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projects / associations / .git / commitdiff
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raw | patch | inline | side by side (parent: 94ab33a)
Fixing a few of the rice gene annotations
authorcooperl <cooperl@localhost>
Tue, 8 Oct 2024 17:31:02 +0000 (17:31 +0000)
committercooperl <cooperl@localhost>
Tue, 8 Oct 2024 17:31:02 +0000 (17:31 +0000)
svn path=/; revision=1075

po-associations/po_anatomy_gene_oryza_poc.assoc patch | blob | history
po-associations/po_gene_Oryza_Zhang_2021.assoc patch | blob | history

diff --git a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_poc.assoc b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_poc.assoc
index d2ceee57d38ab68ef9d847368d0338b684f6c0df..35d12d88f51bb6ea61b840908540049bbc0ac992 100644 (file)
--- a/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_poc.assoc
+++ b/po-associations/po_anatomy_gene_oryza_poc.assoc
@@ -1446,7 +1446,7 @@ RAP-DB    Os04g0504700    Os04g0504700            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os04g0505300    Os04g0505300            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Conserved hypothetical protein  Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os04g0508300    Os04g0508300            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Glutaredoxin    OsGrx_C2        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os04g0508800    Os04g0508800            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Retroelement pol polyprotein-like       zinc finger family protein, putative, expressed gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
-RAP-DB Os04g0510600    Os04g0510600            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       TPR-like domain containing protein      expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
+RAP-DB Os04g0510600    OsEnS-67                PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       endosperm-specific gene 67              gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os04g0510900    Os04g0510900            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Embryo-specific protein 1 (ATS1)        caleosin related protein, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os04g0511200    Os04g0511200            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       EFA27 for EF hand, abscisic acid, 27kD  caleosin related protein, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os04g0512500    Os04g0512500            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Conserved hypothetical protein  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
@@ -1674,7 +1674,7 @@ RAP-DB    Os05g0300200    Os05g0300200            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os05g0300700    Os05g0300700            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       DDT domain containing protein   expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os05g0304800    Os05g0304800            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Histone-fold domain containing protein  histone-like transcription factor and archaeal histone, putative, expressed     gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os05g0307400    Os05g0307400            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Regulatory associated protein of mTOR (Raptor) (P150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein) Splice isoform 5       double-stranded RNA binding motif containing protein, expressed gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
-RAP-DB Os05g0312600    Os05g0312600            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Calcium-binding EF-hand domain containing protein       OsCML21 - Calmodulin-related calcium sensor protein, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
+RAP-DB Os05g0312600    OsCML21         PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       calmodulin-like protein 21              gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os05g0316400    Os05g0316400            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Hypothetical protein    Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os05g0316800    Os05g0316800            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Ethylene-responsive element binding protein     AP2 domain containing protein, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
 RAP-DB Os05g0327100    Os05g0327100            PO:0009089      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP             A       Plant MuDR transposase domain containing protein        transposon protein, putative, Mutator sub-class gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal              
@@ -7469,7 +7469,7 @@ RAP-DB    Os06g0623600    Os06g0623600            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os06g0624900    Os06g0624900            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein of unknown function DUF597 family protein       zinc-binding protein, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
 RAP-DB Os06g0625300    Os06g0625300            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidoglycan-binding LysM domain containing protein    LYK8, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
 RAP-DB Os06g0625400    Os06g0625400            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase M16, C-terminal domain containing protein     M16 domain containing zinc peptidase, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
-RAP-DB Os06g0625900    Os06g0625900            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Potassium transporter 8 (AtPOT8) (AtHAK8)       Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
+RAP-DB Os06g0625900    OsHAK10         PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       High-affinity Potassium(K+) Transporter 10              gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
 RAP-DB Os06g0632700    Os06g0632700            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Octicosapeptide/Phox/Bem1p domain containing protein    transposon protein, putative, unclassified, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
 RAP-DB Os06g0634300    Os06g0634300            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Growth factor like protein      hydrolase, NUDIX family, domain containing protein, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
 RAP-DB Os06g0634800    Os06g0634800            PO:0020039      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130)     
@@ -13355,7 +13355,7 @@ RAP-DB  Os02g0519800    Os02g0519800            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os02g0520100    Os02g0520100            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       NUDIX hydrolase domain containing protein       hydrolase, NUDIX family, domain containing protein, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0520800    Os02g0520800            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 11022) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP)    cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial precursor, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0521800    Os02g0521800            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  hypothetical protein    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os02g0523800    Os02g0523800            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Inositol polyphosphate kinase family protein    inositol hexaphosphate kinase, putative, expressed      gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os02g0523800    OsIPK2          PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       inositol polyphosphate kinase 2         gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|PO:cooperl   participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0527500    Os02g0527500            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0529400    Os02g0529400            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Plant neutral invertase family protein  neutral/alkaline invertase, putative, expressed gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0529500    Os02g0529500            PO:0025281      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       SNAP25-like protein C (Fragment)        SNARE domain containing protein, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001015)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -17759,7 +17759,7 @@ RAP-DB  Os06g0320900    Os06g0320900            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os06g0335500    Os06g0335500            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       AUX/IAA protein family protein  OsIAA21 - Auxin-responsive Aux/IAA gene family member, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0338200    Os06g0338200            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Copper amine oxidase family protein     copper methylamine oxidase precursor, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0338700    Os06g0338700            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Copper amine oxidase family protein     copper methylamine oxidase precursor, putative  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os06g0354500    Os06g0354500            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Acyl-CoA oxidase ACX3   acyl-coenzyme A oxidase, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os06g0354500    OsACX3          PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Acyl-CoA oxidase ACX3           gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|PO:cooperl   participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0359400    Os06g0359400            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  60S ribosomal protein L18a-1, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0364500    Os06g0364500            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0475400    Os06g0475400            PO:0009047      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein of unknown function DUF563 family protein       glycosyltransferase, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007010)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -20235,7 +20235,7 @@ RAP-DB  Os02g0611500    Os02g0611500            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os02g0620400    Os02g0620400            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein of unknown function DUF861 family protein       enzyme of the cupin superfamily protein, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0621600    Os02g0621600            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0637700    Os02g0637700            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein       dehydrogenase, putative, expressed      gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os02g0638900    Os02g0638900            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain containing protein       WD-40 repeat family protein, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os02g0638900    OsWD40-47               PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Similar to Signal transducer            gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|PO:cooperl   participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0640400    Os02g0640400            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0644900    Os02g0644900            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Sodium/potassium/calcium exchanger 4 precursor (Na(+)/K(+)/Ca(2+)- exchange protein 4) Splice isoform 2 sodium/calcium exchanger 1 precursor, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os02g0648900    Os02g0648900            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -25950,7 +25950,7 @@ RAP-DB  Os04g0283700    Os04g0283700            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os04g0286600    Os04g0286600            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein of unknown function DUF635 family protein       Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
 RAP-DB Os04g0289800    Os04g0289800            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Zn-finger, RING domain containing protein       zinc finger, C3HC4 type domain containing protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
 RAP-DB Os04g0348800    Os04g0348800            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Response regulator receiver domain containing protein   two-component response regulator, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
-RAP-DB Os04g0352400    Os04g0352400            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Immunophilin FK506 binding protein FKBP12       peptidyl-prolyl isomerase, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
+RAP-DB Os04g0352400    OsFKBP65                PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       FK506 binding protein 65                gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
 RAP-DB Os04g0364300    Os04g0364300            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
 RAP-DB Os04g0381500    Os04g0381500            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Hypothetical protein    DEFL49 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed      gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
 RAP-DB Os04g0412300    Os04g0412300            PO:0009072      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Glycoside hydrolase, family 17 protein  glycosyl hydrolases family 17, putative, expressed      gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007042)     
@@ -27122,7 +27122,7 @@ RAP-DB  Os01g0557400    Os01g0557400            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os01g0565600    Os01g0565600            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Eukaryotic protein of unknown function DUF866 family protein    GA18326-PA, putative, expressed gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0588500    Os01g0588500            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein kinase APK1A (EC 271-)  tyrosine protein kinase domain containing protein, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0595800    Os01g0595800            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Cyclin-like F-box domain containing protein     OsFBD2 - F-box and FBD domain containing protein        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os01g0602800    Os01g0602800            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein kinase domain containing protein        protein kinase, putative, expressed     gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os01g0602800    OsRLCK42                PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Receptor-like Cytoplasmic Kinase 42             gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|PO:cooperl   participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0608000    Os01g0608000            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein kinase domain containing protein        Expressed gene  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0611100    Os01g0611100            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       GTP-binding nuclear protein RAN1B (Fragment)    ras-related protein, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0617600    Os01g0617600            PO:0009066      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Plant specific of unknown function DUF860 family protein        amino acid transporter, putative, expressed     gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0001004)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -28149,7 +28149,7 @@ RAP-DB  Os01g0947000    Os01g0947000            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os01g0947700    Os01g0947700            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Beta-1,3-glucanase      glycosyl hydrolases family 17 protein, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0949800    Os01g0949800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Glutathione S-transferase GST 28 (EC 25118) (Fragment)  glutathione S-transferase, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0949900    Os01g0949900            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       GST7 protein (EC 25118) glutathione S-transferase, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os01g0950000    Os01g0950000            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Glutathione S-transferase, C-terminal domain containing protein glutathione S-transferase, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os01g0950000    OsGSTU41                PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       TAU GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 41                gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_JaiswalPO:cooperl    participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0957600    Os01g0957600            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Elicitor-inducible cytochrome P450      cytochrome P450, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0958500    Os01g0958500            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       RNA binding protein-like        RNA recognition motif containing protein, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os01g0962700    Os01g0962700            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peroxidase 12 precursor (EC 11117) (Atperox P12) (PRXR6) (ATP4a)        peroxidase precursor, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -28432,7 +28432,7 @@ RAP-DB  Os03g0289800    Os03g0289800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os03g0294300    Os03g0294300            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Homeodomain-like containing protein     transcription factor like protein, putative     gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os03g0298100    Os03g0298100            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os03g0299800    Os03g0299800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Uncharacterized Cys-rich domain containing protein      SAG20, putative, expressed      gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os03g0306100    Os03g0306100            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Expressed gene  glycosyltransferase, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os03g0306100    OsGT5           PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       glycosyltransferase 5           gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|PO:cooperl   participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os03g0307200    Os03g0307200            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Nicotianamine synthase 1 (EC 25143) (S-adenosyl-L-methionine:S- adenosyl-L-methionine:S-adenosyl-methionine 3-amino-3- carboxypropyltransferase 1) (HvNAS1)     nicotianamine synthase, putative, expressed     gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os03g0317300    Os03g0317300            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase A1, pepsin family protein     aspartic proteinase nepenthesin precursor, putative, expressed  gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os03g0318400    Os03g0318400            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase A1, pepsin family protein     aspartic proteinase nepenthesin-1 precursor, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -28879,7 +28879,7 @@ RAP-DB  Os05g0587300    Os05g0587300            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
 RAP-DB Os05g0594200    Os05g0594200            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Calcium/proton exchanger superfamily protein    sodium/calcium exchanger protein, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os05g0596500    Os05g0596500            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Zn-finger, RING domain containing protein       zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os06g0104900    Os06g0104900            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       L-lactate dehydrogenase B (EC 11127) (LDH-B) (Fragment) lactate/malate dehydrogenase, putative, expressed       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os06g0107800    Os06g0107800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       RAV-like protein        hypothetical protein    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os06g0107800    Bph29           PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       BROWN PLANTHOPPER RESISTANCE 29         gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_JaiswalPO:cooperl    participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
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 RAP-DB Os06g0112100    Os06g0112100            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  bark storage protein A precursor, putative, expressed   gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
@@ -29142,7 +29142,7 @@ RAP-DB  Os07g0527000    Os07g0527000            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IE
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 RAP-DB Os07g0531200    Os07g0531200            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Conserved hypothetical protein  expressed protein       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os07g0532800    Os07g0532800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase A1, pepsin family protein     aspartic proteinase nepenthesin, putative, expressed    gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
-RAP-DB Os07g0533800    Os07g0533800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase A1, pepsin family protein     aspartic proteinase nepenthesin-1 precursor, putative, expressed        gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
+RAP-DB Os07g0533800    Os07g0533800            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Peptidase A1, pepsin family protein             gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal|cooperl      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os07g0534700    Os07g0534700            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein kinase family protein   TKL_IRAK_DUF26-la       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os07g0537200    Os07g0537200            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Serine/threonine protein kinase family protein  TKL_IRAK_DUF26-lc       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
 RAP-DB Os07g0537300    Os07g0537300            PO:0009005      DOI:10.1371/journal.pone.0026162        IEP     isolated_from_germplasm(Nipponbare)     A       Protein of unknown function DUF26 domain containing protein     TKL_IRAK_DUF26-lc       gene    taxon:39947     20121019        POC:Pankaj_Jaiswal      participates_in(PO:0007134)|participates_in(PO:0007130) 
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 RAP-DB Os02g0771800    Os02g0771800            PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Similar to predicted protein            gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
 RAP-DB Os05g0472400    OsZIP9          PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       zinc transporter 9              gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
 RAP-DB Os12g0111500    OsBTB9          PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       BTB-type E3 ubiquitin ligase 9          gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
-RAP-DB Os07g0533800    Os07g0533800            PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Peptidase A1 domain containing protein.         gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
+RAP-DB Os07g0533800    Os07g0533800            PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Peptidase A1 domain containing protein          gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
 RAP-DB Os06g0147600    Os06g0147600            PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Conserved hypothetical protein          gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
 RAP-DB Os04g0691400    PTR             PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       peptide transporter             gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
 RAP-DB Os01g0541900    OsPP2C04                PO:0000263      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       protein phosphatase 2C04        PP2C04|OsPP2C4|PP2C4|OsPP8      gene    NCBITaxon:39947 20240909        PO:cooperl              
@@ -404,7 +404,7 @@ RAP-DB      Os01g0835500    OsrbohE         PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Re
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 RAP-DB Os01g0674800    Os01g0674800            PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Serine/threonine-specific protein kinase NPK15-like             gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
 RAP-DB Os01g0937050    OsCLP           PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       chitinase-like protein          gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
-RAP-DB Os03g0306100    OsGT5           PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Galactosyl transferase family protein           gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
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 RAP-DB Os01g0126100    OsLPR1          PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Multicopper oxidase             gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
 RAP-DB Os10g0531900    OsbZIP78                PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       Similar to BZIP-like protein            gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
 RAP-DB Os03g0398250    OsRING369               PO:0000262      DOI:10.1038/s41467-021-22352-4  HEP             A       RING-type E3 ubiquitin ligase 369               gene    NCBITaxon:39947 20240920        PO:cooperl              
Planteome associations