Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 046bbdb)
Removed duplicated lines from GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
authormeiera <meiera@localhost>
Sat, 12 Sep 2015 00:01:17 +0000 (00:01 +0000)
committermeiera <meiera@localhost>
Sat, 12 Sep 2015 00:01:17 +0000 (00:01 +0000)
svn path=/; revision=542

go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc patch | blob | history

diff --git a/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc b/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
index 8c1687734afabe98966780623fb8e7b3d4c5d900..64cb2975f744be06139999bfc85b82c62b6283af 100644 (file)
--- a/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
+++ b/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
@@ -1,44 +1,32 @@
-SGN_gene       187     bsr4    plant-type hypersensitive response      GO:0009626      25774204        IMP             BP      Solyc05g007850  bacterial spot resistance 4     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       187     bsr4    defense response to bacterium   GO:0042742      25774204        IMP             BP      Solyc05g007850  bacterial spot resistance 4     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       5560    gamybl1 seed germination        GO:0009845      25774204        IMP             MF      Solyc01g009070  gamyb-like 1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       961     man4    beta-mannosidase activity       GO:0004567      25774204        IMP             MF      Solyc01g008710  mannan endo-1,4-beta-mannosidase        gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
-SGN_gene       662     Gr      floral organ abscission GO:0010227      25774204        IMP             BP      Solyc01g104340  green ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009046]\r
-SGN_gene       662     Gr      fruit ripening  GO:0009835      25774204        IMP             BP      Solyc01g104340  green ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
-SGN_gene       1515    ddb1    plastid GO:0009536      25774204        IMP             CC      Solyc02g021650  UV damaged DNA binding protein 1        gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      floral meristem growth  GO:0010451      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      inflorescence morphogenesis     GO:0048281      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      floral meristem growth  GO:0010451      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      inflorescence morphogenesis     GO:0048281      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      floral meristem growth  GO:0010451      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      inflorescence morphogenesis     GO:0048281      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      floral meristem growth  GO:0010451      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       128     an      inflorescence morphogenesis     GO:0048281      25774204        IMP             BP      Solyc02g081670  anantha gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       8213    CER6    regulation of response to water deprivation     GO:2000070      25774204        IMP             BP      Solyc02g085870  beta-ketoacyl-coenzyme A synthase       gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       4476    zep     abscisic acid biosynthetic process      GO:0009688      25774204        IMP             BP      Solyc02g090890  abscisic acid biosynthetic process      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       532     fa      fertilization   GO:0009566      25774204        IMP             BP      Solyc03g118160  falsiflora      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       1045    nr      fruit ripening  GO:0009835      25774204        IMP             BP      Solyc09g075440  Never ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       1296    mc      indeterminate inflorescence morphogenesis       GO:0048283      25774204        IMP             BP      Solyc05g012020  macrocalyx      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009049]\r
 SGN_gene       1296    rin     fruit ripening  GO:0009835      25774204        IMP             BP      Solyc05g056620  ripening inhibitor      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       1322    sp      meristem determinacy    GO:0010022      25774204        IMP             BP      Solyc06g074350  self-pruning    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000003]\r
-SGN_gene       43107   Cul1    rejection of self pollen        GO:0060320      25774204        IMP             BP      Solyc06g084520  Cul1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000025]\r
+SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
+SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009025]\r
+SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009047]\r
+SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0025508]\r
+SGN_gene       1515    ddb1    plastid GO:0009536      25774204        IMP             CC      Solyc02g021650  UV damaged DNA binding protein 1        gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       187     bsr4    defense response to bacterium   GO:0042742      25774204        IMP             BP      Solyc05g007850  bacterial spot resistance 4     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       187     bsr4    plant-type hypersensitive response      GO:0009626      25774204        IMP             BP      Solyc05g007850  bacterial spot resistance 4     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       20827   rdr6    leaf morphogenesis      GO:0009965      25774204        IMP             BP      Solyc04g014870  wiry    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020039]
+SGN_gene       212     bl      meristem determinacy    GO:0010022      25774204        IMP             BP      Solyc11g069030  blind   gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009047]\r
 SGN_gene       43107   Cul1    pollen-pistil interaction       GO:0009875      25774204        IMP             BP      Solyc06g084520  Cul1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       43107   Cul1    regulation of pollen tube growth        GO:0080092      25774204        IMP             BP      Solyc06g084520  Cul1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       483     etr2    fruit abscission        GO:0060867      25774204        IMP             BP      Solyc07g056580  ethylene receptor 2     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       661     gf      chlorophyll catabolic process   GO:0015996      25774204        IMP             BP      Solyc08g080090  green flesh     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
-SGN_gene       755     j       growth  GO:0040007      25774204        IMP             BP      Solyc11g010570  jointless       gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009049]\r
+SGN_gene       43107   Cul1    rejection of self pollen        GO:0060320      25774204        IMP             BP      Solyc06g084520  Cul1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       43154   HT-A    pollen tube growth      GO:0009860      25774204        IMP             BP      AB066582        HT-A    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       43154   HT-A    rejection of self pollen        GO:0060320      25774204        IMP             BP      AB066584        HT-A    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       4476    zep     abscisic acid biosynthetic process      GO:0009688      25774204        IMP             BP      Solyc02g090890  abscisic acid biosynthetic process      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       4504    GAI     growth  GO:0040007      25774204        IMP             BP      Solyc11g011260  GAI     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       482     etr1    abscission      GO:0009838      25774204        IMP             BP      Solyc12g011330  ethylene receptor 1     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
 SGN_gene       482     etr1    auxin efflux    GO:0010315      25774204        IMP             BP      Solyc12g011330  ethylene receptor 1     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       43154   HT-A    rejection of self pollen        GO:0060320      25774204        IMP             BP      AB066584        HT-A    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       43154   HT-A    pollen tube growth      GO:0009860      25774204        IMP             BP      AB066582        HT-A    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       212     bl      meristem determinacy    GO:0010022      25774204        IMP             BP      Solyc11g069030  blind   gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000003]\r
-SGN_gene       212     bl      meristem determinacy    GO:0010022      25774204        IMP             BP      Solyc11g069030  blind   gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009047]\r
-SGN_gene       212     bl      meristem determinacy    GO:0010022      25774204        IMP             BP      Solyc11g069030  blind   gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000003]\r
-SGN_gene       1045    nr      fruit ripening  GO:0009835      25774204        IMP             BP      Solyc09g075440  Never ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
-SGN_gene       1465    APS1    positive gravitropism   GO:0009958      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020127]\r
-SGN_gene       1465    APS1    positive gravitropism   GO:0009958      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020127]\r
-SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0000025]\r
-SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009025]\r
-SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
-SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009047]\r
-SGN_gene       1465    APS1    starch biosynthetic process     GO:0019252      25774204        IMP             BP      APS1    APS1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0025508]\r
-SGN_gene       20827   rdr6    leaf morphogenesis      GO:0009965      25774204        IMP             BP      Solyc04g014870  wiry    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0020039]
\ No newline at end of file
+SGN_gene       483     etr2    fruit abscission        GO:0060867      25774204        IMP             BP      Solyc07g056580  ethylene receptor 2     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       532     fa      fertilization   GO:0009566      25774204        IMP             BP      Solyc03g118160  falsiflora      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       5560    gamybl1 seed germination        GO:0009845      25774204        IMP             MF      Solyc01g009070  gamyb-like 1    gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       661     gf      chlorophyll catabolic process   GO:0015996      25774204        IMP             BP      Solyc08g080090  green flesh     gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
+SGN_gene       662     Gr      floral organ abscission GO:0010227      25774204        IMP             BP      Solyc01g104340  green ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009046]\r
+SGN_gene       662     Gr      fruit ripening  GO:0009835      25774204        IMP             BP      Solyc01g104340  green ripe      gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
+SGN_gene       755     j       growth  GO:0040007      25774204        IMP             BP      Solyc11g010570  jointless       gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009049]\r
+SGN_gene       8213    CER6    regulation of response to water deprivation     GO:2000070      25774204        IMP             BP      Solyc02g085870  beta-ketoacyl-coenzyme A synthase       gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   \r
+SGN_gene       961     man4    beta-mannosidase activity       GO:0004567      25774204        IMP             MF      Solyc01g008710  mannan endo-1,4-beta-mannosidase        gene    taxon:4081      20150707        Ethan Johnson   occurs_in [PO:0009001]\r
Planteome associations