Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 1e2649b)
Fixed typo in the GR_REF columns.
authorcooperl <cooperl@localhost>
Thu, 17 Mar 2016 20:12:27 +0000 (20:12 +0000)
committercooperl <cooperl@localhost>
Thu, 17 Mar 2016 20:12:27 +0000 (20:12 +0000)
svn path=/; revision=703

go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc patch | blob | history
po-associations/po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc patch | blob | history

diff --git a/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc b/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc
index 1084d0f64c769bdbb2bfd7c06968bb3037fe2d07..4daaaa1110bf769e1d8ad74f1a659383093df9b5 100644 (file)
--- a/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc
+++ b/go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc
@@ -1,6 +1,6 @@
 !gaf-version: 2.0
 !DB    DB-Object_ID    DB_Object_Symbol        GO term (Qualifier)     GO ID   PMID    Evidence        with/from       Aspect  DB_Object_Name  Synonym DB_Object_Type  Taxon   Date    Assigned_by     Annotation_Extension    Gene Product Form ID
-!GR_gene               DSG1    growth  GO:0040007              IMP             BP      Os09g0434200    Delayed Seed Germination        gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
+!GR_gene               DSG1    GR_REF: GO:0040007              IMP             BP      Os09g0434200    Delayed Seed Germination        gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 !GR_gene               DSG1    seed germination        GO:0009845              IMP             BP      Os09g0434200    Delayed Seed Germination        gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 !GR_gene               HD3A    vegetative to reproductive phase transition of meristem GO:0010228      PMID: 26096631  IMP             BP      Os06g0157700    Heading Date    gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 !GR_gene               PLA1    inflorescence development       GO:0010229      PMID: 25243048  IMP             BP      Os10g0403001    PLASTOCHRON 1   gene    taxon:4530      20150410        Ethan Johnson           
@@ -28,8 +28,8 @@ GR_gene       20145   TDR     stamen development      GO:0048443      PMID:16896230   IMP             BP      Os02g01205
 GR_gene        60058   APO1    flower morphogenesis    GO:0048439      PMID:15950602   IMP             BP      Os06g0665400    Aberrant Panicle Organization   gene    taxon:4530      20150403        Ethan Johnson           
 GR_gene        60058   APO1    inflorescence phyllotactic patterning   GO:0090643      PMID:15950602   IMP             BP      Os06g0665400    Aberrant Panicle Organization   gene    taxon:4530      20150403        Ethan Johnson           
 GR_gene        60068   BC1     cell wall       GO:0005618      PMID:12953108   IMP             CC      Os03g0416200    BRITTLE CULM 1  gene    taxon:4530      20150403        Ethan Johnson           
-GR_gene        60070   BC3     inflorescence development       GO:0010229      GR_gene:5651    IMP             BP      Os02g0738900    BRITTLE CULM 3  gene    taxon:4530      20150403        Ethan Johnson           
-GR_gene        60070   BC3     inflorescence development       GO:0010229      GR_gene:5651    IMP             BP      Os02g0738900    BRITTLE CULM 3  gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
+GR_gene        60070   BC3     inflorescence development       GO:0010229      GR_REF:5651     IMP             BP      Os02g0738900    BRITTLE CULM 3  gene    taxon:4530      20150403        Ethan Johnson           
+GR_gene        60070   BC3     inflorescence development       GO:0010229      GR_REF:5651     IMP             BP      Os02g0738900    BRITTLE CULM 3  gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 GR_gene        60213   D35     gibberellin biosynthetic process        GO:0009686      PMID:15075394   IMP             BP      Os06g0569500    DWARF TANGINBOZU        gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 GR_gene        60233   DL      biosynthetic process    GO:0009058      PMID:14729915   IMP             BP      Os03g0215200    Drooping Leaf   gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
 GR_gene        60233   DL      carpel development      GO:0048440      PMID:14729915   IMP             BP      Os03g0215200    Drooping Leaf   gene    taxon:4530      20150406        Ethan Johnson           
@@ -38,7 +38,7 @@ GR_gene       60842   SD1     cell division   GO:0051301      PMID:11961544   IMP             BP      Os01g0883800    SE
 GR_gene        60842   SD1     gibberellin 20-oxidase activity GO:0045544      PMID:11961544   IMP             MF      Os01g0883800    SEMIDWARF 1     gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson           
 GR_gene        60864   SE5     vegetative to reproductive phase transition of meristem GO:0010228      PMID:10849355   IMP             BP      Os06g0603000    Photosensitivity        gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson           
 GR_gene        60882   SHL4    root development        GO:0048364      PMID:10409508   IMP             BP      Os03g0449200    SHOOTLESS 4     gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson           
-GR_gene        60883   SHO1    cell division   GO:0051301      GR_gene:1477    IMP             BP      Os04g0509300    SHOOT ORGANIZATION 1    gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson           
+GR_gene        60883   SHO1    cell division   GO:0051301      GR_REF:1477     IMP             BP      Os04g0509300    SHOOT ORGANIZATION 1    gene    taxon:4530      20150413        Ethan Johnson           
 GR_gene        61178   MSP1    microsporocyte differentiation  GO:0010480      PMID:12897248   IMP             BP      Os01g0917500    MULTIPLE SPOROCYTE 1    gene    taxon:4530      20150410        Ethan Johnson           
 GR_gene        61182   PLA2    leaf development        GO:0048366      PMID:16461585   IMP             BP      Os01g0907900    PLASTOCHRON2    gene    taxon:4530      20150410        Ethan Johnson           
 GR_gene        61182   PLA2    leaf formation  GO:0010338      PMID:16461585   IMP             BP      Os01g0907900    PLASTOCHRON2    gene    taxon:4530      20150410        Ethan Johnson           
diff --git a/po-associations/po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc b/po-associations/po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc
index 2d35f815a653befd3fdec80f103dbe1094c6b52c..ba6eab00c9264170ab8921c05a5e10ab3c1b0ba5 100644 (file)
--- a/po-associations/po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc
+++ b/po-associations/po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc
@@ -20,10 +20,10 @@ GR_gene     0060068 BC1             PO:0007089      PMID:12953108   IMP             G       BRITTLE CULM 1          gene    taxon:
 GR_gene        0060068 BC1             PO:0007109      PMID:12953108   IMP             G       BRITTLE CULM 1          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060068 BC1             PO:0007006      PMID:12953108   IMP             G       BRITTLE CULM 1          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060068 BC1             PO:0007023      PMID:12953108   IMP             G       BRITTLE CULM 1          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060070 BC3             PO:0009047      GR_gene:5651    IMP             A       BRITTLE CULM 3          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060070 BC3             PO:0007041      GR_gene:5651    IMP             G       BRITTLE CULM 3          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060073 BC6             PO:0000003      GR_gene:5933    IMP             A       BRITTLE CULM 6          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060073 BC6             PO:0007131      GR_gene:5933    IMP             G       BRITTLE CULM 6          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060070 BC3             PO:0009047      GR_REF:5651     IMP             A       BRITTLE CULM 3          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060070 BC3             PO:0007041      GR_REF:5651     IMP             G       BRITTLE CULM 3          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060073 BC6             PO:0000003      GR_REF:5933     IMP             A       BRITTLE CULM 6          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060073 BC6             PO:0007131      GR_REF:5933     IMP             G       BRITTLE CULM 6          gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080018 BLE3            PO:0000003      PMID:16808934   IMP             A       BRASSINOLIDE ENHANCED GENE 3            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080018 BLE3            PO:0006341      PMID:16808934   IMP             A       BRASSINOLIDE ENHANCED GENE 3            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080018 BLE3            PO:0025025      PMID:16808934   IMP             A       BRASSINOLIDE ENHANCED GENE 3            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
@@ -43,12 +43,12 @@ GR_gene     0060184 D1              PO:0009025      PMID:12237405   IMP             A       dwarf-1                 gene    taxon:4530      20
 GR_gene        0060184 D1              PO:0009039      PMID:12237405   IMP             A       dwarf-1                 gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060184 D1              PO:0009047      PMID:12237405   IMP             A       dwarf-1                 gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060184 D1              PO:0009049      PMID:12237405   IMP             A       dwarf-1                 gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0000003      GR_gene:5792    IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0005001      GR_gene:5792    IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0009006      GR_gene:5792    IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0009049      GR_gene:5792    IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0007073      GR_gene:5792    IMP             G       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060192 D10             PO:0007130      GR_gene:5792    IMP             G       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0000003      GR_REF:5792     IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0005001      GR_REF:5792     IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0009006      GR_REF:5792     IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0009049      GR_REF:5792     IMP             A       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0007073      GR_REF:5792     IMP             G       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060192 D10             PO:0007130      GR_REF:5792     IMP             G       DWARF KIKEIBANSHINRIKI          gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060193 D11             PO:0009001      PMID:15705958   IMP             A       DWARF SHINKANEAIKOKU OR NOHRIN 28               gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060193 D11             PO:0009006      PMID:15705958   IMP             A       DWARF SHINKANEAIKOKU OR NOHRIN 28               gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060193 D11             PO:0025500      PMID:15705958   IMP             G       DWARF SHINKANEAIKOKU OR NOHRIN 28               gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
@@ -224,11 +224,11 @@ GR_gene   0060882 SHL4            PO:0020033      PMID:10409508   IMP             A       SHOOTLESS 4             gene    taxon:45
 GR_gene        0060882 SHL4            PO:0020036      PMID:10409508   IMP             A       SHOOTLESS 4             gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060882 SHL4            PO:0020110      PMID:10409508   IMP             A       SHOOTLESS 4             gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060882 SHL4            PO:0020148      PMID:10409508   IMP             A       SHOOTLESS 4             gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060883 SHO1            PO:0020148      GR_gene:1477    IMP             A       SHOOT ORGANIZATION 1            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060883 SHO1            PO:0001050      GR_gene:1477    IMP             G       SHOOT ORGANIZATION 1            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060936 SL1             PO:0000003      GR_gene:6472    IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060936 SL1             PO:0009029      GR_gene:6472    IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060936 SL1             PO:0009030      GR_gene:6472    IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060883 SHO1            PO:0020148      GR_REF:1477     IMP             A       SHOOT ORGANIZATION 1            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060883 SHO1            PO:0001050      GR_REF:1477     IMP             G       SHOOT ORGANIZATION 1            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060936 SL1             PO:0000003      GR_REF:6472     IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060936 SL1             PO:0009029      GR_REF:6472     IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060936 SL1             PO:0009030      GR_REF:6472     IMP             A       STAMENLESS 1            gene    taxon:4530      20130421        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060897 SLR             PO:0000003      PMID:11340177   IMP             A       SLENDER RICE            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060897 SLR             PO:0005005      PMID:11340177   IMP             A       SLENDER RICE            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0060897 SLR             PO:0009002      PMID:11340177   IMP             A       SLENDER RICE            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
@@ -237,12 +237,12 @@ GR_gene   0060897 SLR             PO:0025025      PMID:11340177   IMP             A       SLENDER RICE            gene    taxon:45
 GR_gene        0080036 SNB             PO:0000003      PMID:17144896   IMP             A       SUPERNUMERARY BRACT GENE                gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080036 SNB             PO:0001083      PMID:17144896   IMP             G       SUPERNUMERARY BRACT GENE                gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080036 SNB             PO:0009055      PMID:17144896   IMP             A       SUPERNUMERARY BRACT GENE                gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0006321      GR_gene:1712    IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0006322      GR_gene:1712    IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0009049      GR_gene:1712    IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0009051      GR_gene:1712    IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0020122      GR_gene:1712    IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
-GR_gene        0060900 SP1             PO:0001083      GR_gene:1712    IMP             G       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0006321      GR_REF:1712     IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0006322      GR_REF:1712     IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0009049      GR_REF:1712     IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0009051      GR_REF:1712     IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0020122      GR_REF:1712     IMP             A       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
+GR_gene        0060900 SP1             PO:0001083      GR_REF:1712     IMP             G       SHORT PANICLE 1         gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080031 SPK             PO:0000003      PMID:8325505    IMP             A       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080031 SPK             PO:0025067      PMID:8325505    IMP             A       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
 GR_gene        0080031 SPK             PO:0001170      PMID:8325505    IMP             G       seed-specific protein kinase            gene    taxon:4530      20130422        POC:Laurel_Cooper               
Planteome associations