Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / old-jaiswallab-svn / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: fd57492)
now all species requested will appear, regardless of relevance, in their
authormiles <miles@localhost>
Tue, 20 Nov 2012 23:53:06 +0000 (23:53 +0000)
committermiles <miles@localhost>
Tue, 20 Nov 2012 23:53:06 +0000 (23:53 +0000)
original alphanumberical order. much bug fixing. download as jpg working
again.

svn path=/; revision=416

Personnel/miles/Web Page/Heatmap.jar patch | blob | history
Personnel/miles/Web Page/heatMap.php patch | blob | history

diff --git a/Personnel/miles/Web Page/Heatmap.jar b/Personnel/miles/Web Page/Heatmap.jar
index 855ba426799b1f12fc63ed538e94980e6ea0a753..5efbe9ddc3a3982abbe2393f9335605333ed3d32 100644 (file)
Binary files a/Personnel/miles/Web Page/Heatmap.jar and b/Personnel/miles/Web Page/Heatmap.jar differ
diff --git a/Personnel/miles/Web Page/heatMap.php b/Personnel/miles/Web Page/heatMap.php
index 8d1c2a2b49cd6738dd1c7132f5992d932e853d45..1c96b29230ce3b8a07cced7e4efd0dcf04db14ac 100644 (file)
--- a/Personnel/miles/Web Page/heatMap.php
+++ b/Personnel/miles/Web Page/heatMap.php
@@ -5,7 +5,6 @@
 </head>
 <body>
 <?php
-
 $temp = explode(" ",$_POST['included']);
 for($i = 0; $i < sizeof($temp)-1; $i ++)
   {
@@ -25,10 +24,8 @@ if(!preg_match("/[a-zA-Z0-9\.]/", substr($input,-1))) {
   }
 }
 
-$finalInput = "webpage " . implode(" ", $includedSpecies) . ";" . $input;
-//echo "<br><br>";
-//echo $finalInput;
-//echo "<br><br>";
+$finalInput = "webpage " . implode(" ",$includedSpecies) . ";" . $input;
+
 exec("java -Djava.awt.headless=true -jar Heatmap.jar " . "\"" . $finalInput . "\"", $output);
 
 //main heatmap data parsing
@@ -37,30 +34,16 @@ for ($i = 0; $i < sizeof($output); $i ++) {
   $tmp[$i] = explode(",", $output[$i]);
   }
 
-$speciesWithData;
+
+$allSpecies;
 for ($s = 0; $s < sizeof($tmp) - 2; $s ++) // the last array in tmp is the list of cluster IDs
   {
-  $speciesWithData[$s] = $tmp[$s][0];
+  $allSpecies[$s] = $tmp[$s][0];
   }
+if(!isset($includedSpecies)) {
+$allSpecies; //TODO remove all mention of included species after java has been run
+}
 
-$allSpecies = $speciesWithData;
-$j = 0;
-for($i = 0; $i < sizeof($includedSpecies); $i++)
-  {
-  $included = false;
-  for($s = 0; $s < sizeof($speciesWithData); $s++)
-    {
-    if($includedSpecies[$i] == $speciesWithData[$s])
-      {
-      $included = true;
-      }
-    }
-  if($included == false)
-    {
-    $allSpecies[sizeof($allSpecies) + $j] = $includedSpecies[$i];
-    $j++;
-    }
-  }
 
 $allClusterIDs;
 for ($c = 0; $c < sizeof($tmp[sizeof($tmp) - 2]); $c ++)
@@ -68,19 +51,13 @@ for ($c = 0; $c < sizeof($tmp[sizeof($tmp) - 2]); $c ++)
   $allClusterIDs[$c] = $tmp[sizeof($tmp) - 2][$c];
   }
 
+
 $heatMapData;
-for ($s = 0; $s < sizeof($allSpecies); $s ++)
+for ($s = 0; $s < (sizeof($tmp) - 2); $s ++)
   {
-  for ($c = 0; $c < sizeof($allClusterIDs); $c ++)
+  for ($c = 0; $c < sizeof($allClusterIDs); $c ++) 
     {
-    if($s < sizeof($speciesWithData))
-      {
-      $heatMapData[$s][$c] = $tmp[$s][$c+1];
-      }
-    else
-      {
-      $heatMapData[$s][$c] = 0;
-      }
+    $heatMapData[$s][$c] = $tmp[$s][$c+1];
     }
   }
 
@@ -89,12 +66,11 @@ $maxCount = $output[sizeof($output)-1];
 $clusterCount = sizeof($allClusterIDs);
 $speciesCount = sizeof($allSpecies);
 
-$temp;
+$finalHeatMapData;
 for ($i = 0; $i < sizeof($heatMapData); $i ++)
   {
-  $temp[$i] = implode(",", $heatMapData[$i]);
+  $finalHeatMapData[$i] = implode(",", $heatMapData[$i]);
   }
-$finalHeatMapData = $temp;
 
 // extra goodies from the mysql database
 $username="inparanoid-read-user";
@@ -123,7 +99,6 @@ function array_search2d($needle, $haystack) {
 
 $width = 25*$speciesCount + 100;
 $height = 25 * $clusterCount + 200;
-
 ?>
 
 
@@ -178,7 +153,7 @@ for(var i=0; i<rareHeatMapData.length; i++) {
   heatMapData[i] = rareHeatMapData[i].split(",");
   }
 
-var rawSpecies = "<?php echo implode(",",$allSpecies); ?>";
+var rawSpecies = "<?php echo implode(",",$includedSpecies); ?>";
 var allSpecies = rawSpecies.split(",");
 var speciesCount = allSpecies.length;
 
@@ -441,7 +416,7 @@ function jumpToCluster() {
 
 function generateImage() {
   document.infoForm.action="download.php";
-  document.infoForm.param.value = "unset DISPLAY && java -Djava.awt.headless=true -jar Heatmap.jar \"image" + "<?php echo implode(",",$includedSpecies)?>" + ";" + "<?php echo $input; ?>\"";
+  document.infoForm.param.value = "unset DISPLAY && java -Djava.awt.headless=true -jar Heatmap.jar \"image " + "<?php echo implode(" ",$includedSpecies)?>" + ";" + "<?php echo $input; ?>\"";
   document.infoForm.submit();
 }
 
Jaiswal Lab