updated rice germplasm annotation file, removed individual annotation files.

svn path=/; revision=602

updated new annotation files, added them to the concatenated file.

svn path=/; revision=601

Remove unnecessary tabs from last column

svn path=/; revision=600

Fix loding errors in AmiGO2

svn path=/; revision=599

Remove extra columns from header

svn path=/; revision=598

Add "taxon:" to taxon column

svn path=/; revision=597

Remove gaf-version tag from header, file isn't actually 2.0

svn path=/; revision=596

Change Physcomitrella taxon id to one that works

svn path=/; revision=595

Messed up adding the "taxon:", it shouldn't have been on the header line, caused the warnings about how many columns there were to come back.

svn path=/; revision=594

Removed extra column 18, added gaf-version header and fixed taxon column (13) to have "taxon:"

svn path=/; revision=593

Added gaf-version header line to make warnings go away when loading in Amigo.

svn path=/; revision=592

Removed individual annotation files, replaced them with concatenated version- to_germplasm_rice.assoc

svn path=/; revision=591

Removed lines in TO_IMP_gene_O.sativa.assoc and saved as TO_IMP_gene_O.sativa-new.assoc

svn path=/; revision=590

Adding cassava data files for reference

svn path=/; revision=589

Adding cassava germaplsm annotations from Genesys

svn path=/; revision=588

Fixed file names for TO_PPPP files
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_G.max.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_M.truncatula.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=587

changed aspect to T from branch identifiers in PPPP TO files

svn path=/; revision=586

Added a couple missing TO annotations.

svn path=/; revision=585

added test files to test column 9 (Aspect).  Added DB object name as the germplasm name

svn path=/; revision=584

Added blast annotation file back

svn path=/; revision=583

removed blast annotation file testing the use of column8.

svn path=/; revision=582

Adding test folder for cassava annotations

svn path=/; revision=581

changed from_country annotation to column 8, and left has_phenotype_score in column 16

svn path=/; revision=580

Removed '\n' from protein_trait_annotation.tsv

svn path=/; revision=579

Fixed line errors in files.  Testing column 8 in blast2_trait_annotation.tsv

svn path=/; revision=578

Files should no longer be empty!!!

svn path=/; revision=577

this time I actually added the gaf files.

svn path=/; revision=576

Removed old test_rice_blast_annotation.tsv, and replaced with current 'blast_trait_annotation.tsv'.  Also added annotation file for all other traits annotated via NSF.PROJECT.OBS experiment: https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/method.aspx?id=494436

svn path=/; revision=575

Added a test_germplasm folder to store test annotation files for germplasm with annotations to traits in the TO

svn path=/; revision=574

Replace GR_tax ids with corresponding NCBI ones

svn path=/; revision=573

Remove all .txt files as they have been superceded by .gaf files.  Fix header in all .gaf files (was missing "!"), and rename all files to .assoc.  Files were originally downloaded from Gramene Sep 14 2014.

svn path=/; revision=572

Updated zip file to have all association files in release #21

svn path=/; revision=571

Replace references to "Ethan Johnson" and "Brian_Atkinson" to have "POC:" in front to make it clear who added the annotations

svn path=/; revision=570

Change association to alt_id PO:0007617 to PO:0007616 (flowering stage)

svn path=/; revision=569

Revert back to non-empty revision.  Automatic commit from TAIR was messed up and had no associations.

svn path=/; revision=568

Fix typo: GRR should have been GR

svn path=/; revision=567

changed line 1476  in po_anatomy_stock_arabidopsis_nasc.assoc file to use PO:0009029 instead of the alt_id PO:0006472 that was causing issues.

svn path=/; revision=566

Remove space in column 16

svn path=/; revision=565

Fix missing end parantheses in column 16.  Was causing errors trying to load in AmiGO.

svn path=/; revision=564

Fix extra pipe symbols in column 16 that were causing load errors in AmiGO

svn path=/; revision=563

Fix missing parantheses in column 16 on some lines

svn path=/; revision=562

revised line 441 to fix issue with blank col_7

svn path=/; revision=561

Removed 2 blank lines

svn path=/; revision=560

changed names of PO_* to be lowercase po_*. keeps the names consistent.

svn path=/; revision=559

removed 11 exact duplicate rows from PO_growth_gene_model_li_zea_mays.assoc

svn path=/; revision=558

Move soy qtl file out of testing

svn path=/; revision=557

Removing empty test folders

svn path=/; revision=556

Removing empty test folder

svn path=/; revision=555

Duplicate removal of maize association files using deldupe() R script.
PO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc:
No relative dupes were found
 2  exact dupes were removed
po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc:
 5  exact dupes were removed
 232  relative dupes were removed
po_anatomy_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed
po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc:
 69  exact dupes were removed
 69  relative dupes were removed
po_growth_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed

svn path=/; revision=554

Added eight lines that were in the PO file and referred to the obsoleted term PO:00200008 which was changed to GO:0043668.

svn path=/; revision=553

Removed lines referring to PO:0020008, which is the obsolete term 'exine'.  Moved revised lines to GO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc.

svn path=/; revision=552

Move files out of test_leaf_dev and test_PPPP_PO folders to main folder.

svn path=/; revision=551

po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc file was loaded into R and the deldupe() function was performed.  The deldupe() function performs these operations:  1. Removes any line in the assoc file that has an exact duplicate (includes all 16 columns in step 1). 2. Identifies any lines in the association file that has relative duplicates (relative duplicates are rows where everything in columns 1 through 15 are exactly the same, but the row has different values in column 16.) 3. Removes any relative duplicate rows that contain "-" in column 16. 4. performs a check to see if the expected number of rows are removed.

svn path=/; revision=550

Changed column 8 to have MaizeGDB: in the from part to fix how it shows up in AmiGO

svn path=/; revision=549

Fix taxon id column to use NCBI ids rather than gramenes.  Also, updated to latest from gramene release 39, which removed rice associations with no EO:XXXXXX numbers

svn path=/; revision=548

revised the po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc to include correct tab spacing.

svn path=/; revision=547

revised column 1 of po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc so the new MaizeGDB_stock Xref will be recognized.

svn path=/; revision=546

Removed duplicate lines from TO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=545

Removed duplicate lines from TO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc

svn path=/; revision=544

removed duplicate lines from GO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc

svn path=/; revision=543

Removed duplicated lines from GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc

svn path=/; revision=542

removed duplicated lines from GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc

svn path=/; revision=541

Removed test_phenos folder and the go_gene_oryza_phenos.assoc.xls, as it has been replaced by go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc

svn path=/; revision=540

renamed all the association files in the Test_PPPP_TO folder to be consistant with naming. Also fixed the spelling on the tomato association file in the test_PPPP_PO folder.

svn path=/; revision=539

Renamed all association files in Test_PPPP_GO to be consistent with naming conventions.

svn path=/; revision=538

renamed the test-maizegdb-2015 folder to test-maizegdb

svn path=/; revision=537

Renamed test folder PO association files from test_PPPP to test_PPPP_PO to be consistent with the rest.

svn path=/; revision=536

Changed Test_GO folder to Test_PPPP_GO

svn path=/; revision=535

Changed Test_TO folder to Test_PPPP_TO

svn path=/; revision=534

added TEST_TO folder containing .assoc files for maize, medicago, rice,
soybean, tomato

svn path=/; revision=533

added TEST_GO file containing .assoc files for Maize, medicago,rice,
soybean, tomato, arabidopsis

svn path=/; revision=532

Added go-association/ directory, and moved all go-associations from the [poc] branch into it.  All files were moved except for compressed .gz files.

svn path=/; revision=531

created to-associations/ folder, and moved all to.assoc files from the [poc] branch to here.  They are now duplicated on the svn

svn path=/; revision=530

Added an eo-association folder to the associations branch.  Moved all eo-association*.assoc files into it.  They are now duplicated in both [poc] and associations/ within the SVN"

svn path=/; revision=529

Adding test folder for new MaizeGDB association files

svn path=/; revision=528

changed the + to a space in plant_ontology_qtl_glycine_soybase.assoc because the + cases amigo to crash.

svn path=/; revision=527

replaced all spaces with '+' so they would work as IDs in the URL xref

svn path=/; revision=526

Modified the second column of the plant_ontology_qtl_glycine_soybase.assoc file to have correct verbose ID for lookup in SOY_QTL database

svn path=/; revision=525

removed PO_ontology_IMP_gene_oryza.assoc

svn path=/; revision=524

renamed test_PPPP/PO_ontology_IMP_gene_G.max.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_S.lycopersum.assoc

svn path=/; revision=523

added pubmed IDs to
/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc
and renamed
PO _ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=522

Fixed a typo in the taxonID column of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc file.

svn path=/; revision=521

Updated the Taxon column to add "taxon:" before the taxonID number

svn path=/; revision=520

revised column 13, added "taxon" before actual id for/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc

svn path=/; revision=519

Added leading zeros back to Database ID column.

svn path=/; revision=518

Remove empty lines from end of file

svn path=/; revision=517

revised the PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc

svn path=/; revision=516

revised column 1 of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=515

revised column 1 of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=514

made revisions to column 4 and last rows of the test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=513

corrected errors in test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc
~

svn path=/; revision=512

revised database column in /PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=511

removed headers from /PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc
:
M    test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc

svn path=/; revision=510

added directory test_PPPP containing /PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_oryza.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=509

Fixed some more spacing problems.

svn path=/; revision=508

Fixed extra spaces in PO id column. Needed for AmiGO2 load

svn path=/; revision=507

Fixed spacing issues in file.  Can't have spaces between relationship and parantheses.  Fixed in anticipation of migration to AmiGO2

svn path=/; revision=506

Undoing commit of bad data merge

svn path=/; revision=505

TAIR monthly commit

svn path=/; revision=504

Fixed spacing issues in assoc files.  Most were in col 16, but some in col 5 as well.  AmiGO2 does not like the spaces and fails on load. Fixed in anticipation of migration to AmiGO2 for planteome.

svn path=/; revision=503