Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 41980f9)
Fixing typo in Oryza gene name
authorcooperl09 <cooperl@oregonstate.edu>
Mon, 5 May 2025 21:16:43 +0000 (14:16 -0700)
committercooperl09 <cooperl@oregonstate.edu>
Mon, 5 May 2025 21:16:43 +0000 (14:16 -0700)
Error is coming from Gramene page

go-associations/go_gene_Oryza_Gramene.assoc patch | blob | history
po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc patch | blob | history
po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc patch | blob | history
to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc patch | blob | history

diff --git a/go-associations/go_gene_Oryza_Gramene.assoc b/go-associations/go_gene_Oryza_Gramene.assoc
index 03b6f1488eb6df7cac7e788a020ddef57790bdda..837ce3bf6c68e50de1fdb0ac1784814f14b8de7b 100644 (file)
--- a/go-associations/go_gene_Oryza_Gramene.assoc
+++ b/go-associations/go_gene_Oryza_Gramene.assoc
@@ -7795,17 +7795,17 @@ GR_gene GR:0080032      Glb             GO:0004867      GR_REF:0        IMP             F       gene encoding alpha-globulin
 GR_gene        GR:0080032      Glb             GO:0016023      GR_REF:0        IMP             C       gene encoding alpha-globulin    LOC_Os05g41970  gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
 GR_gene        GR:0080032      Glb             GO:0032940      GR_REF:0        IMP             P       gene encoding alpha-globulin    LOC_Os05g41970  gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
 GR_gene        GR:0080032      Glb             GO:0045735      GR_REF:0        IMP             F       gene encoding alpha-globulin    LOC_Os05g41970  gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0000303      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0004784      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005507      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005737      GR_REF:0        IMP             C       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005829      GR_REF:0        IMP             C       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0006801      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0008270      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0016209      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0016491      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0046872      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
-!GR_gene       GR:0080033      SODCC1          GO:0055114      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0000303      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0004784      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005507      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005737      GR_REF:0        IMP             C       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0005829      GR_REF:0        IMP             C       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0006801      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0008270      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0016209      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0016491      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          GO:0046872      GR_REF:0        IMP             F       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
+!GR_gene       GR:0080033      SODCC1          GO:0055114      GR_REF:0        IMP             P       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
 GR_gene        GR:0101190      Gc              GO:0015979      GR_REF:0        IMP             P       Chlorophyll content     Green color|Green colour        gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
 GR_gene        GR:0101191      osa-MIR806a             GO:0016442      GR_REF:0        IMP             C       micro RNA 806a  miR561  gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
 GR_gene        GR:0101191      osa-MIR806a             GO:0016442      GR_REF:0        IMP             C       micro RNA 806a  miR561  gene    taxon:4530      20130731        Gramene         
diff --git a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
index 215eb16275a10ea55cef20d9d7727b97f529cd4f..2c010c72bb345bf64044aafe538078feb29763fc 100644 (file)
--- a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_gramene.assoc
@@ -1991,10 +1991,10 @@ GR_gene GR:0080030      CPT1            PO:0020039      GR_ref:6145     IC      P49083  A       Coleoptile phototrop
 GR_gene        GR:0080031      SPK             PO:0009010      GR_ref:3789|PMID:7724677        IC      P28756  A       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
 GR_gene        GR:0080031      SPK             PO:0009089      GR_ref:3083|PMID:8666249        IC      P29835  A       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
 GR_gene        GR:0080032      Glb             PO:0009089      GR_ref:25470|PMID:15821022      IC      Q69T99  A       gene encoding alpha-globulin            gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0005005      GR_ref:5560     TAS             A       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009005      GR_ref:6847|PMID:11978873       IC      Q8S922  A       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009010      GR_ref:11619|PMID:17562286      IC      Q7XTE8  A       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009025      GR_ref:41|PMID:11244106 IC      Q9AVE6  A       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0005005      GR_ref:5560     TAS             A       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009005      GR_ref:6847|PMID:11978873       IC      Q8S922  A       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009010      GR_ref:11619|PMID:17562286      IC      Q7XTE8  A       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0009025      GR_ref:41|PMID:11244106 IC      Q9AVE6  A       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
 GR_gene        GR:0080034      CIN1            PO:0009030      GR_ref:11503|PMID:17144896      IC      Q8H443  A       Cell wall invertase 1   OsCIN1  gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
 GR_gene        GR:0080034      CIN1            PO:0020003      GR_ref:2512|PMID:10528264       IEP     Q2QW53  A       Cell wall invertase 1   OsCIN1  gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
 GR_gene        GR:0080034      CIN1            PO:0020020      GR_ref:10120    IEP     Q8RZV7  A       Cell wall invertase 1   OsCIN1  gene    taxon:4530      20090923        Gramene|PO:cooperl              
diff --git a/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
index e00351ec375f80cd38b95bbcaf9cfa3d9b3197e8..081ca638225baca8c7e77b186852776db6873367 100644 (file)
--- a/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_growth_gene_oryza_gramene.assoc
@@ -2978,7 +2978,7 @@ GR_gene   GR:0080030      CPT1            PO:0007049      GR_ref:11489|PMID:15598797      IC      Q5KS50  G       Coleo
 GR_gene        GR:0080030      CPT1            PO:0007520      GR_ref:11489|PMID:15598797      IC      Q5KS50  G       Coleoptile phototropism1        NPH3-like       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0080031      SPK             PO:0007632      GR_ref:6603|PMID:11910009       IC      P53682  G       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0080032      Glb             PO:0004506      GR_ref:3083|PMID:8666249        IC      P29835  G       gene encoding alpha-globulin            gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0004506      GR_ref:3789|PMID:7724677        IC      P28756  G       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          PO:0004506      GR_ref:3789|PMID:7724677        IC      P28756  G       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA       gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0080037      Lsi2            PO:0001002      GR_ref:11633|PMID:17625566      TAS             G       low silicon 2   SIET1|silicon efflux transporter        gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0080038      TAC1            PO:0007073      GR_ref:11662|PMID:17908158      IMP     Q66V57  G       Tiller Angle Control 1          gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_gene        GR:0101290      NYC1            PO:0001052      GR_ref:11547|PMID:17416733      IEP     Q5N800  G       Non-Yellow Coloring 1   Non-Yellow Coloring1    gene    taxon:4530      20090923        Gramene         
diff --git a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
index b3a3681dcf99b0b6c698dcbe944c15410a02f22d..30597131968da6cc528d98da968c23e56742e598 100644 (file)
--- a/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
+++ b/to-associations/to_gene_Oryza_Gramene.assoc
@@ -1890,7 +1890,7 @@ GR_gene   GR:0080031      SPK             TO:0000696      GR_REF:6603     IMP             T       seed-specific protein kina
 GR_gene        GR:0080031      SPK             TO:0000718      GR_REF:6603     IMP             T       seed-specific protein kinase    LOC_Os10g38420  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0080031      SPK             TO:0002653      GR_REF:6603     IMP             T       seed-specific protein kinase    LOC_Os10g38420  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0080031      SPK             TO:0002658      GR_REF:6603     IMP             T       seed-specific protein kinase    LOC_Os10g38420  gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
-GR_gene        GR:0080033      SODCC1          TO:0002657      GR_REF:3789     IMP             T       Cytosolic Cu/Zn-siperoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
+GR_gene        GR:0080033      SODCC1          TO:0002657      GR_REF:3789     IMP             T       Cytosolic Cu/Zn-superoxide dismutase    rice Cu/Zn-SOD|sodA|SODCC.1|RSODA|LOC_Os03g22810        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0101190      Gc              TO:0000295      GR_REF:11511    IMP             T       Chlorophyll content     Green color|Green colour        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0101190      Gc              TO:0000316      GR_REF:11511    IMP             T       Chlorophyll content     Green color|Green colour        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
 GR_gene        GR:0101190      Gc              TO:0000327      GR_REF:11511    IMP             T       Chlorophyll content     Green color|Green colour        gene    taxon:4530      20121108        Gramene         
Planteome associations