PMID:12953108   IMP             AMT     Os03g0416200    culms brittle at green stage    Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     brittle culm    TO:0000200      PMID:12953108   IMP             AMT     Os03g0416200    culms brittle at mature stage   Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     grain shattering        TO:0000473      PMID:12953108   IMP             QT      Os03g0416200    panicles brittle at green stage Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1     grain shattering        TO:0000473      PMID:12953108   IMP             QT      Os03g0416200    panicles brittle at mature stage        Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60068   BC1                     PMID:12953108   IMP                     Os03g0416200    low content of alpha-cellulose in cell wall     Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60070   BC3     stem strength   TO:0000051      GR_gene:5651    IMP             AMT     Os02g0738900    weak culm       Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60070   BC3     brittle culm    TO:0000200      GR_gene:5651    IMP             AMT     Os02g0738900    brittle culm    Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60070   BC3     panicle size    TO:0006032      GR_gene:5651    IMP             AMT     Os02g0738900    short emergence of panicles     Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60070   BC3     panicle anatomy and morphology trait    TO:0000847      GR_gene:5651    IMP             AMT     Os02g0738900    incomplete emergence of panicles        Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60073   BC6                     GR_gene:5933    IMP                     Os09g0422500    all parts of plant are extremely brittle        Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80018   BLE3    root length     TO:0000227      PMID:16808934   IMP             AMT     Os05g0245300    short roots     Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80018   BLE3    inflorescence branching TO:0000050      PMID:16808934   IMP             AMT     Os05g0245300    less branching  Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80018   BLE3    plant height    TO:0000207      PMID:16808934   IMP             SVT     Os05g0245300    Semi-dwarf      Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101269  COIN    cold tolerance  TO:0000303      PMID:17549515   IMP             ST      Os01g0104100    tolerance to cold temperature   Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101269  COIN    salt tolerance  TO:0006001      PMID:17549515   IMP             ST      Os01g0104100    tolerance to salt       Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101269  COIN    drought tolerance       TO:0000276      PMID:17549515   IMP             ST      Os01g0104100    tolerance to drought-like conditions    Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101269  COIN    proline content TO:0006002      PMID:17549515   IMP             BT      Os01g0104100    increase in cellular proline content    Gene    taxon:4530      20150417        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20064   CPS1    plant height    TO:0000207      PMID:16861806   IMP             SVT     Os02g0278700    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20065   CPS2    plant height    TO:0000207      PMID:16861806   IMP             SVT     Os02g0571100    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20066   CPS4    plant height    TO:0000207      PMID:16861806   IMP             SVT     Os04g0178300    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80030   CPT1    shoot phototropism      TO:0002651      PMID:15598797   IMP             ST      Os02g0568200    complete loss of coleoptile phototropism        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80030   CPT1    root phototropism       TO:0002652      PMID:15598797   IMP             ST      Os02g0568200    Reduced root phototropism       Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      grain size      TO:0000397      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    small grain     Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      plant height    TO:0000207      PMID:12237405   IMP             SVT     Os05g0333200    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      stem length     TO:0000576      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    short stems     Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      leaf height     TO:0000541      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    short leaves    Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      leaf size       TO:0002637      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    broad leaves    Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      leaf color      TO:0000326      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    dark green leaves       Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      panicle axis angle      TO:0000342      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    erect paincles  Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      panicle compactness and shape   TO:0020001      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    compact panicles        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      glume width     TO:0020034      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    small glume     Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    round glumes    Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60184   D1      basal internode diameter        TO:0000132      PMID:12237405   IMP             AMT     Os05g0333200    thick internodes        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60192   D10     plant height    TO:0000207      GR_gene:5792    IMP             SVT     Os01g0746400    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60192   D10     tiller number   TO:0000346      GR_gene:5792    IMP             AMT     Os01g0746400    profuse tillers Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60192   D10                     GR_gene:5792    IMP                     Os01g0746400    slender tillers Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60192   D10     panicle size    TO:0006032      GR_gene:5792    IMP             AMT     Os01g0746400    small panicles  Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     plant height    TO:0000207      PMID:15705958   IMP             SVT     Os04g0469800    semidwarf       Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     stem internode anatomy and morphology trait     TO:0000756      PMID:15705958   IMP             AMT     Os04g0469800    second internode reduced        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     panicle length  TO:0000040      PMID:15705958   IMP             AMT     Os04g0469800    long panicles   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     grain number per plant  TO:0000440      PMID:15705958   IMP             AMT     Os04g0469800    sparse grain set        Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     grain shape     TO:0002730      PMID:15705958   IMP             AMT     Os04g0469800    round grains    Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60193   D11     grain size      TO:0000397      PMID:15705958   IMP             AMT     Os04g0469800    small grains    Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60186   D3      plant height    TO:0000207      PMID:15659436   IMP             SVT     Os06g0154200    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60186   D3      space per culm  TO:0000560      PMID:15659436   IMP             AMT     Os06g0154200    Many fine tillers       Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60186   D3      leaf size       TO:0002637      PMID:15659436   IMP             AMT     Os06g0154200    slender leaves  Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60213   D35     plant height    TO:0000207      PMID:15075394   IMP             SVT     Os06g0569500    Semi-dwarf      Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60213   D35                     PMID:15075394   IMP                     Os06g0569500    Gibberellin biosynthesis defective      Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60226   D61     plant height    TO:0000207      PMID:11006334   IMP             SVT     Os01g0718300    dwarf   Gene    taxon:4530      20150420        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    plant height    TO:0000207      PMID:16126864   IMP             SVT     Os03g0121901    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    leaf color      TO:0000326      PMID:16126864   IMP             AMT     Os03g0121901    dark green leaves       Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    rolled leaf     TO:0006064      PMID:16126864   IMP             GDT     Os03g0121901    rolled leaves   Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    shoot system anatomy and morphology trait       TO:0000077      PMID:16126864   IMP             AMT     Os03g0121901    twisted shoot   Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    root development trait  TO:0000656      PMID:16126864   IMP             GDT     Os03g0121901    abnormal root development       Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    adventitious root number        TO:0001006      PMID:16126864   IMP             AMT     Os03g0121901    few adventitious roots  Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1    chloroplast development trait   TO:0002715      PMID:16126864   IMP             AMT     Os03g0121901    ectopic chloroplast development in adventitious roots   Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101251  DCL1                    PMID:16126864   IMP                     Os03g0121901    miRNA accumulation in leaves absent     Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60233   DL      leaf attitude   TO:0000824      PMID:14729915   IMP             AMT     Os03g0215200    drooping leaves Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60233   DL      leaf midvein anatomy and morphology trait       TO:0000822      PMID:14729915   IMP             AMT     Os03g0215200    loss of midrib formation        Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60233   DL                      PMID:14729915   IMP                     Os03g0215200    abnormal carpel development     Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80029   DOS     leaf senescence TO:0000249      PMID:16778011   IMP             GDT     Os01g0192000    delayed leaf senescence Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    germination rate        TO:0000430              IMP             SVT     Os09g0434200    delayed germination     Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Os09g0434200    dwarf   Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    stress trait    TO:0000164              IMP             ST      Os09g0434200    tolerant to high salt stress    Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    stress trait    TO:0000164              IMP             ST      Os09g0434200    tolerant to high drought stress Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    coleoptile anatomy and morphology trait TO:0000753              IMP             AMT     Os09g0434200    abnormal growth of coleoptile   Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    shoot internode anatomy and morphology trait    TO:0000755              IMP             AMT     Os09g0434200    internodes may display two or more shoot apices Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    stem internode anatomy and morphology trait     TO:0000756              IMP             AMT     Os09g0434200    internodes may display two or more roots        Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene                DSG1    plant phenological trait        TO:0000933              IMP             GDT     Os09g0434200    bushy plant     Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   stem elongation TO:0006036      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    defects in stem elongation      Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   leaf elongation rate    TO:0000360      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    defects in leaf elongation      Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   cell growth and development trait       TO:0002686      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    failure in organization of cells in stem        Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   cell growth and development trait       TO:0002686      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    failure in organization of cells in leaf        Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   cell elongation trait   TO:0002687      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    failure in polar elongation of cells in stem    Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80017   DWARF   cell elongation trait   TO:0002687      PMID:12445121   IMP             GDT     Os03g0602300    failure in polar elongation of cells in leaf    Gene    taxon:4530      20150422        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  plant height    TO:0000207      PMID:16369540   IMP             SVT     Os03g0227700    slight dwarfism Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  leaf erect      TO:0000872      PMID:16369540   IMP             AMT     Os03g0227700    erect leaves    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  grain yield trait       TO:0000396      PMID:16369540   IMP             AMT     Os03g0227700    enhanced grain yield    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  panicle number  TO:0000152      PMID:16369540   IMP             AMT     Os03g0227700    increased panicle number        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  plant height    TO:0000207      PMID:16369540   IMP             SVT     Os03g0227700    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  leaf shape      TO:0000492      PMID:16369540   IMP             AMT     Os03g0227700    malformed leaves        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80016   DWARF4  leaf lamina anatomy and morphology trait        TO:0000829      PMID:16369540   IMP             AMT     Os03g0227700    tortuous leaf blades    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60320   EUI1    internode length        TO:0000145      PMID:16399803   IMP             AMT     Os05g0482400    internode doubles in length     Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60320   EUI1    panicle length  TO:0000040      PMID:16399803   IMP             AMT     Os05g0482400    panicle length increase Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60333   FON1    floral organ number     TO:0006038      PMID:16511358   IMP             AMT     Os06g0717200    increased floral organ number   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60333   FON1    plant structure growth and development trait    TO:0000928      PMID:16511358   IMP             GDT     Os06g0717200    enlarged floral meristem        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80005   FOR1    floral organ number     TO:0006038      PMID:16511358   IMP             AMT     Os07g0568700    extra floral organs in spikelet Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60339   FZP     floral organ development trait  TO:0006022      PMID:12835399   IMP             GDT     Os07g0669500    do not form floret      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60339   FZP     shoot branching TO:0002639      PMID:12835399   IMP             AMT     Os07g0669500    produce sequential rounds of branching  Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60339   FZP     glume number    TO:0006029      PMID:12835399   IMP             GDT     Os07g0669500    produce several rudimentary glumes per branch   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60366   GH2     lemma and palea color   TO:0000264      PMID:16443696   IMP             AMT     Os02g0187800    brownish green lemma at panicle exsertion       Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60366   GH2     lemma and palea color   TO:0000264      PMID:16443696   IMP             AMT     Os02g0187800    brownish green palea at panicle exsertion       Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60366   GH2     hull color      TO:0000706      PMID:16443696   IMP             QT      Os02g0187800    golden hull at maturity Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60366   GH2     internode color TO:0000426      PMID:16443696   IMP             AMT     Os02g0187800    golden internode has intensified color  Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene                Gi      photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934              IMP                     Os01g0182600    suppressor of flowering under long-day photoperiodism   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80024   GID2    plant height    TO:0000207      PMID:12649483   IMP             SVT     Os02g0580300    dwarf   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80024   GID2    leaf lamina width       TO:0002720      PMID:12649483   IMP             AMT     Os02g0580300    wide leaf blades        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80024   GID2    leaf color      TO:0000326      PMID:12649483   IMP             AMT     Os02g0580300    dark green leaves       Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80024   GID2    sterility related trait TO:0000485      PMID:12649483   IMP             SFT     Os02g0580300    mutant is sterile       Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80062   GIF1    fruit ripening trait    TO:0002633      PMID:18820698   IMP             GDT     Os04g0413500    slow grain filling      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80062   GIF1    chalky endosperm        TO:0000266      PMID:18820698   IMP             QT      Os04g0413500    increased grain chalkiness      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80062   GIF1    dehulled grain weight   TO:0000590      PMID:18820698   IMP             AMT     Os04g0413500    reduced grain weight    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80062   GIF1    starch grain shape      TO:0002656      PMID:18820698   IMP             QT      Os04g0413500    abnormal starch granules        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    plant height    TO:0000207      PMID:17092317   IMP             SVT     Os04g0550600    dwarf   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    plant phenological trait        TO:0000933      PMID:17092317   IMP             GDT     Os04g0550600    bushy   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    tillering ability       TO:0000329      PMID:17092317   IMP             GDT     Os04g0550600    High tillering due to high release of axillary buds     Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    auxin sensitivity       TO:0000163      PMID:17092317   IMP             ST      Os04g0550600    independent of IAA      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    auxin sensitivity       TO:0000163      PMID:17092317   IMP             ST      Os04g0550600    independent of ABA      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80027   HTD1    auxin sensitivity       TO:0000163      PMID:17092317   IMP             ST      Os04g0550600    independent of GA       Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20067   KS1     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os04g0611800    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20068   KS2     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os04g0612000    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20070   KS4     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os04g0179700    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20071   KS5     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os02g0571300    dwarf   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20072   KS6     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os02g0571800    dwarf   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20073   KS7     plant height    TO:0000207      PMID:17141283   IMP             SVT     Os02g0570400    dwarf   Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60493   LAX     relative spikelet number        TO:0001033      PMID:7896104    IMP             AMT     Os01g0831000    sparse setting of spikelets     Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60493   LAX     spikelet anatomy and morphology trait   TO:0000657      PMID:7896104    IMP             AMT     Os01g0831000    deformed spikelets at low temperatures  Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60493   LAX     temperature response trait      TO:0000432      PMID:7896104    IMP             ST      Os01g0831000    absence of spikelet at low temperature  Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log                     PMID:17287810   IMP                     Os01g0588900    reduced number of active meristematic cells in shoot apical meristem    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log     inflorescence development trait TO:0000621      PMID:17287810   IMP             GDT     Os01g0588900    arrest of inflorescence lateral meristem development    Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log     primary branch number   TO:0000547      PMID:17287810   IMP             AMT     Os01g0588900    few inflorescence branches      Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log     panicle size    TO:0006032      PMID:17287810   IMP             AMT     Os01g0588900    small panicles  Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log     meristem identity       TO:0006017      PMID:17287810   IMP             GDT     Os01g0588900    floral meristem flattens        Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log     pistil number   TO:0002659      PMID:17287810   IMP             AMT     Os01g0588900    flower lacks pistil     Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101253  Log                     PMID:17287810   IMP                     Os01g0588900    Defective in the cytokinin activation pathways leading to the active free base form     Gene    taxon:4530      20150424        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80009   LSI1    grain yield trait       TO:0000396      PMID:16572174   IMP             AMT     Os02g0745100    grain yield is reduced  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80009   LSI1                    PMID:16572174   IMP                     Os02g0745100    reduced silicon uptake  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80009   LSI1    animal damage resistance        TO:0000054      PMID:16572174   IMP             ST      Os02g0745100    susceptible to pests    Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80009   LSI1    disease resistance      TO:0000112      PMID:16572174   IMP             ST      Os02g0745100    susceptible to disease  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80037   LSI2    growth and development trait    TO:0000357      PMID:17625566   IMP             GDT     Os03g0107300    reduced growth  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80037   LSI2    pericarp color  TO:0000707      PMID:17625566   IMP             AMT     Os03g0107300    grain discoloration     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80037   LSI2                    PMID:17625566   IMP                     Os03g0107300    low silicon in shoot    Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80037   LSI2                    PMID:17625566   IMP                     Os03g0107300    low silicon in hull     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80015   MADS1   lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      PMID:16146529   IMP             AMT     Os03g0215400    leafy lemma     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80015   MADS1   lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      PMID:16146529   IMP             AMT     Os03g0215400    leafy palea     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80015   MADS1                   PMID:16146529   IMP                     Os03g0215400    open hull       Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80015   MADS1   stamen number   TO:0000225      PMID:16146529   IMP             AMT     Os03g0215400    reduced stamen number   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80015   MADS1   carpel number   TO:0006013      PMID:16146529   IMP             AMT     Os03g0215400    increased carpel number Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80041   MADS13  female sterility        TO:0000358      PMID:10528264   IMP             SFT     Os12g0207000    female sterile  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80041   MADS13  reproductive homeotic development trait TO:0002613      PMID:10528264   IMP             GDT     Os12g0207000    ovules converted to carpels     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80041   MADS13  flower development trait        TO:0000622      PMID:10528264   IMP             GDT     Os12g0207000    indeterminate flower growth     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80041   MADS13                  PMID:10528264   IMP                     Os12g0207000    extra stigmas protruding from carpels   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80025   MADS18  flowering time trait    TO:0002616      PMID:15299121   IMP             GDT     Os07g0605200    early flowering Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80025   MADS18  plant height    TO:0000207      PMID:15299121   IMP             SVT     Os07g0605200    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80025   MADS18  shoot elongation rate   TO:0000368      PMID:15299121   IMP             GDT     Os07g0605200    low rate of internonde elongation       Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80025   MADS18  leaf sheath length      TO:0002689      PMID:15299121   IMP             AMT     Os07g0605200    reduction of length of leaf sheath      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80021   MADS22  floral organ development trait  TO:0006022      PMID:15682279   IMP             GDT     Os02g0761000    aberrant floral morphogenesis   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80021   MADS22  bract anatomy and morphology trait      TO:0000815      PMID:15682279   IMP             AMT     Os02g0761000    disorganized palea      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80021   MADS22  glume length    TO:0020033      PMID:15682279   IMP             AMT     Os02g0761000    elongated glume Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80021   MADS22  floret number per spikelet      TO:0006033      PMID:15682279   IMP             AMT     Os02g0761000    Two-floret spikelet     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MDP1    seminal root length     TO:0000586      PMID:16827922   IMP             AMT     Os03g0186600    shortened primary roots Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MDP1    coleoptile length       TO:0001007      PMID:16827922   IMP             AMT     Os03g0186600    elongated coleoptiles   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MDP1    leaf lamina joint bending       TO:0002688      PMID:16827922   IMP             AMT     Os03g0186600    enhanced lamina joint inclinations      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MEL1    meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:17675402   IMP             GDT     Os03g0800200    chromosome condensation arrested in early meiotic stage Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MEL1    plant cell anatomy and morphology trait TO:0002683      PMID:17675402   IMP             AMT     Os03g0800200    irregularly sized pollen mother cell in anther  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MEL1    plant cell anatomy and morphology trait TO:0002683      PMID:17675402   IMP             AMT     Os03g0800200    multinucleated pollen mother cell in anther     Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80019   MEL1    plant cell anatomy and morphology trait TO:0002683      PMID:17675402   IMP             AMT     Os03g0800200    vacuolated pollen mother cell in anther Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80008   MOC1    tillering ability       TO:0000329      PMID:12687001   IMP             GDT     Os06g0610300    Complete loss of tiller formation       Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61178   MSP1    microsporocyte number   TO:0000726      PMID:12897248   IMP             GDT     Os01g0917500    excessive number of sporocytes  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61178   MSP1                    PMID:12897248   IMP                     Os01g0917500    disordered anther walls Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61178   MSP1                    PMID:12897248   IMP                     Os01g0917500    loss of tapetum layer   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61178   MSP1    cell growth and development trait       TO:0002686      PMID:12897248   IMP             GDT     Os01g0917500    arrest of pollen mother cell development        Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61178   MSP1    male sterility  TO:0000437      PMID:12897248   IMP             SFT     Os01g0917500    male sterile    Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80011   OSNOP   pollen free     TO:0000245      PMID:15952069   IMP             SFT     Os06g0607900    Pollen-less at flowering stage  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    chromosomes become entangled during prophase 1  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    chromosomes compact adhered to a nucleolus      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    chromosomes form sphere adhered to a nucleolus  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    homologous pairing failed to occur      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   male sterility  TO:0000437      PMID:15031413   IMP             SFT     Os03g0106300    complete sterility of male gametes      Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   female sterility        TO:0000358      PMID:15031413   IMP             SFT     Os03g0106300    complete sterility of female gametes    Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    at anaphase I uneven spore production   Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100119  PAIR1   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:15031413   IMP             GDT     Os03g0106300    at telophase 1 uneven spore production  Gene    taxon:4530      20150427        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100120  PAIR2   sterility or fertility trait    TO:0000392      PMID:14758540   IMP             SFT     Os09g0506800    sterile Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100120  PAIR2   meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:14758540   IMP             GDT     Os09g0506800    Loss of homologous chromosome pairing   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PLA1    basic vegetative phase  TO:0000461      PMID: 25243048  IMP             GDT     Os10g0403000    leaves differentiate faster in vegetative phase Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PLA1    panicle number  TO:0000152      PMID: 25243048  IMP             AMT     Os10g0403000    panicle development disturbed   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PLA1    shoot apical meristem development       TO:0006020      PMID: 25243048  IMP             GDT     Os10g0403000    larger shoot apical meristem    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    plastochron     TO:0000735      PMID:16461585   IMP             GDT     Os01g0907900    shortened plastochron   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    plant height    TO:0000207      PMID:16461585   IMP             SVT     Os01g0907900    dwarfism        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    leaf size       TO:0002637      PMID:16461585   IMP             AMT     Os01g0907900    reduction of leaf size  Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    tiller number   TO:0000346      PMID:16461585   IMP             AMT     Os01g0907900    reduction of tiller number      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    leaf growth and development trait       TO:0000655      PMID:16461585   IMP             GDT     Os01g0907900    acceleration of leaf maturation Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61182   PLA2    shoot system growth and development trait       TO:0000654      PMID:16461585   IMP             GDT     Os01g0907900    ectopic shoot formation Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80013   PNH1    leaf growth and development trait       TO:0000655      PMID:12000455   IMP             GDT     Os06g0597400    malformed leaves        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80013   PNH1    vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      PMID:12000455   IMP             AMT     Os06g0597400    altered vascular arrangement    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80013   PNH1    plant structure anatomy and morphology trait    TO:0000839      PMID:12000455   IMP             AMT     Os06g0597400    abnormal internal structure     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80061   PROG1   growth and development trait    TO:0000357      PMID:18820699   IMP             GDT     Os07g0153600    erect growth    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80061   PROG1   grain number    TO:0002759      PMID:18820699   IMP             AMT     Os07g0153600    greater grain number    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PSD     relative growth rate    TO:0000515      PMID: 18850055  IMP             SVT     Os07g0613300    slow growth     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PSD     inflorescence development trait TO:0000621      PMID: 18850055  IMP             GDT     Os07g0613300    delayed panicle heading Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                PSD     fertility related trait TO:0000420      PMID: 18850055  IMP             SFT     Os07g0613300    reduced fertility       Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101187  PSS1    sterility or fertility trait    TO:0000392      PMID:17279367   IMP             SFT     Os08g0117000    pollen semi-sterility   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101187  PSS1                    PMID:17279367   IMP                     Os08g0117000    anther indehiscence unaffected by growth duration       Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101187  PSS1    meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:17279367   IMP             GDT     Os08g0117000    female gamete normal    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    days to heading TO:0000137      PMID:12148532   IMP             GDT     Os11g0152500    delayed heading Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    leaf number     TO:0000241      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    increased leaf number in short-day conditions   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    leaf number     TO:0000241      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    increased leaf number in long-day conditions    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    altered inflorescence morphology        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    primary branch number   TO:0000547      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    increased number of primary branches in inflorescence   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    secondary branch number TO:0000557      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    increased number of secondary branches in inflorescence Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100117  RCN1    floret number   TO:0000670      PMID:12148532   IMP             AMT     Os11g0152500    increased number of florets     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    days to heading TO:0000137      PMID:12148532   IMP             GDT     Os02g0531600    delay in heading        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    leaf number     TO:0000241      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    increased number of leaves in short-day conditions      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    leaf number     TO:0000241      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    increased number of leaves in long-day conditions       Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    altered inflorescence morphology        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    primary branch number   TO:0000547      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    increased number of primary branches    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    secondary branch number TO:0000557      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    increased number of secondary branches  Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        100118  RCN2    floret number   TO:0000670      PMID:12148532   IMP             AMT     Os02g0531600    increased number of florets     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80028   REH1    root development trait  TO:0000656      PMID:16085936   IMP             GDT     Os02g0743400    Adventitious root development inhibited Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80028   REH1    tiller number   TO:0000346      PMID:16085936   IMP             AMT     Os02g0743400    altered tiller number   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80028   REH1    root to shoot ratio     TO:0000278      PMID:16085936   IMP             AMT     Os02g0743400    altered root to shoot ratio     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80028   REH1    root number     TO:0000084      PMID:16085936   IMP             AMT     Os02g0743400    decrease advititious root number        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80028   REH1    plant structure growth and development trait    TO:0000928      PMID:16085936   IMP             GDT     Os02g0743400    arrest of primordia emergence   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60839   SBE3    amylose content TO:0000196      PMID:8360192    IMP             BT      Os02g0528200    exceptionally high levels of amylose    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                SCR     cell cycle trait        TO:0000728      PMID: 26023934  IMP             GDT     Os12g0122000    asymmetric cell division        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60842   SD1     plant height    TO:0000207      PMID:11961544   IMP             SVT     Os01g0883800    semi-dwarf      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60842   SD1     lodging incidence       TO:0000068      PMID:11961544   IMP             ST      Os01g0883800    resistant to lodging at high fertilizer level   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60842   SD1     yield trait     TO:0000371      PMID:11961544   IMP             YT      Os01g0883800    high yielding   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60842   SD1     cell cycle trait        TO:0000728      PMID:11961544   IMP             GDT     Os01g0883800    inhibition of cell division during elongation of internode      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60842   SD1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:11961544   IMP             BT      Os01g0883800    Defective in biosynthetic enzyme GA20ox-2 that catalyzed the conversion of GA53 to GA20 Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                SDR4    seed dormancy   TO:0000253      PMID: 26205956  IMP             ST      Os07g0585700    pronounced seed dormancy        Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene                SDR4    percent germination     TO:0010001      PMID: 26205956  IMP             SVT     Os07g0585700    seeds unable to germinate under favorable conditions    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60864   SE5     plant height    TO:0000207      PMID:10849355   IMP             SVT     Os06g0603000    Semi-dwarf      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60864   SE5                     PMID:10849355   IMP                     Os06g0603000    few stems       Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60864   SE5     leaf color      TO:0000326      PMID:10849355   IMP             AMT     Os06g0603000    yellow leaves   Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60864   SE5     days to flowering trait TO:0000344      PMID:10849355   IMP             GDT     Os06g0603000    early flowering Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        61191   SGR     chlorophyll content on intact leaf      TO:0012002      PMID:17513504   IMP             BT      Os09g0532000    high chlorophyll content in leaves      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    shoot apical meristem development       TO:0006020      PMID:10095070   IMP             GDT     Os01g0527600    shoot apical meristem of the plant embryo is lacking    Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    coleoptile anatomy and morphology trait TO:0000753      PMID:10095070   IMP             AMT     Os01g0527600    coleoptile  of the plant embryo is lacking      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    plant embryo anatomy and morphology trait       TO:0000064      PMID:10095070   IMP             AMT     Os01g0527600    epiblast of the plant embryo is lacking Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    shoot apical meristem development       TO:0006020      PMID:10095070   IMP             GDT     Os01g0527600    shoot apical meristem of the mature plant embryo is lacking     Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    coleoptile anatomy and morphology trait TO:0000753      PMID:10095070   IMP             AMT     Os01g0527600    coleoptile  of the mature plant embryo is lacking       Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    leaf width      TO:0000370      PMID:10095070   IMP             AMT     Os01g0527600    seedlings narrow leaves Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    leaf size       TO:0002637      PMID:10095070   IMP             AMT     Os01g0527600    seedlings small leaves. Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60880   SHL2    seedling vigor  TO:0000280      PMID:10095070   IMP             SVT     Os01g0527600    Seedlings withered      Gene    taxon:4530      20150429        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4    shoot apical meristem development       TO:0006020      PMID:10409508   IMP             GDT     Os03g0449200    shoot apical meristem not differentiated        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4    shoot system growth and development trait       TO:0000654      PMID:10409508   IMP             GDT     Os03g0449200    shoot fails to grow     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    coleoptile absent       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    epiblast absent Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    scutellum normal        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4                    PMID:10409508   IMP                     Os03g0449200    radicle normal  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60882   SHL4    root development trait  TO:0000656      PMID:10409508   IMP             GDT     Os03g0449200    roots grow normally     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_gene:1477    IMP             GDT     Os04g0509300    malformed shoot apical meristem Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    plastochron     TO:0000735      GR_gene:1477    IMP             GDT     Os04g0509300    short plastochron       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_gene:1477    IMP             AMT     Os04g0509300    aberrant leaves Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    leaf number     TO:0000241      GR_gene:1477    IMP             AMT     Os04g0509300    increased leaf production       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    leaf shape      TO:0000492      GR_gene:1477    IMP             AMT     Os04g0509300    leaves thread-like (short/narrow)       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    shoot apical meristem development       TO:0006020      GR_gene:1477    IMP             GDT     Os04g0509300    shoot apical meristem flat      Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60883   SHO1    cell cycle trait        TO:0000728      GR_gene:1477    IMP             GDT     Os04g0509300    disorganized cell division in shoot meristem    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      GR_gene:6472    IMP             AMT     Os01g0129200    degenerated lemma       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     lemma and palea anatomy and morphology trait    TO:0000079      GR_gene:6472    IMP             AMT     Os01g0129200    degenerated palea       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     sterility or fertility trait    TO:0000392      GR_gene:6472    IMP             SFT     Os01g0129200    stamen nonfunctional    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     male sterility  TO:0000437      GR_gene:6472    IMP             SFT     Os01g0129200    male sterile    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     stamen anatomy and morphology trait     TO:0000215      GR_gene:6472    IMP             AMT     Os01g0129200    stamens malformed       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     reproductive homeotic development trait TO:0002613      GR_gene:6472    IMP             GDT     Os01g0129200    stamens transformed to pistils  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      GR_gene:6472    IMP             AMT     Os01g0129200    Mutant floret has 3 ovaries     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60936   SL1     fertility related trait TO:0000420      GR_gene:6472    IMP             SFT     Os01g0129200    female fertile  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60897   SLR     shoot system anatomy and morphology trait       TO:0000077      PMID:11340177   IMP             AMT     Os03g0707600    slender shoots  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60897   SLR     internode length        TO:0000145      PMID:11340177   IMP             AMT     Os03g0707600    basal internodes elongated      Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60897   SLR     root number     TO:0000084      PMID:11340177   IMP             AMT     Os03g0707600    reduced root number     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60897   SLR     root length     TO:0000227      PMID:11340177   IMP             AMT     Os03g0707600    reduced root length     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60897   SLR     plant cell length       TO:0020107      PMID:11340177   IMP             AMT     Os03g0707600    increased cell length at leaf sheath    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80036   SNB     floral bract number     TO:0006026      PMID:17144896   IMP             GDT     Os07g0235800    multiple rudimentary bracts     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80036   SNB     bract anatomy and morphology trait      TO:0000815      PMID:17144896   IMP             AMT     Os07g0235800    rudimentary bract       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80036   SNB     phyllotaxy      TO:0006014      PMID:17144896   IMP             AMT     Os07g0235800    bracts in alternative phyllotaxy        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80036   SNB     anatomy and morphology trait    TO:0000017      PMID:17144896   IMP             AMT     Os07g0235800    interfered with subsequent floral architecture  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     panicle length  TO:0000040      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    short panicle   Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     primary branch number   TO:0000547      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    absence of primary branches in lower part of ear axis   Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     spikelets per panicle length    TO:0000565      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    spikelets per panicle decreased Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     primary branch number   TO:0000547      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    primary branches per panicle reduced    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     secondary branch number TO:0000557      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    secondary branches per primary branch reduced   Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     relative spikelet number        TO:0001033      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    number of spikelets per primary branch reduced  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60900   SP1     relative spikelet number        TO:0001033      GR_gene:1712    IMP             AMT     Os11g0235200    number of spikelets per secondary branch reduced        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80031   SPK     protein content TO:0000598      PMID:8325505    IMP             BT      Os10G0539600    decreased amount of proteins    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80031   SPK     protein composition related trait       TO:0000490      PMID:8325505    IMP             QT      Os10G0539600    altered protein composition     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80031   SPK     endosperm storage protein content       TO:0002653      PMID:8325505    IMP             QT      Os10G0539600    lacks seed storage      Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60912   SPL11   leaf lamina color       TO:0000299      PMID:10939258   IMP             AMT     Os12g0570000    rust colored spots over entire leaf blade during tillering      Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60912   SPL11   leaf midrib color       TO:0000720      PMID:10939258   IMP             AMT     Os12g0570000    rust colored spots most concentrated along midrib       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        60908   SPL7    leaf color      TO:0000326      PMID:12032317   IMP             AMT     Os05g0530400    reddish brown spots on leaves   Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80023   SPY     internode length        TO:0000145      PMID:17052323   IMP             AMT     Os08g0559300    elongation of lower internodes  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80023   SPY     leaf lamina joint bending       TO:0002688      PMID:17052323   IMP             AMT     Os08g0559300    increased lamina joint bending  Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene                STAR1   aluminum sensitivity    TO:0000354      PMID: 24253199  IMP             ST      Os06g0695800    Sensitive to aluminum   Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC                    PMID:11244106   IMP                     Os01g0501700    pale green shoot        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    leaf color      TO:0000326      PMID:11244106   IMP             AMT     Os01g0501700    pale green leaves       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll content     TO:0000495      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    shoot reduction in total chlorophyll    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll-a content   TO:0000293      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    shoot reduction of chlorophyll-a        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll-b content   TO:0000295      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    shoot reduction of chlorophyll-b        Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll content     TO:0000495      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    leaf reduction in total chlorophyll     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll-a content   TO:0000293      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    leaf reduction of chlorophyll-a Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    chlorophyll-b content   TO:0000295      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    leaf reduction of chlorophyll-b Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC    abscisic acid content   TO:0002667      PMID:11244106   IMP             BT      Os01g0501700    basal level of abscisic acid (ABA) accumulation after 30minutes of drought treatment compared to rapid  accumulation of ABA after 30 min of drought treatment in wild type plants.      Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101258  TatC                    PMID:11244106   IMP                     Os01g0501700    increased water loss from detached leaves       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80012   TB1     inflorescence branching TO:0000050      PMID:12581309   IMP             AMT     Os03g0706500    reduced lateral branching       Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20145   TDR     male sterility  TO:0000437      PMID:16896230   IMP             SFT     Os02g0120500    male sterile    Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        20145   TDR     plant organ growth and development trait        TO:0000927      PMID:16896230   IMP             GDT     Os02g0120500    abnormal stamen development     Gene    taxon:4530      20150501        Ethan Johnson\r
+GR_gene        10807   TPC1    plant height    TO:0000207      PMID:15111725   IMP             SVT     Os01g0678500    Semidwarf       Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80007   UDT1    meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:16141453   IMP             GDT     Os07g0549600    tapeta failed to differentiate during meiotic stage     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80007   UDT1    meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:16141453   IMP             GDT     Os07g0549600    tapeta became vacuolated during meiotic phase   Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80007   UDT1    meiotic cell cycle trait        TO:0000729      PMID:16141453   IMP             GDT     Os07g0549600    meiocytes did not develop to microspores        Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80007   UDT1    pollen free     TO:0000245      PMID:16141453   IMP             SFT     Os07g0549600    anther locules didn't contain pollen grains     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                VP1     embryo development trait        TO:0000620      PMID: 20805329  IMP             GDT     Os01g0911700    arrest of embryo growth Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    embryo development trait        TO:0000620      PMID: 20805329  IMP             GDT     Os07g0164000    abnormal embryo development     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1                    PMID: 20805329  IMP                     Os07g0164000    incomplete penetrance of seedling lethality     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    abnormal leaf morphology        Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    root length     TO:0000227      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    short roots     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    lateral root number     TO:0001013      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    few lateral roots       Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    panicle length  TO:0000040      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    short panicle   Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    inflorescence bract length      TO:0000817      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    elongated bracts        Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    spikelet anatomy and morphology trait   TO:0000657      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    abnormal spikelet morphology    Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    floral organ number     TO:0006038      PMID: 20805329  IMP             AMT     Os07g0164000    reduced floral organ number     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene                WAF1    sterility related trait TO:0000485      PMID: 20805329  IMP             SFT     Os07g0164000    sterile Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80022   WDA1    fat and essential oil composition related trait TO:0000491      PMID:17138699   IMP             QT      Os10g0471100    defects in very-long-chain fatty acids in anther        Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80022   WDA1    inflorescence waxiness  TO:0000787      PMID:17138699   IMP             AMT     Os10g0471100    epicuticular wax absent on anther       Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80022   WDA1                    PMID:17138699   IMP                     Os10g0471100    microspore development retarded Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80022   WDA1                    PMID:17138699   IMP                     Os10g0471100    defective pollen exine formation in anthers     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80022   WDA1                    PMID:17138699   IMP                     Os10g0471100    primary alcohol levels reduced  Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80014   YAB1    stamen number   TO:0000225      PMID:15604733   IMP             AMT     Os07g0160100    produced additional stamens     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        80014   YAB1    carpel number   TO:0006013      PMID:15604733   IMP             AMT     Os07g0160100    produced additional carpels     Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101186  ZEP1    leaf rolling    TO:0000085      PMID:11244106   IMP             AMT     Os04g0448900    wilty   Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101186  ZEP1    germination rate        TO:0000430      PMID:11244106   IMP             SVT     Os04g0448900    precocious germination  Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson\r
+GR_gene        101186  ZEP1    abscisic acid content   TO:0002667      PMID:11244106   IMP             BT      Os04g0448900    low abscisic acid levels        Gene    taxon:4530      20150504        Ethan Johnson
\ No newline at end of file
diff --git a/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Soybean.assoc b/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Soybean.assoc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d97d4d3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,49 @@
+SoyBase        Glyma01g36600   E2-1    flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma01g36600   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma02g05450   Wp      flower color    TO:0000537       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma02g05450   Pink flowers    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma02g05450   Wp      seed coat color TO:0000190       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma02g05450   Seed coat Grey  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma02g39230   GmFAD3-2        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma02g39230   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma03g32500   GmLPA1-1                         PMID: 25774204 IMP                     Glyma03g32500   low phytic acid concentration in seeds  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma04g11010   GmCRY1  photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma04g11010   Late flowering under short day  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma04g11010   GmCRY1  blue light sensitivity  TO:0000159       PMID: 25774204 IMP             ST      Glyma04g11010   blue light insensitive  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma05g27840   Eu1-1   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma05g27840   Embryo urease activity  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g18890.1 RS2     raffinose content       TO:0006004       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma06g18890.1 Seed raffinose concentration reduced    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g18890.1 RS2                      PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g18890.1 Seed raffinose synthase activity reduced        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g18890.1 RS1-2   raffinose content       TO:0006004       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma06g18890.1 Seed raffinose concentration    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g18890.1 RS1-2   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g18890.1 Seed raffinose synthase activity reduced        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g19820   AMDH2 BADH2     enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma06g19820   Seed amino aldehyde dehydrogenase activity reduced      gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g19820   AMDH2 BADH2                      PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g19820   Seed 2-acetyl-1-pyroline conc. Increased        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g21920   T                        PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g21920   Gray pubescence gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g21920   T                        PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g21920   tan hilum       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g23026   E1-1    photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma06g23026   Early flowering under long days gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma06g23026   E1-1    photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma06g23026   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma08g06630   ANR1    enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma08g06630   Anthocyanin Reductase activitiy reduced gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma08g06630   ANR1                     PMID: 25774204 IMP                     Glyma08g06630   Epicatechin conc. Increased     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma08g08970   Eu3-1   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma08g08970   whole plant urease activity     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma09g36983                            PMID: 25774204 IMP                     Glyma09g36983   Brown hilum     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma09g36983           seed coat color TO:0000190       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma09g36983   Brown seed coat color   gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma10g42470   GmFAD2-1        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma10g42470   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma11g27480   GmAS1-A enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma11g27480   High asparagine synthase activity in seed coats gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma11g27480   GmAS1-A endosperm storage protein content       TO:0002653       PMID: 25774204 IMP             QT      Glyma11g27480   High seed protein content       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma11g37250   EU4-1   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma11g37250   Urease activity gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma14g04380   Eu2-1   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma14g04380   whole plant urease activity     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma14g09510   GmASPGB1-A      enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma14g09510   High asparaginase activity in seed coats        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma14g09510   GmASPGB1-1      endosperm storage protein content       TO:0002653       PMID: 25774204 IMP             QT      Glyma14g09510   high seed protein content       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma14g27990   GmFAB2-3        stearic acid content    TO:0005003       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma14g27990   High seed stearic acid content  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma14g37350   GmFAD3-1        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma14g37350   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g01980   GmLHY1  seedling hypocotyl length       TO:0006065       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma16g01980   increased hypocotyl length      gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g01980   GmLHY1                   PMID: 25774204 IMP                     Glyma16g01980   Abnormal circadian rythmn       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g01980   GmLHY1  photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma16g01980   Delayed flowering under short-day regimen       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g04830   GmFT5-A photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma16g04830   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g04830   GmFT5-A flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma16g04830   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g26660   GmFT2-A photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma16g26660   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma16g26660   GmFT2-A flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma16g26660   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma18g02210   MIPS1                    PMID: 25774204 IMP                     Glyma18g02210   emergence reduced       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma18g06950   GmFAD3-3        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma18g06950   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma19g35230   GmLPA1-2                         PMID: 25774204 IMP                     Glyma19g35230   low phytic acid concentration in seeds  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma19g41210   E3-1    flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma19g41210   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma19g41210   E3-1                     PMID: 25774204 IMP                     Glyma19g41210   Reduced far-red photo-reception gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma20g22160   PhyA2   photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma20g22160   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma20g22160   PhyA2   photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             GDT     Glyma20g22160   Late flowering in short day     gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma20g24530   GmFAD2-2        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             BT      Glyma20g24530   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma20g25000   Ln      vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma20g25000   narrow leaflet  gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
+SoyBase        Glyma20g25000   Ln      seed number     TO:0000445       PMID: 25774204 IMP             AMT     Glyma20g25000   Increased number of seeds per plant     gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson
\ No newline at end of file
diff --git a/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Tomato.assoc b/to-associations/Test_TO/TO_ontology_IMP_gene_Tomato.assoc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5119d84
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,201 @@
+SGN_gene       197     b       beta-carotene content   TO:0002695              IMP             BT      Solyc06g074240  high fruit beta-carotene        gene    taxon:4081      20150710        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       197     b       lycopene content        TO:0002699              IMP             BT      Solyc06g074240  low fruit lycopene      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       197     b       lycopene content        TO:0002699              IMP             BT      Solyc06g074240  high fruit lycopene     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       197     b                               IMP                     Solyc06g074240  tawny-orange corolla    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       187     bsr4    bacterial disease resistance    TO:0000315              IMP             ST      Solyc05g007850  resistance to bacterial spot    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       187     bsr4                            IMP                     Solyc05g007850  HR response against Xanthomonas campestris pv. vesicatoria      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       799     det1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc01g056340  mature green fruits are dark green (enhanced pigment)   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       799     det1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc01g056340  immature green fruits are dark green    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       799     det1    pigment content TO:0000494              IMP             AMT     Solyc01g056340  mature red fruits have enhanced pigment gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5560    gamybl1                         IMP                     Solyc01g009070  no seed germination     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5560    gamybl1 gibberellic acid content        TO:0002675              IMP             BT      Solyc01g009070  gibberellin deficiency  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       961     man4                            IMP                     Solyc01g008710  Inactive mannosidase in the fruit       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       292     y                               IMP                     Solyc01g079620  Decreased naringenin chalcone   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       292     y       epicarp color   TO:0002620              IMP             AMT     Solyc01g079620  Colorless fruit epidermis       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       8308    CD2                             IMP                     Solyc01g091630  Decreased cutin gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       253     chln    leaf vein color TO:0000719              IMP             AMT     Solyc01g100490  yellow leaf veins       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       253     chln    plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc01g100490  small plant size        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       253     chln    leaf chlorosis  TO:0006060              IMP             AMT     Solyc01g100490  chlorotic upper leaves  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr                              IMP                     Solyc01g104340  green fruit flesh       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr      lycopene content        TO:0002699              IMP             BT      Solyc01g104340  decreased fruit lycopene        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr      ethylene sensitivity    TO:0000173              IMP             ST      Solyc01g104340  reduced ethylene sensitivity in fruits  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr      leaf senescence TO:0000249              IMP             GDT     Solyc01g104340  delayed petal senescence        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr                              IMP                     Solyc01g104340  Delayed floral abscission       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       662     Gr      fruit growth and development trait      TO:0000929              IMP             GDT     Solyc01g104340  fruit softening inhibited       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1    chlorophyll content     TO:0000495              IMP             BT      Solyc02g021650  chlorophyll increased   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1    carotenoid content      TO:0000496              IMP             BT      Solyc02g021650  carotenoids increased   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1                            IMP                     Solyc02g021650  ascorbic acid increased gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1                            IMP                     Solyc02g021650  increased plastid number        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1    plastid development trait       TO:0002714              IMP             GDT     Solyc02g021650  increased plastid size  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1    leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc02g021650  dark green leaves       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1515    ddb1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc02g021650  deep red fruits gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       301     s                               IMP                     Solyc02g077390  compound inflorescence  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6    leaf midvein anatomy and morphology trait       TO:0000822              IMP             AMT     Solyc02g081120  midvein foreshortened   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6    leaf vein size  TO:0000821              IMP             AMT     Solyc02g081120  lateral vein foreshortened      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6    petiole size    TO:0000768              IMP             AMT     Solyc02g081120  petiole foreshortened   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6    vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419              IMP             AMT     Solyc02g081120  crumpled leaf   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6                            IMP                     Solyc02g081120  Leaves 3-4 pinnately compound with clavate segments     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       5483    LeT6    internode length        TO:0000145              IMP             AMT     Solyc02g081120  Shortened internodes    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       128     an      flower shape    TO:0000859              IMP             AMT     Solyc02g081670  flowers greatly changed gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       128     an                              IMP                     Solyc02g081670  compound inflorescence  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1094    o       fruit shape     TO:0002628              IMP             AMT     Solyc02g085500  ovate fruit     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1094    o       fruit shape     TO:0002628              IMP             AMT     Solyc02g085500  pear shaped fruit       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       8213    CER6                            IMP                     Solyc02g085870  Increased water loss    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       428     d                               IMP                     Solyc02g089160  All parts foreshortened gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       428     d       leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc02g089160  leaves dark     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       428     d                               IMP                     Solyc02g089160  leaves rugose   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       428     d                               IMP                     Solyc02g089160  All parts extremely foreshortened       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       428     d                               IMP                     Solyc02g089160  All parts shortened     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1599    psy1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc03g031860  yellow color of ripe fruit flesh        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1599    psy1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc03g031860  yellow fruit flesh      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1599    psy1    flower color    TO:0000537              IMP             AMT     Solyc03g031860  lighter yellow flowers  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1599    psy1    fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc03g031860  reddish color of ripe fruit flesh       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       4476    zep                             IMP                     Solyc02g090890  wilty   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       4476    zep     abscisic acid content   TO:0002667              IMP             BT      Solyc02g090890  abscisic acid deficiency        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       199     CrtR-b2                         IMP                     Solyc03g007960  buff color corolla      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1418    sucr    sucrose content TO:0000328              IMP             BT      Solyc03g083910  mature fruit accumulates sucrose        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       120     asc                             IMP                     Solyc03g114600  resistant to alternaria stem canker     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       532     fa                              IMP                     Solyc03g118160  giant   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       532     fa                              IMP                     Solyc03g118160  vegetative      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       532     fa      inflorescence branching TO:0000050              IMP             AMT     Solyc03g118160  highly ramified inflorescence   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       532     fa      sterility related trait TO:0000485              IMP             SFT     Solyc03g118160  completely sterile      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       431     div     plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc03g119060  small plant     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       431     div                             IMP                     Solyc03g119060  squarrose plant gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       431     div     leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc03g119060  intercostally yellowish leaves  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       431     div     leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc03g119060  ventrally purple leaves gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       996     SlMlo1  fungal disease resistance       TO:0000439              IMP             ST      Solyc04g049090  resistance to powdery mildew    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc04g051510  Dwarf   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     hypocotyl anatomy and morphology trait  TO:0000757              IMP             AMT     Solyc04g051510  short and thick hypocotyls      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     fertility related trait TO:0000420              IMP             SFT     Solyc04g051510  reduced fertility.      gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     cotyledon anatomy and morphology trait  TO:0000749              IMP             AMT     Solyc04g051510  curled cotyledons       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3                             IMP                     Solyc04g051510  dense leaves    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     leaf curling    TO:0002681              IMP             GDT     Solyc04g051510  curly leaves    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       347     cu3     plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc04g051510  reduced height to 50%   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       8373    ORR     fruit ripening trait    TO:0002633              IMP             BT      Solyc04g057980  orange ripening gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e                               IMP                     Solyc04g076850  few fused leaf segments gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e       leaf midvein anatomy and morphology trait       TO:0000822              IMP             AMT     Solyc04g076850  distorted midvein       gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e                               IMP                     Solyc04g076850  entire or broad leaflets        gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e       sepal anatomy and morphology trait      TO:0000864              IMP             AMT     Solyc04g076850  asymmetrical sepals     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e       leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748              IMP             AMT     Solyc04g076850  simple leaves   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       463     e       plant trait     TO:0000387              IMP             AMT     Solyc04g076850  multifusion phenotype   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       4495    cwp1                            IMP                     Solyc04g082520  dehydration of fruits   gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       4495    cwp1                            IMP                     Solyc04g082520  microfissuring of fruit cuticle gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       900     lyr     leaf shape      TO:0000492              IMP             AMT     Solyc05g009380  first leaves entire (simple)    gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       900     lyr     leaf shape      TO:0000492              IMP             AMT     Solyc05g009380  other leaves fan shaped gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       900     lyr     female sterility        TO:0000358              IMP             SFT     Solyc05g009380  female sterile  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    mc      sepal size      TO:0002604              IMP             AMT     Solyc05g012020  Sepal large     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    mc      sepal anatomy and morphology trait      TO:0000864              IMP             AMT     Solyc05g012020  Leaf-like sepal gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    mc                              IMP                     Solyc05g012020  pedicel joint enlarged  gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    mc      inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373              IMP             AMT     Solyc05g012020  inflorescence indeterminate     gene    taxon:4081      20150713        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       541     Fen     bacterial disease resistance    TO:0000315              IMP             ST      Solyc05g013290  resistance to Pseudomonas syringae      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1238    Pto     bacterial disease resistance    TO:0000315              IMP             ST      Solyc05g013300  resistance to Pseudomonas syringae      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1238    Pto     insecticide sensitivity TO:0000182              IMP             ST      Solyc05g013300  fenthion sensitivity    gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    rin     fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc05g056620  Fruits green at maturity        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    rin     fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc05g056620  Fruits turning bright yellow,   gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1296    rin     fruit ripening trait    TO:0002633              IMP             BT      Solyc05g056620  retarded ripening       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       271     cf2                             IMP                     solyc06g008300  Resistant to Cladosporium fulvum        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1322    sp                              IMP                     Solyc06g074350  indeterminate growth habit      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1322    sp                              IMP                     Solyc06g074350  determinate habit       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       43107   Cul1    self-incompatibility                    IMP                     Solyc06g084520  pollen rejection        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       43107   Cul1                            IMP                     Solyc06g084520  compatibility on styles gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1068    not     leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc07g056570  green-yellow leaves     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1068    not     leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748              IMP             AMT     Solyc07g056570  delicate leaves gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1068    not     leaf rolling    TO:0000085              IMP             AMT     Solyc07g056570  wilts in hot weather    gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1068    not     leaf rolling    TO:0000085              IMP             AMT     Solyc07g056570  wilts in dry weather    gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       483     etr2                            IMP                     Solyc07g056580  delayed abscission      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       483     etr2    internode length        TO:0000145              IMP             SVT     Solyc07g056580  shorter internode length        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       780     ls      basal axillary branch number    TO:0020024              IMP             AMT     Solyc07g066250  Few or no axillary branches     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       780     ls                              IMP                     Solyc07g066250  corolla suppressed      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       780     ls      male sterility  TO:0000437              IMP             SFT     Solyc07g066250  partially male sterile  gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       661     gf      fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc08g080090  ripe fruit purplish-brown color.        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       762     lin5    sugar content   TO:0000333              IMP             BT      Solyc09g010080  high fruit sugar        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1164    phyA    red light sensitivity   TO:0000158              IMP             ST      Solyc10g044670  far red light insensitive       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       111013  sun     fruit length    TO:0002626              IMP             AMT     Solyc10g079240  elongated fruit shape   gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       246     crtiso  fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc10g081650  fruit flesh orange      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       246     crtiso                          IMP                     Solyc10g081650  stamens orange  gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       246     crtiso                          IMP                     Solyc10g081650  yellowish growing point gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       246     crtiso  leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc10g081650  light green foliage     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       246     crtiso                          IMP                     Solyc10g081650  yellowing near growing point    gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j       plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc11g010570  higher plant    gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j       internode length        TO:0000145              IMP             SVT     Solyc11g010570  long internodes gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j       fruit weight    TO:0002746              IMP             AMT     Solyc11g010570  heavier fruits  gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j       seed number     TO:0000445              IMP             AMT     Solyc11g010570  less seeds      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j       inflorescence branch anatomy and morphology trait       TO:0000784              IMP             AMT     Solyc11g010570  Jointless pedicels      gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       755     j                               IMP                     Solyc11g010570  proliferated inflorescence. Growth rate increased       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       4504    GAI                             IMP                     Solyc11g011260  suppressed axillary bud development     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1187    ptox    chlorophyll content     TO:0000495              IMP             BT      Solyc11g011990  incomplete chlorophyll deficiency       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       717     i2      fungal disease resistance       TO:0000439              IMP             ST      Solyc11g071430  Resistance to Fusarium oxysporum        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       538     fas     carpel anatomy and morphology trait     TO:0006012              IMP             AMT     Solyc11g071810  unfused carpels gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       538     fas                             IMP                     Solyc11g071810  Fruits many-loculed     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       391     del     fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc12g008980  reddish-orange mature fruit color       gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       391     del                             IMP                     Solyc12g008980  lycopene inhibition     gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       391     del     carotene content        TO:0000289              IMP             BT      Solyc12g008980  increased delta-carotene        gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1605    yg2     leaf chlorosis  TO:0006060              IMP             AMT     Solyc12g009470  Foliage chlorotic yellow-green  gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1605    yg2     hypocotyl anatomy and morphology trait  TO:0000757              IMP             AMT     Solyc12g009470  long hypocotyls gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1605    yg2     leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc12g009470  All foliar parts yellow gene    taxon:4081      20150714        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       482     etr1                            IMP                     Solyc12g011330  Delayed abscission      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       482     etr1    internode length        TO:0000145              IMP             SVT     Solyc12g011330  Shorter internode length        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       482     etr1                            IMP                     Solyc12g011330  Reduced auxin movement  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       277     cf9     fungal disease resistance       TO:0000439              IMP             ST      AJ002236        Resistance to Cladosporium fulvum       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       687     hero    nematode damage resistance      TO:0000384              IMP             ST      AJ457051        Resistance to potato cyst nematode      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       43154   HT-A    self-incompatibility    TO:0000310              IMP             SFT     AB066584        self-incompatibility    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       43154   HT-A    gametophytic incompatibility    TO:0000049              IMP             SFT     AB066582        gametophytic self-incompatibility.      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       881     lc                              IMP                     JF284938        Reduced locule number   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       881     lc                              IMP                     JF285116        High locule number      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1305    Mi1-2   nematode damage resistance      TO:0000384              IMP             ST      SGN-U564276     High-level root-knot nematode resistance        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1305    Mi1-2   aphid resistance        TO:0006067              IMP             ST      SGN-U564276     Resistance to potato aphids     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1305    Mi1-2                           IMP                     SGN-U564276     Resistance to potato whitefly   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit     plant height    TO:0000207              IMP             SVT     HQ317907        Smaller plant   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit     leaf height     TO:0000541              IMP             AMT     HQ317907        very short leaves       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit     leaf curling    TO:0002681              IMP             GDT     HQ317907        leaves down curled      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit     leaf necrosis   TO:0000652              IMP             AMT     HQ317907        becoming necrotic       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit     abscisic acid content   TO:0002667              IMP             BT      HQ317908        Abscisic acid deficient gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1345    sit                             IMP                     HQ317908        wilty   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1462    tm2                             IMP                     FJ817603        High-level tobacco mosaic virus resistance      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       111014  wo                              IMP                     Solyc02g080490  All parts densely pubescent     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       111014  wo                              IMP                     Solyc02g080490  wooly   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl                              IMP                     Solyc11g069030  Determinate habit       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl                              IMP                     Solyc11g069030  strongly uprolled pinnae        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      flower shape    TO:0000859              IMP             AMT     Solyc11g069030  fasciated flowers       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      fruit shape     TO:0002628              IMP             AMT     Solyc11g069030  fasciated fruits        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      stem anatomy and morphology trait       TO:0000361              IMP             AMT     Solyc11g069030  Stem terminating in first inflorescence gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl                              IMP                     Solyc11g069030  midribs may develop adventitious shoots gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl                              IMP                     Solyc11g069030  Determinant growth      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      sepal anatomy and morphology trait      TO:0000864              IMP             AMT     Solyc11g069030  leafy calyx     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      sepal anatomy and morphology trait      TO:0000864              IMP             AMT     Solyc11g069030  enlarged calyx  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       212     bl      inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373              IMP             AMT     Solyc11g069030  few flowered inflorescence      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1045    nr      fruit ripening trait    TO:0002633              IMP             BT      Solyc09g075440  Fruits ripen slowly     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1045    nr      fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc09g075440  Fruits dirty orange color       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1046    Nr2     fruit color     TO:0002617              IMP             AMT     Solyc09g075440  Fruit flesh turns slowly to yellowish green     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1046    Nr2     fruit firmness  TO:0002634              IMP             QT      Solyc09g075440  fruit flesh firm        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc     leaf color      TO:0000326              IMP             AMT     Solyc07g066480  yellowish leaves        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc     leaf rolling    TO:0000085              IMP             AMT     Solyc07g066480  overwilting leaves      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc     leaf height     TO:0000541              IMP             AMT     Solyc07g066480  short leaves    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc                             IMP                     Solyc07g066480  nearly unbranched plant and later spreading     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc                             IMP                     Solyc07g066480  erect plant     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       555     flc     plant height    TO:0000207              IMP             SVT     Solyc07g066480  small plant     gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       539     fer     leaf chlorosis  TO:0006060              IMP             AMT     Solyc06g051550  Severe chlorosis beginning in first true leaves gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       539     fer     mineral and ion transport trait TO:0020096              IMP             BT      Solyc06g051550  faulty iron transport in xylem  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748              IMP             AMT     Solyc07g062680  simple leaves   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748              IMP             AMT     Solyc07g062680  entire leaves   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      leaf size       TO:0002637              IMP             AMT     Solyc07g062680  small leaves    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      leaf length     TO:0000135              IMP             AMT     Solyc07g062680  elongated leaves        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      stem width      TO:0001035              IMP             AMT     Solyc07g062680  slender stems   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      inflorescence branching TO:0000050              IMP             AMT     Solyc07g062680  excessively branched    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       776     la      fruit size      TO:0002625              IMP             AMT     Solyc07g062680  small fruits    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       8229    GOB     leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748              IMP             AMT     Solyc07g062840  simple leaves   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       8229    GOB     shoot apical meristem development       TO:0006020              IMP             GDT     Solyc07g062840  shoot apical meristem terminates        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1    gravity response trait  TO:0002693              IMP             ST              In seedlings, roots grow agravitropicaly for first 4-5 days after germination, then gradually re-orientation towards gravity.   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1    gravity response trait  TO:0002693              IMP             ST      APS1    Shoots show mild agravitropism throughout life of plant.        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1    fruit size      TO:0002625              IMP             AMT     APS1    Fruit size slightly reduced.    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1                            IMP                     APS1    Root tips do not stain for starch using Lugol's iodine solution.        gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1                            IMP                     APS1    leaves do not stain for starch using Lugol's iodine solution.   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1                            IMP                     APS1    fruit do not stain for starch using Lugol's iodine solution.    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1                            IMP                     APS1    stems do not stain for starch using Lugol's iodine solution.    gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1    starch content  TO:0000696              IMP             BT      APS1    Starch levels in mature green fruit below detection limit of spectrophotometric assay.  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       1465    APS1    sugar content   TO:0000333              IMP             BT      APS1    BRIX levels slightly lower than wild type.      gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       20827   rdr6    leaf width      TO:0000370              IMP             AMT     Solyc04g014870  slender leaves  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       20827   rdr6    plant height    TO:0000207              IMP             AMT     Solyc04g014870  dwarfed plant   gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       20827   rdr6    petal width     TO:0002606              IMP             AMT     Solyc04g014870  slender petals  gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       20827   rdr6    leaf shape      TO:0000492              IMP             AMT     Solyc04g014870  shoestring leaves       gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson\r
+SGN_gene       20827   rdr6                            IMP                     Solyc04g014870  no leaf blade expansion gene    taxon:4081      20150715        Ethan Johnson
\ No newline at end of file