Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: c67ece2)
-commented out lines with missing data.
authorcooperl <cooperl@localhost>
Thu, 31 Dec 2015 00:52:19 +0000 (00:52 +0000)
committercooperl <cooperl@localhost>
Thu, 31 Dec 2015 00:52:19 +0000 (00:52 +0000)
svn path=/; revision=615

to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc patch | blob | history
to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc patch | blob | history

diff --git a/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc b/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc
index c5b4ac2b978e7cc274caeac658cfc8a7f1731bfb..569a3a738025b7e3bbbde700185ce247158186c6 100644 (file)
--- a/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc
+++ b/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc
@@ -12,13 +12,13 @@ SoyBase     Glyma06g18890.1 RS2     enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP
 SoyBase        Glyma06g18890.1 RS1-2   raffinose content       TO:0006004       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma06g18890.1 Seed raffinose concentration    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma06g18890.1 RS1-2   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g18890.1 Seed raffinose synthase activity reduced        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma06g19820   AMDH2 BADH2     enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma06g19820   Seed amino aldehyde dehydrogenase activity reduced      gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
-SoyBase        Glyma06g19820   AMDH2 BADH2                      PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g19820   Seed 2-acetyl-1-pyroline conc. Increased        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+!SoyBase       Glyma06g19820   AMDH2 BADH2                      PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g19820   Seed 2-acetyl-1-pyroline conc. Increased        gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 !SoyBase       Glyma06g21920   T                        PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g21920   Gray pubescence gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 !SoyBase       Glyma06g21920   T                        PMID: 25774204 IMP                     Glyma06g21920   tan hilum       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma06g23026   E1-1    photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma06g23026   Early flowering under long days gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma06g23026   E1-1    photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma06g23026   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma08g06630   ANR1    enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma08g06630   Anthocyanin Reductase activitiy reduced gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
-SoyBase        Glyma08g06630   ANR1                     PMID: 25774204 IMP                     Glyma08g06630   Epicatechin conc. Increased     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+!SoyBase       Glyma08g06630   ANR1                     PMID: 25774204 IMP                     Glyma08g06630   Epicatechin conc. Increased     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma08g08970   Eu3-1   enzyme activity trait   TO:0000599       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma08g08970   whole plant urease activity     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 !SoyBase       Glyma09g36983                            PMID: 25774204 IMP                     Glyma09g36983   Brown hilum     gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma09g36983           seed coat color TO:0000190       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma09g36983   Brown seed coat color   gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
@@ -38,11 +38,11 @@ SoyBase     Glyma16g04830   GmFT5-A photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000
 SoyBase        Glyma16g04830   GmFT5-A flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma16g04830   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma16g26660   GmFT2-A photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma16g26660   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma16g26660   GmFT2-A flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma16g26660   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
-SoyBase        Glyma18g02210   MIPS1                    PMID: 25774204 IMP                     Glyma18g02210   emergence reduced       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+!SoyBase       Glyma18g02210   MIPS1                    PMID: 25774204 IMP                     Glyma18g02210   emergence reduced       gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma18g06950   GmFAD3-3        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma18g06950   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 !SoyBase       Glyma19g35230   GmLPA1-2                         PMID: 25774204 IMP                     Glyma19g35230   low phytic acid concentration in seeds  gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma19g41210   E3-1    flowering time trait    TO:0002616       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma19g41210   Early flowering gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
-!SoyBase       Glyma19g41210   E3-1                     PMID: 25774204 IMP                     Glyma19g41210   Reduced far-red photo-reception gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
+!SoyBase       Glyma19g41210   E3-1                     PMSID: 25774204        IMP                     Glyma19g41210   Reduced far-red photo-reception gene    taxon:3847      20150717        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma20g22160   PhyA2   photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma20g22160   Photoperiod insensitivity       gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma20g22160   PhyA2   photoperiod-sensitive flowering time trait      TO:0000934       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma20g22160   Late flowering in short day     gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
 SoyBase        Glyma20g24530   GmFAD2-2        oleic acid content      TO:0005002       PMID: 25774204 IMP             T       Glyma20g24530   High seed oleic acid content    gene    taxon:3847      20150720        Ethan Johnson\r
diff --git a/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc b/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
index 28810e43b0ff51c8294a610e859a74c6195bc030..826f755ff64974b5eed48c03b48f6294526df8dd 100644 (file)
--- a/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
+++ b/to-associations/Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc
@@ -26,7 +26,7 @@ MaizeGDB      12028   ae1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G032628   k
 MaizeGDB       12029   afd1    anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G059037   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12029   afd1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G059037   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12029   afd1    pollen free     TO:0000245      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G059037   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12048   an1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G081554   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12048   an1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G081554   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12048   an1     flower development trait        TO:0000622      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G081554   Ear florets are hermaphroditic; most easily observed in unfertilized ear.       Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12048   an1     internode length        TO:0000145      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G081554   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12048   an1     leaf length     TO:0000135      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G081554   short leaves    Gene    taxon:4577      20150527        Ethan Johnson\r
@@ -41,17 +41,17 @@ MaizeGDB    12065   b1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G17
 MaizeGDB       12065   b1      anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G172795   blotches of anthocyanin pigmentation due to cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12065   b1      stem color      TO:0000056      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G172795   striped stems   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12065   b1      variegated leaf TO:0000069      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G172795   striped leaves  Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   pistils abort, no silks Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   silks absent    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   pistils abort, no silks Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson!\r
+!MaizeGDB      12070   bd1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G307119   silks absent    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12070   bd1     fascicled ear   TO:0000715      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G307119   ear is branched Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12077   bk2     leaf shattering TO:0000108      PMID: 17932309  IMP             T       GRMZM2G109326   leaves shatter after moderate winds     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12077   bk2     plant structure anatomy and morphology trait    TO:0000839      PMID: 17932309  IMP             T       GRMZM2G109326   brittle plant parts after 4-leaf stage  Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12079   bm1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12079   bm1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12079   bm1     cob color       TO:0000924      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of cob        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12079   bm1     leaf midrib color       TO:0000720      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM5G844562   brown pigment first visible as a reddish-brown pigmentation of the midrib at the 4-6 leaf stage.        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12079   bm1     lignin content  TO:0000731      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM5G844562   The amount of lignin in the leaves is reduced   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12079   bm1     root color      TO:0000065      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM5G844562   brown pigment in vascular bundles of roots      Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12081   bm3                     PMID: 21423772  IMP                     AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12081   bm3                     PMID: 21423772  IMP                     AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of the sheath, midribs, and blades    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12081   bm3     cob color       TO:0000924      PMID: 21423772  IMP             T       AC196475.3_FG004        brown pigment in vascular bundles of cob        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12081   bm3     leaf midrib color       TO:0000720      PMID: 21423772  IMP             T       AC196475.3_FG004        brown pigment first visible as a reddish-brown pigmentation of the midrib at the 4-6 leaf stage.        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12081   bm3     lignin content  TO:0000731      PMID: 21423772  IMP             T       AC196475.3_FG004        The amount of lignin in the leaves is reduced   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
@@ -62,7 +62,7 @@ MaizeGDB      12091   T1      endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144081
 MaizeGDB       12091   T1      fruit shape     TO:0002628      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144081   mature kernel angular   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12091   T1      shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144081   endosperm collapsed     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12091   T1      shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144081   mature kernel collapsed Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12092   T2                      PMID: 25600571  IMP                     GRMZM2G068506   No mRNA is produced from the T2 gene    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12092   T2                      PMID: 25600571  IMP                     GRMZM2G068506   No mRNA is produced from the T2 gene    Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12098   bz1     aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 25201957  IMP             T       GRMZM2G165390   Aleurone color is bronze        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12098   bz1     fluorescence related trait      TO:0012006      PMID: 25201957  IMP             T       GRMZM2G165390   Shedding tassels viewed under UV light show bright yellow fluorescence in the anthers   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12098   bz1     plant color     TO:0000708      PMID: 25201957  IMP             T       GRMZM2G165390   Whole plant color can be bronze Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
@@ -77,15 +77,15 @@ MaizeGDB    12115   cg1     ear length      TO:0000431      PMID: 21987797  IMP             T       GRMZM2G022489   hig
 MaizeGDB       12115   cg1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21987797  IMP             T       GRMZM2G022489   narrow leaves   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12115   cg1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21987797  IMP             T       GRMZM2G022489   highly reduced tassel   Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12115   cg1     tillering ability       TO:0000329      PMID: 21987797  IMP             T       GRMZM2G022489   extreme tillering       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12141   d3                              IMP                     GRMZM2G093195   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12141   d3                              IMP                     GRMZM2G093195   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12141   d3      internode length        TO:0000145      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G093195   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12141   d3      leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G093195   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12141   d3      leaf size       TO:0002637      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G093195   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12141   d3      leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G093195   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12141   d3      plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G093195   The plant is shorter    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Plant does not reposnd to giberellin    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Plant does not reposnd to giberellin    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   Producing both bisexual and male flowers on the same plant. Synonym: andromonoecious.   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12143   d8                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G144744   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12143   d8      floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   Ear florets are hermaphroditic; most easily observed in unfertilized ear.       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12143   d8      leaf height     TO:0000541      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12143   d8      leaf size       TO:0002637      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
@@ -96,8 +96,8 @@ MaizeGDB      12143   d8      plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   wh
 MaizeGDB       12143   d8      tassel branch number    TO:0000813      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   tassel branches few     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12143   d8      tassel inflorescence circumference      TO:0000796      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   compact tassel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12143   d8      tiller number   TO:0000346      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G144744   Plant produces many lateral branches (tillers) at its base.     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12144   d9                      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G024973   anthers in the ears     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12144   d9      leaf height     TO:0000541      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G024973   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12144   d9      leaf size       TO:0002637      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G024973   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12144   d9      leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G024973   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
@@ -117,7 +117,7 @@ MaizeGDB    12197   du1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G14139
 MaizeGDB       12197   du1     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G141399   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       1219936 spi1    kernel number per ear   TO:0000937      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   The number of kernals on the cob is reduced     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       1219936 spi1    tassel branch number    TO:0000813      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G025222   number of tassel spikelets greatly reduced      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12218   et1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G157574   surface of kernel strewn with small pits or indentations        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12218   et1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G157574   surface of kernel strewn with small pits or indentations        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12218   et1     enzyme activity trait   TO:0000599      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G157574   starch debranching enzyme I absent in developing endosperm      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12218   et1     floury endosperm        TO:0000104      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G157574   interior floury Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12218   et1     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G157574   kernel is sweet at milk stage; typical of su1   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
@@ -146,19 +146,19 @@ MaizeGDB  12328   hm2     fungal disease resistance       TO:0000439      PMID: 24847713  IMP             T       GR
 MaizeGDB       1232891 wtf1    leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             T       GRMZM2G403797   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       1232893 why1    leaf color      TO:0000326      PMID: 25599833  IMP             T       GRMZM2G155662   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       1232899 ppr5    leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G025409   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   loose pericarp  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   small embryo    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   loose pericarp  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      1233612 emp4                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G092198   small embryo    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       1233612 emp4    fruit anatomy and morphology trait      TO:0002629      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G092198   kernel is angular       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       1233612 emp4    shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G092198   endosperm much reduced  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       1233612 emp4    shrunken endosperm      TO:0000100      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G092198   kernel is collapsed     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   aborted kernel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   kernel with loose pericarp      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   aborted kernel  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12340   ig1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G118250   kernel with loose pericarp      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12340   ig1     fertility related trait TO:0000420      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G118250   Male flowers have reduced fertility     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12340   ig1     fruit anatomy and morphology trait      TO:0002629      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G118250   kernel with loose pericarp      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12340   ig1     seed size       TO:0000391      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G118250   kernal smaller in size  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12341   ij1     leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             T       GRMZM2G004583   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12341   ij1     variegated leaf TO:0000069      PMID: 25725436  IMP             T       GRMZM2G004583   Leaf is mostly white, with short, thin, green, longitudinal stripes (in the direction of the lateral veins),    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12352   kn1                     PMID: 24218490  IMP                     GRMZM2G017087   The number of ovules that develop into a seed is reduced        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12352   kn1                     PMID: 24218490  IMP                     GRMZM2G017087   The number of ovules that develop into a seed is reduced        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12352   kn1     leaf vein anatomy and morphology trait  TO:0000820      PMID: 24218490  IMP             T       GRMZM2G017087   Scattered proliferations of tissue at veins on leaf, leading to a bumpy, irregular appearance.  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12352   kn1     spikelet number TO:0000456      PMID: 24218490  IMP             T       GRMZM2G017087   number of tassel spikelets greatly reduced      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12352   kn1     sterility or fertility trait    TO:0000392      PMID: 24218490  IMP             T       GRMZM2G017087   pollen nonfunctional    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
@@ -166,14 +166,14 @@ MaizeGDB  12386   lg1     auricleless     TO:0000226      PMID: 25516601  IMP             T       GRMZM2G036297   au
 MaizeGDB       12386   lg1     leaf attitude   TO:0000824      PMID: 25516601  IMP             T       GRMZM2G036297   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12387   lg2     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G060216   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12387   lg2     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G060216   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12388   lg3                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G087741   more ligule     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12388   lg3                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G087741   more ligule     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12388   lg3     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G087741   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12388   lg3     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G087741   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12389   lg4     auricleless     TO:0000226      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G094241   auricle of the leaf missing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12389   lg4     leaf attitude   TO:0000824      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G094241   leaves upright  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have elliptical lesions  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have round lesions       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Premature plant death   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have elliptical lesions  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Leaves have round lesions       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12391   lls1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G339563   Premature plant death   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12391   lls1    chlorophyll content     TO:0000495      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G339563   Chlorotic leaf lesion   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12391   lls1    leaf necrosis   TO:0000652      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G339563   necrotic leaf lesions   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12391   lls1    leaf senescence TO:0000249      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G339563   Premature leaf senescence       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
@@ -183,7 +183,7 @@ MaizeGDB    12469   na1     plant height    TO:0000207      PMID: 22106275  IMP             T       JN020030.1      shor
 MaizeGDB       12495   o2      glutinous endosperm     TO:0000098      PMID: 23586588  IMP             T       GRMZM2G015534   endosperm is opaque     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12515   oy1     variegated leaf TO:0000069      PMID: 25725436  IMP             T       GRMZM2G419806   Normal green along veins (vascular bundles); tissue between the veins is pale green or grayish green, giving the leaf a striped appearance      Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12517   p1      style color     TO:0000676      PMID: 25250036  IMP             T       GRMZM2G084799   Silks brown sooner than normal  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12553   pl1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G701063   striped stems   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      12553   pl1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G701063   striped stems   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G701063   blotches of anthocyanin pigmentation due to cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12553   pl1     anthocyanin content     TO:0000071      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G701063   cell to cell variability in the levels of anthocyanin production.       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12553   pl1     endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G701063   Aleuron has blotches of anthocyanin pigmentation        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
@@ -210,8 +210,8 @@ MaizeGDB    12579   ra3     fascicled ear   TO:0000715      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G014729
 MaizeGDB       12595   rf2     anther shape    TO:0000214      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Anthers shriveled       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12595   rf2     male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Male sterile    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12595   rf2     pollen free     TO:0000245      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G058675   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       12602   rgd1                            IMP                     GRMZM2G020187   leaf blade absent       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       12602   rgd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G020187   difficulty emerging     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+!MaizeGDB      12602   rgd1                            IMP                     GRMZM2G020187   leaf blade absent       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
+!MaizeGDB      12602   rgd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G020187   difficulty emerging     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       12602   rgd1    leaf shape      TO:0000492      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves divided Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves narrow  Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       12602   rgd1    leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G020187   seedling leaves thread-like     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
@@ -231,21 +231,21 @@ MaizeGDB  12665   su2     sugary endosperm        TO:0000099      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G34855
 MaizeGDB       12665   su2     wrinkled seed   TO:0000718      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G348551   kernel is wrinkled, hard and translucent when dry       Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12671   tb1     tiller number   TO:0000346      PMID: 25909039  IMP             T       AC233950.1_FG002        Plant produces many lateral branches (tillers) at its base.     Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12673   te1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G085113   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12690   ts1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G104843   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12690   ts1     floret anatomy and morphology trait     TO:0000274      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G104843   defective floret        Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12690   ts1     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G104843   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12691   ts2                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G455809   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12691   ts2     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G455809   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12692   ts4                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G803935   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12692   ts4     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G803935   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150622        !\r
+!MaizeGDB      12694   ts6                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM5G862109   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12694   ts6     embryo development trait        TO:0000620      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G862109   The embryo develops on the wrong side of the kernel     Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12694   ts6     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM5G862109   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       12696   tu1                     PMID: 24980907  IMP                     NM_001111678.1  kernels completely enclosed in long glumes      Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      12696   tu1                     PMID: 24980907  IMP                     NM_001111678.1  kernels completely enclosed in long glumes      Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12696   tu1     glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID: 24980907  IMP             T       NM_001111678.1  tassel glumes coarse    Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12696   tu1     glume anatomy and morphology trait      TO:0000869      PMID: 24980907  IMP             T       NM_001111678.1  tassel glumes large     Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12731   vp1     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G133398   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
@@ -254,11 +254,11 @@ MaizeGDB  12733   vp5     vivipary        TO:0000619      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G410515   kerne
 MaizeGDB       12735   vp8     vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G010353   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12768   wx1     amylopectin content     TO:0000097      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G024993   Amylopectin in endosperm.       Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       12768   wx1     amylopectin content     TO:0000097      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G024993   Amylopectin in pollen.  Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   Reduction of gene silencing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   reduction of small RNAs Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   Reduction of gene silencing     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson!\r
+!MaizeGDB      133880  mop1                    PMID: 24786611  IMP                     GRMZM2G042443   reduction of small RNAs Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       223331  les22   variegated leaf necrosis        TO:0000070      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G044074   necrotic or chlorotic lesions   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       2365883 rel2    kernel number per ear   TO:0000937      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G042992   Ear with few kernels if any     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       25017   cr4                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G051637   seedling which has an irregular shape   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      25017   cr4                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G051637   seedling which has an irregular shape   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25017   cr4     aleurone layer appearance       TO:0000944      PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G051637   irregular-shaped patches of color and non-color in the aleurone tissue with distinct borders    Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25017   cr4     leaf shape      TO:0000492      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G051637   leaves crinkled Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25017   cr4     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G051637   leaves broad    Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
@@ -268,35 +268,35 @@ MaizeGDB  25017   cr4     tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788
 MaizeGDB       25058   dsc1    pericarp anatomy and morphology trait   TO:0000945      PMID: 21423772  IMP                     chr4:47715993   kernel surface opaque   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25058   dsc1    pericarp texture        TO:0002623      PMID: 21423772  IMP             T       chr4:47715993   surface of kernel covered with many small irregularities giving it a rough texture      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25058   dsc1    wrinkled seed   TO:0000718      PMID: 21423772  IMP             T       chr4:47715993   kernel surface like crumpled paper      Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       256276  dwf1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G057000   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      256276  dwf1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G057000   andromonoecious Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       256276  dwf1    leaf height     TO:0000541      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G057000   short leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       256276  dwf1    leaf size       TO:0002637      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G057000   compact leaves  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       256276  dwf1    leaf width      TO:0000370      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G057000   broad leaves    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25995   crp1    seedling cotyledon color        TO:0000750      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G083950   seedling leaves red fluorescence under long-wave uv     Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       25995   crp1    seedling growth and development trait   TO:0000949              IMP                     GRMZM2G083950   seedling dies after endosperm is used up        Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       274903  dcd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G083459   stomata abnormal        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      274903  dcd1                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G083459   stomata abnormal        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       274903  dcd1    mitotic cell cycle trait        TO:0000730      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G083459   Leaf epidermis cell division asymmetric Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G083459   cork cells abnormal     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       274903  dcd1    plant cell shape        TO:0002682      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G083459   silica cells abnormal   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       30011   rld1    leaf anatomy and morphology trait       TO:0000748      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G109987   adaxial traits on the abaxial side of the leaves        Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       30011   rld1    leaf rolling    TO:0000085      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G109987   leaves are rolled       Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   seedling leaves stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   tassels stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   top leaves stuck together       Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   seedling leaves stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        \r
+!MaizeGDB      30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   tassels stuck together  Gene    taxon:4577      20150622        !!\r
+!MaizeGDB      30023   vp10                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G067176   top leaves stuck together       Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       30023   vp10    aleurone layer color    TO:0000943      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G067176   Aleurone layer is colored       Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       30023   vp10    seedling vigor  TO:0000280      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G067176   seedling dies after endosperm is used up        Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       30023   vp10    vivipary        TO:0000619      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G067176   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       308904  fea2                    PMID: 23377180  IMP                     GRMZM2G104925   Ear tip flattened       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      308904  fea2                    PMID: 23377180  IMP                     GRMZM2G104925   Ear tip flattened       Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       308904  fea2    ear diameter    TO:0000433      PMID: 23377180  IMP             T       GRMZM2G104925   Ear broadened   Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       308904  fea2    fascicled ear   TO:0000715      PMID: 23377180  IMP             T       GRMZM2G104925   Ear meristem overproliferation  Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       308904  fea2    kernel row number per ear       TO:0000687      PMID: 23377180  IMP             T       GRMZM2G104925   increase in the number of rows of seeds on the ear; ear floret numbers increased        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       41310   zfl2    inflorescence development trait TO:0000621      PMID: 24381105  IMP             T       GRMZM2G180190   defective ear   Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       41310   zfl2    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 24381105  IMP             T       GRMZM2G180190   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       41343   bde1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G160565   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      41343   bde1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G160565   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       41343   bde1    inflorescence anatomy and morphology trait      TO:0000373      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G160565   proliferation of irregular growth on ear        Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       41343   bde1    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G160565   silks in the tassel     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       415181  sbe3    leaf senescence duration        TO:0012012      PMID: 21508184  IMP             T       GRMZM2G073054   leaves senesc earleir than normal sibs  Gene    taxon:4577      20150619        \r
-MaizeGDB       60438   bif2                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G171822   ear meristem absent     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      60438   bif2                    PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G171822   ear meristem absent     Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       60438   bif2    inflorescence branching TO:0000050      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G171822   Inflorescence branches absent   Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       60468   dlf1    flowering time trait    TO:0002616      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G067921   mature plant 7-10 days later in flowering than normal   Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       60468   dlf1    node number     TO:0000634      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G067921   4-6 more nodes and leaves than normal.  Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
@@ -306,18 +306,18 @@ MaizeGDB  60513   rth1    root shape      TO:0002710      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G099056   ge
 MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G377215   root hair decreased length      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       60515   rth3    root hair length        TO:0002665      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G377215   root hairs fail to elongate     Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       60537   tsh1    tassel inflorescence anatomy and morphology trait       TO:0000788      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G325850   abnormality of the tassel       Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       61077   ns1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G069028   Plants (stems) do not elongate in response to gibberellins.     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      61077   ns1                     PMID: 21423772  IMP                     GRMZM2G069028   Plants (stems) do not elongate in response to gibberellins.     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       61077   ns1     internode length        TO:0000145      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G069028   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       61077   ns1     leaf width      TO:0000370      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G069028   leaves are very narrow along their whole length Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       61077   ns1     plant height    TO:0000207      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G069028   Plants are reduced in height    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       61077   ns1     vascular leaf anatomy and morphology trait      TO:0000419      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G069028   The margin domain of both blade and sheath is missing   Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150619        \r
-MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
-MaizeGDB       61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
-MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling distorted      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling twisted        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   silks in the tassel     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150619        \r
+!MaizeGDB      61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   seeds in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
+!MaizeGDB      61653   si1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G139073   silks in tassel Gene    taxon:4577      20150619        \r
+!MaizeGDB      64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   multiple silks per floret in ear        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling distorted      Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   seedling twisted        Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      64424   gn1                     PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G452178   silks in the tassel     Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       64424   gn1     internode length        TO:0000145      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G452178   internode elongation reduced    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       64424   gn1     plant height    TO:0000207      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G452178   The plant is shorter    Gene    taxon:4577      20150618        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       854977  brk1    plant cell anatomy and morphology trait TO:0002683      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM5G842058   Leaf blade epidermal cell lobes blocked Gene    taxon:4577      20150529        Ethan Johnson\r
@@ -332,12 +332,12 @@ MaizeGDB  870601  sgo1    male sterility  TO:0000437      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G07408
 MaizeGDB       870601  sgo1    pollen abortion type    TO:0000218      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G074082   Pollen absent or aborted.       Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
 MaizeGDB       871231  pac1    endosperm color TO:0000487      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G058292   Reduced pigmentation in aleurone        Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       886495  sal1    aleurone layer anatomy and morphology trait     TO:0000942      PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G117935   multiple cell layers in the aleurone tissue     Gene    taxon:4577      20150622        \r
-MaizeGDB       9017732 cf1                             IMP                     GRMZM2G026117   Leaves develop irregular nonclonal, yellow_green sectors, which leads to an appearance similar to military camouflage. Sectors can turn necrotic.       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      9017732 cf1                             IMP                     GRMZM2G026117   Leaves develop irregular nonclonal, yellow_green sectors, which leads to an appearance similar to military camouflage. Sectors can turn necrotic.       Gene    taxon:4577      20150616        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       9018083 vp15    vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G121468   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
 MaizeGDB       9019783 caf2    leaf color      TO:0000326      PMID: 25725436  IMP             T       AC199526.5_FG003        Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150617        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       941309  rnc1    leaf color      TO:0000326      PMID: 21423772  IMP             T       GRMZM2G035820   Seedling leaves are white.      Gene    taxon:4577      20150619        Austin Meier\r
-MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   ligule on outside of leaf at base of auricle    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
-MaizeGDB       969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   sometimes upper leaves may be crinkly (cr) or wab-like (wavy auricle in blade-like)     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   ligule on outside of leaf at base of auricle    Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
+!MaizeGDB      969623  mwp1                    PMID:21423772   IMP                     GRMZM2G082264   sometimes upper leaves may be crinkly (cr) or wab-like (wavy auricle in blade-like)     Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       969623  mwp1    leaf sheath auricle pubescence  TO:0002716      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G082264   may have hairy sheaths  Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       969623  mwp1    ligule anatomy and morphology trait     TO:0002748      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G082264   ligules on abaxial leaf surface Gene    taxon:4577      20150619        Ethan Johnson\r
 MaizeGDB       97589   vp14    vivipary        TO:0000619      PMID:21423772   IMP             T       GRMZM2G014392   kernels germinate while still on the ear        Gene    taxon:4577      20150622        \r
Planteome associations