Hello!

To see the file structure, click on "tree".

Note that updates take place every 10 minutes, commits may not be seen immediately.
projects / associations / .git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 17fc5ab)
Fixing annotations on Gramene Oryza QTLs
authorcooperl <cooperl@localhost>
Wed, 13 Mar 2019 23:23:27 +0000 (23:23 +0000)
committercooperl <cooperl@localhost>
Wed, 13 Mar 2019 23:23:27 +0000 (23:23 +0000)
svn path=/; revision=892

peco-associations/peco_qtl_Oryza_sativa_Gramene.assoc patch | blob | history
po-associations/po_anatomy_qtl_oryza_gramene.assoc patch | blob | history
po-associations/po_growth_qtl_oryza_gramene.assoc patch | blob | history

diff --git a/peco-associations/peco_qtl_Oryza_sativa_Gramene.assoc b/peco-associations/peco_qtl_Oryza_sativa_Gramene.assoc
index d51dcde0b26d3247f5ebd2959ddd74f88d817fac..fb831f0198ccfb6134fc5451ee5d9b007493cdd3 100644 (file)
--- a/peco-associations/peco_qtl_Oryza_sativa_Gramene.assoc
+++ b/peco-associations/peco_qtl_Oryza_sativa_Gramene.assoc
@@ -62,7 +62,6 @@ GR_QTL        AQFU015 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content amy3    QTL     t
 GR_QTL AQGA017 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFA004 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content ac2.1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGA003 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content ac6b    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE022 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGA001 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content ac6a    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGA020 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU016 AMYCN           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       amylose content amy6    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -758,29 +757,57 @@ GR_QTL    AQGE007 CKKEL           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cooked kernel elongation
 GR_QTL AQGE033 CKKEL           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGE017 CKKEL           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGE005 CKKEL           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:8143|PMID:14513216        IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE002 SDDN            PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       seed density            QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE003 SDDN            PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       seed density            QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       groat percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE012 MR              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE013 HEADR           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE014 HEADR           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE015 HEADR           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE022 AMYCN           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       amylose content         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE023 GELCON          PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE040 HEADR           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE041 HEADR           PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PECO:0007256    GR_REF:11453|GR_ref:8143|PMID:14513216  IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQT028  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQT029  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQT030  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+GR_QTL AQT031  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQDU009 COLDTL          PECO:0007174    GR_REF:11453    IC              E       cold tolerance  qCTS6-1 QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQDU014 COLDTL          PECO:0007174    GR_REF:11453    IC              E       cold tolerance  qCTS12b QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQP8    COLDTL          PECO:0007174    GR_REF:11453    IC              E       cold tolerance  qCT-11  QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -831,22 +858,6 @@ GR_QTL     CQAG7   CPVIS           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cool paste viscosity    qCPV-6-
 GR_QTL AQB005  CPVIS           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cool paste viscosity            QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQAG8   CPVIS           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cool paste viscosity    qCPV-6-1        QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQAG6   CPVIS           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cool paste viscosity    qCPV-1  QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQT030  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQT028  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQT031  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQT029  CRKGRPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFP033 CULMLG          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       culm length     cl5b    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQDY049 CULMLG          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       culm length             QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGP044 CULMLG          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       culm length     qCL-12  QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2026,6 +2037,7 @@ GR_QTL    AQCY091 FGRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain number             QTL     t
 GR_QTL AQCY046 FGRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain number             QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQCY059 FGRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain number             QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE020  FGRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain number             QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+
 GR_QTL AQAI078 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage qGFP3-1 QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAW010 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAW018 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2036,7 +2048,6 @@ GR_QTL    AQE066  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage
 GR_QTL AQE060  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE067  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAW019 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE062  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAW011 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE064  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2048,6 +2059,8 @@ GR_QTL    AQAW041 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage
 GR_QTL AQAW020 FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE065  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQE063  FGRPCENT                PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
+
+
 GR_QTL AQFQ005 FLNB            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       flower number           QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFQ004 FLNB            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       flower number           QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFQ001 FLNB            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       flower number           QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2067,7 +2080,6 @@ GR_QTL    AQBP004 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency qGC-7   QTL
 GR_QTL AQGA023 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency gc6b    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGA028 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQBN007 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE023 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQB010  GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQGA027 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQBN010 GELCON          PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       gel consistency         QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2418,7 +2430,6 @@ GR_QTL    AQBM006 GRNPTLDFQ               PECO:0007266    GR_REF:11453    IC              E       green plantlet differe
 GR_QTL AQBM009 GRNPTLYLDFQ             PECO:0007266    GR_REF:11453    IC              E       green plantlet yield frequency  gpy-1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQBM011 GRNPTLYLDFQ             PECO:0007266    GR_REF:11453    IC              E       green plantlet yield frequency  gpy-10  QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQBM010 GRNPTLYLDFQ             PECO:0007266    GR_REF:11453    IC              E       green plantlet yield frequency  gpy-9   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       groat percentage                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFE103 GRSH            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       grain shattering        sh1.1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFE107 GRSH            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       grain shattering        sh7.1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQAH4   GRSH            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       grain shattering        qSHT-1  QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -2776,18 +2787,13 @@ GR_QTL  AQL004  HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       QHr6    QTL     taxon:45
 GR_QTL AQFU004 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       hr1     QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQL002  HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       QHr2    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU030 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE013 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU006 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       hr6     QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU008 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       hr11    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE015 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU028 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE014 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU031 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE040 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU005 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       hr3     QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU029 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQR4    HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE041 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU007 HEADR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       head rice       hr8     QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFE076 HGRWT           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       100-grain weight        gw5.1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFE079 HGRWT           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       100-grain weight        gw9.1   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -3653,7 +3659,6 @@ GR_QTL    AQF137  MESLG           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       mesocotyl length                QTL     taxon
 GR_QTL AQF133  MESLG           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       mesocotyl length                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQDD005 MGKCNRO         PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       magnesium to potassium content ratio    MgK1    QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU013 MR              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       milled rice ratio       mr5     QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE012 MR              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQFU049 MR              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL CQR3    MR              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQL001  MR              PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       milled rice ratio       QMr12   QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
@@ -6348,8 +6353,6 @@ GR_QTL    EQC0018 SBRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       secondary branch        sbr4.1  QT
 GR_QTL AQAW036 SBRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       secondary branch                QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAB042 SBRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       secondary branch        qNSB1-1 QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQAB010 SBRNB           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       secondary branch        qNSB6-1 QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE003 SDDN            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       seed density            QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
-GR_QTL AQEE002 SDDN            PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       seed density            QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQCK005 SDDOR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL AQF029  SDDOR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
 GR_QTL EQB0002 SDDOR           PECO:0007403    GR_REF:11453    IC              E       seed dormancy   sQD.7-1 QTL     taxon:4530      20121108        Gramene|TO:Cooperl
diff --git a/po-associations/po_anatomy_qtl_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_anatomy_qtl_oryza_gramene.assoc
index c06e8b16d0b9adae9beaa9ed83f98ddc035249aa..e229d1f5ede898e469e3da32c585b6c865d81a4e 100644 (file)
--- a/po-associations/po_anatomy_qtl_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_anatomy_qtl_oryza_gramene.assoc
@@ -51,6 +51,7 @@ GR_QTL        AQEZ001 ALSN            PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       aluminum sensitivity            QTL     tax
 GR_QTL AQEZ003 ALSN            PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       aluminum sensitivity            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEZ008 ALSN            PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       aluminum sensitivity            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEZ004 ALSN            PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       aluminum sensitivity            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+
 GR_QTL AQFA002 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8297     IMP             A       amylose content ac12.1  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA007 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA015 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -64,7 +65,7 @@ GR_QTL        AQFU015 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       amylose content amy3    QTL     tax
 GR_QTL AQGA017 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFA004 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8297     IMP             A       amylose content ac2.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA003 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content ac6b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE022 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE022 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA001 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content ac6a    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA020 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU016 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       amylose content amy6    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -102,6 +103,7 @@ GR_QTL      AQFA005 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8297     IMP             A       amylose content ac2.2   QTL     ta
 GR_QTL AQFU017 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       amylose content amy8    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBP002 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content Wx      QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA014 AMYCN           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+
 GR_QTL AQF065  ANTLG           PO:0009066      GR_ref:7750     IMP             A       anther length           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQCC002 ANTLG           PO:0009066      GR_ref:7816     IMP             A       anther length   qATL-9  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQO2    ANTLG           PO:0009066      GR_ref:7827     IMP             A       anther length   ctb-1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -139,6 +141,7 @@ GR_QTL      AQF113  APIHLG          PO:0006033      GR_ref:7750     IMP             A       apiculus hair length            QTL     ta
 GR_QTL AQF108  APIHLG          PO:0006033      GR_ref:7750     IMP             A       apiculus hair length            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQF116  APIHLG          PO:0006033      GR_ref:7750     IMP             A       apiculus hair length            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQF110  APIHLG          PO:0006033      GR_ref:7750     IMP             A       apiculus hair length            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+
 GR_QTL CQAP3   AROMA           PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       scent           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAP3   AROMA           PO:0030104      GR_ref:2517     IMP             A       scent           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAP1   AROMA           PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       scent           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -819,29 +822,29 @@ GR_QTL    AQGE007 CKKEL           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cooked kernel elongation                QT
 GR_QTL AQGE033 CKKEL           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGE017 CKKEL           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGE005 CKKEL           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        ICP             A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|GR_ref:11453        IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  ICP             A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216|GR_ref:11453  IC              A       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDU009 COLDTL          PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       cold tolerance  qCTS6-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDU014 COLDTL          PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       cold tolerance  qCTS12b QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQP8    COLDTL          PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       cold tolerance  qCT-11  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -905,33 +908,33 @@ GR_QTL    CQAG7   CPVIS           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cool paste viscosity    qCPV-6-1
 GR_QTL AQB005  CPVIS           PO:0030104      GR_ref:7767     IMP             A       cool paste viscosity            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAG8   CPVIS           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cool paste viscosity    qCPV-6-1        QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAG6   CPVIS           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cool paste viscosity    qCPV-1  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT030  CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT028  CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT031  CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT029  CRKGRPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFP033 CULMLG          PO:0009047      GR_ref:11453    IC              A       culm length     cl5b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDY049 CULMLG          PO:0009047      GR_ref:11453    IC              A       culm length             QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -2150,6 +2153,7 @@ GR_QTL    AQCY046 FGRNB           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain number             QTL     tax
 GR_QTL AQCY059 FGRNB           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain number             QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE020  FGRNB           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain number             QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAI078 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage qGFP3-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+
 GR_QTL AQAW010 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW018 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW032 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -2159,7 +2163,7 @@ GR_QTL    AQE066  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         Q
 GR_QTL AQE060  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE067  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW019 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE062  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW011 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE064  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -2171,6 +2175,7 @@ GR_QTL    AQAW041 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage
 GR_QTL AQAW020 FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE065  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE063  FGRPCENT                PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+
 GR_QTL AQFQ005 FLNB            PO:0009046      GR_ref:11453    IC              A       flower number           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFQ004 FLNB            PO:0009046      GR_ref:11453    IC              A       flower number           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFQ001 FLNB            PO:0009046      GR_ref:11453    IC              A       flower number           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -2190,7 +2195,7 @@ GR_QTL    AQBP004 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency qGC-7   QTL     t
 GR_QTL AQGA023 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency gc6b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA028 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBN007 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE023 GELCON          PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE023 GELCON          PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQB010  GELCON          PO:0030104      GR_ref:7767     IMP             A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA027 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBN010 GELCON          PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -2577,7 +2582,7 @@ GR_QTL    AQAG024 GRNB            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       grain number    gp1b    QTL     taxon:4
 GR_QTL AQAG027 GRNB            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       grain number    gp7a    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAJ6   GRNB            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       grain number    gp3     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0009025      GR_ref:8143     IMP             A       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0009025      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE103 GRSH            PO:0030104      GR_ref:8323     IMP             A       grain shattering        sh1.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE103 GRSH            PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       grain shattering        sh1.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE107 GRSH            PO:0030104      GR_ref:8323     IMP             A       grain shattering        sh7.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -3067,18 +3072,18 @@ GR_QTL  AQL004  HEADR           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       head rice       QHr6    QTL     taxon:4530
 GR_QTL AQFU004 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice       hr1     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQL002  HEADR           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       head rice       QHr2    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU030 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE013 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE013 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU006 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice       hr6     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU008 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice       hr11    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE015 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE015 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU028 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE014 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE014 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU031 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE040 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE040 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU005 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice       hr3     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU029 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQR4    HEADR           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE041 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE041 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU007 HEADR           PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       head rice       hr8     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE076 HGRWT           PO:0030104      GR_ref:8323     IMP             A       100-grain weight        gw5.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE076 HGRWT           PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       100-grain weight        gw5.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -4187,7 +4192,7 @@ GR_QTL    AQF133  MESLG           PO:0020037      GR_ref:7750     IMP             A       mesocotyl length                QTL     taxon:4
 GR_QTL AQF133  MESLG           PO:0009002      GR_ref:11453    IC              A       mesocotyl length                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDD005 MGKCNRO         PO:0009011      GR_ref:11453    IC              A       magnesium to potassium content ratio    MgK1    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU013 MR              PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       milled rice ratio       mr5     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE012 MR              PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE012 MR              PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU049 MR              PO:0030104      GR_ref:8212     IMP             A       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQR3    MR              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQL001  MR              PO:0030104      GR_ref:11453    IC              A       milled rice ratio       QMr12   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -7067,8 +7072,8 @@ GR_QTL    EQC0018 SBRNB           PO:0006322      GR_ref:11393    IMP             A       secondary branch        sbr4.1  QTL
 GR_QTL AQAW036 SBRNB           PO:0006322      GR_ref:11453    IC              A       secondary branch                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAB042 SBRNB           PO:0006322      GR_ref:11453    IC              A       secondary branch        qNSB1-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAB010 SBRNB           PO:0006322      GR_ref:11453    IC              A       secondary branch        qNSB6-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE003 SDDN            PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE002 SDDN            PO:0030104      GR_ref:8143     IMP             A       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE003 SDDN            PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE002 SDDN            PO:0030104      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             A       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQCK005 SDDOR           PO:0030104      GR_ref:2466     IMP             A       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQF029  SDDOR           PO:0030104      GR_ref:7750     IMP             A       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL EQB0002 SDDOR           PO:0030104      GR_ref:11515    IMP             A       seed dormancy   sQD.7-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
diff --git a/po-associations/po_growth_qtl_oryza_gramene.assoc b/po-associations/po_growth_qtl_oryza_gramene.assoc
index fc79dd45d545032d920996687e584540c5264512..c757070abba0ec6e3b58b180b90ce1cb90f54da0 100644 (file)
--- a/po-associations/po_growth_qtl_oryza_gramene.assoc
+++ b/po-associations/po_growth_qtl_oryza_gramene.assoc
@@ -110,7 +110,7 @@ GR_QTL      AQFU015 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       amylose content amy3    QTL     tax
 GR_QTL AQGA017 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFA004 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:8297     IMP             G       amylose content ac2.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA003 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       amylose content ac6b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE022 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE022 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA001 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       amylose content ac6a    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA020 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       amylose content         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU016 AMYCN           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       amylose content amy6    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -1225,29 +1225,29 @@ GR_QTL  AQGE007 CKKEL           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       cooked kernel elongation                QT
 GR_QTL AQGE033 CKKEL           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGE017 CKKEL           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGE005 CKKEL           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       cooked kernel elongation                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE010 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE024 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE026 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE038 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE033 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE036 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE025 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE027 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE031 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE029 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE007 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE009 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE037 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE034 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE011 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE028 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE032 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE005 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE006 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE035 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE030 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE008 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE039 CLGRPCENT               PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       colored grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDU009 COLDTL          PO:0009012      GR_ref:11453    IC              G       cold tolerance  qCTS6-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDU009 COLDTL          PO:0007033      GR_ref:11453    IC              G       cold tolerance  qCTS6-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDU014 COLDTL          PO:0009012      GR_ref:11453    IC              G       cold tolerance  qCTS12b QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -1346,22 +1346,22 @@ GR_QTL  CQAG7   CPVIS           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cool paste viscosity    qCPV-6-1
 GR_QTL AQB005  CPVIS           PO:0007038      GR_ref:7767     IMP             G       cool paste viscosity            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAG8   CPVIS           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cool paste viscosity    qCPV-6-1        QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQAG6   CPVIS           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cool paste viscosity    qCPV-1  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE044 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE047 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE017 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT030  CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE042 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE045 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE046 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE043 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT028  CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE016 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE018 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE019 CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT031  CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQT029  CRKGRPCENT              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       cracked grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE020 CRUSHGRPCENT            PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE021 CRUSHGRPCENT            PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       crushed grain percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFP033 CULMLG          PO:0007134      GR_ref:11453    IC              G       culm length     cl5b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFP033 CULMLG          PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       culm length     cl5b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDY049 CULMLG          PO:0007134      GR_ref:11453    IC              G       culm length             QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -3282,7 +3282,7 @@ GR_QTL    AQE066  FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         Q
 GR_QTL AQE060  FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE067  FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW019 FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE001 FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE062  FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAW011 FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQE064  FGRPCENT                PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       filled grain percentage         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -3313,7 +3313,7 @@ GR_QTL    AQBP004 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency qGC-7   QTL     t
 GR_QTL AQGA023 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency gc6b    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA028 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBN007 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE023 GELCON          PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE023 GELCON          PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQB010  GELCON          PO:0007038      GR_ref:7767     IMP             G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQGA027 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBN010 GELCON          PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       gel consistency         QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -3671,7 +3671,7 @@ GR_QTL    AQBM011 GRNPTLYLDFQ             PO:0009012      GR_ref:11453    IC              G       green plantlet yield f
 GR_QTL AQBM011 GRNPTLYLDFQ             PO:0007033      GR_ref:11453    IC              G       green plantlet yield frequency  gpy-10  QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBM010 GRNPTLYLDFQ             PO:0009012      GR_ref:11453    IC              G       green plantlet yield frequency  gpy-9   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQBM010 GRNPTLYLDFQ             PO:0007033      GR_ref:11453    IC              G       green plantlet yield frequency  gpy-9   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0007017      GR_ref:8143     IMP             G       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0007017      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQEE004 GROATPCENT              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       groat percentage                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE103 GRSH            PO:0007038      GR_ref:8323     IMP             G       grain shattering        sh1.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE107 GRSH            PO:0007038      GR_ref:8323     IMP             G       grain shattering        sh7.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -4060,18 +4060,18 @@ GR_QTL  AQL004  HEADR           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       head rice       QHr6    QTL     taxon:4530
 GR_QTL AQFU004 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice       hr1     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQL002  HEADR           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       head rice       QHr2    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU030 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE013 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE013 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU006 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice       hr6     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU008 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice       hr11    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE015 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE015 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU028 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE014 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE014 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU031 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE040 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE040 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU005 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice       hr3     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU029 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQR4    HEADR           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE041 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE041 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       head rice               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU007 HEADR           PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       head rice       hr8     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE076 HGRWT           PO:0007038      GR_ref:8323     IMP             G       100-grain weight        gw5.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFE079 HGRWT           PO:0007038      GR_ref:8323     IMP             G       100-grain weight        gw9.1   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -5754,7 +5754,7 @@ GR_QTL    AQF133  MESLG           PO:0007057      GR_ref:7750     IMP             G       mesocotyl length                QTL     taxon:4
 GR_QTL AQDD005 MGKCNRO         PO:0009012      GR_ref:11453    IC              G       magnesium to potassium content ratio    MgK1    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQDD005 MGKCNRO         PO:0007033      GR_ref:11453    IC              G       magnesium to potassium content ratio    MgK1    QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU013 MR              PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       milled rice ratio       mr5     QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE012 MR              PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE012 MR              PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQFU049 MR              PO:0007038      GR_ref:8212     IMP             G       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL CQR3    MR              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       milled rice ratio               QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQL001  MR              PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       milled rice ratio       QMr12   QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
@@ -10985,8 +10985,8 @@ GR_QTL  EQC0018 SBRNB           PO:0007130      GR_ref:11393    IMP             G       secondary branch        sbr4.1  QTL
 GR_QTL AQAW036 SBRNB           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       secondary branch                QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAB042 SBRNB           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       secondary branch        qNSB1-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQAB010 SBRNB           PO:0007130      GR_ref:11453    IC              G       secondary branch        qNSB6-1 QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE003 SDDN            PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
-GR_QTL AQEE002 SDDN            PO:0007038      GR_ref:8143     IMP             G       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE003 SDDN            PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
+GR_QTL AQEE002 SDDN            PO:0007038      GR_ref:8143|PMID:14513216       IMP             G       seed density            QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQCK005 SDDOR           PO:0007132      GR_ref:2466     IMP             G       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQCK005 SDDOR           PO:0007038      GR_ref:11453    IC              G       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
 GR_QTL AQF029  SDDOR           PO:0007132      GR_ref:7750     IMP             G       seed dormancy           QTL     taxon:4530      20090923        Gramene         
Planteome associations