Update test_file

Testing with new server

svn path=/; revision=687

Add fasta split by header script

svn path=/; revision=686

Testing subversion version on server

svn path=/; revision=685

Test

svn path=/; revision=684

Test with new apache

svn path=/; revision=683

Add Cornus florida

svn path=/; revision=682

Add ability to do 6 (won't create diagram)

svn path=/; revision=681

Modify trans_filter so that Saliva_hispanica is not counted

svn path=/; revision=680

Fix the species printing in output to not have underscore "_"

svn path=/; revision=679

Add efficient reverse grep script. Works much better than grep for large
scale reverse search

svn path=/; revision=678

Add db handler for 6 species, will not draw venn diagram, just generate data. Also output summary to file as well as stdout.

svn path=/; revision=677

Generalize it to take in species_array from a file so the program doesn't need to modified each run

svn path=/; revision=676

Add Sesame

svn path=/; revision=675

Test with new server install

svn path=/; revision=674

Still too many AGI_Locuscode

svn path=/; revision=673

Oops, too many AGI_Locuscodes

svn path=/; revision=672

Add duplicate association checker

svn path=/; revision=671

Fix species lookup

svn path=/; revision=670

Missed bracket

svn path=/; revision=669

Add script to generate ortholog association files from GO Ath file

svn path=/; revision=668

still used as of slice 19

svn path=/; revision=667

Change to using isoform_info from protein_sequences for a count of only canonical genes

svn path=/; revision=666

Update to include canonical transcript counts when loading protein
sequences

svn path=/; revision=665

Fix couple of entries for taxons

svn path=/; revision=664

Script to generate fasta_taxon_mapping.txt file for iprscan

svn path=/; revision=663

Fix O. sativa Aus kasalath

svn path=/; revision=662

Add dbconnect_local subroutine

svn path=/; revision=661

Add dot (.) to regex so that fasta files with them don't error

svn path=/; revision=660

Add new species and subroutines to use for common mart and ensembl downloads

svn path=/; revision=659

New Zea mays genes have additional padding 0 in transcript id

svn path=/; revision=658

Fix typo

svn path=/; revision=657

Fix broken synonyms inserts

svn path=/; revision=656

Add script that will look for known isoform patterns and create a new fasta file without them

svn path=/; revision=655

Add more beavers

svn path=/; revision=654

Add more beaver

svn path=/; revision=653

Remove deprecated TYPE from sql table creation

svn path=/; revision=652

Add weighted version of supercluster program

svn path=/; revision=651

Add beaver no-isoforms

svn path=/; revision=650

Fix a couple of typos

svn path=/; revision=649

Fix Mustela putorius sub species

svn path=/; revision=648

Add new mammal species

svn path=/; revision=647

Add aiso xml parsing script.  Runs over zip files in current directory and adds them to floret/image_annotation msyql.

svn path=/; revision=646

Add Gossypium hirsutum

svn path=/; revision=645

now handles direct RAP::UniProt mapping for Ensembl data, not just
RAP:MSU:UniProt. more inclusive

svn path=/; revision=644

Input species order no longer matters.  Added extra argument to make it detect which species to search for in sql statement

svn path=/; revision=643

Added taxon lookup table

svn path=/; revision=642

Fixed all bugs and also now outputs the lines to a set of files.  Probably should find a better way to name the output files, but can be changed later.

svn path=/; revision=641

Remove unneeded variable that was there from testing

svn path=/; revision=640

Found bug in loop over file 2 hash.  Was counting some twice because of it.

svn path=/; revision=639

Initial version of SNP venn statistics script

svn path=/; revision=638

Fix spelling of Arachis duranensis and add two Salvia species for Matt

svn path=/; revision=637

Add check to see if table exists, and skip ahead if it doesn't

svn path=/; revision=636

Added new bean species, Arachis_duramensis, Arachis_ipaensis, Phaseolus_vulgaris

svn path=/; revision=635

Script that will generate the tabulated cluster gene counts from InParanoid.  To be used with cafe instead of using MPIBlast/MCL to calculate.

svn path=/; revision=634

Took out _longest_ from file name, don't really need it and was just forcing me to rename files after

svn path=/; revision=633

Added script that takes a species list and copies only relevant sqltable files (from inparanoid) to a new directory

svn path=/; revision=632

Added Kalanchoe laxiflora

svn path=/; revision=631

Added section to parse OBO files in addition to assoc files for taxon IDs

svn path=/; revision=630

Added script that parses NCBI taxonomy.dat file and creates slim OWL file, to be used by planteome.

svn path=/; revision=629

Testing

svn path=/; revision=628

Testing

svn path=/; revision=627

Testing

svn path=/; revision=626

Remove test directory

svn path=/; revision=625

Testing write access

svn path=/; revision=624

Added folder for Chris's temperature logger

svn path=/; revision=623

New script that creates a fasta file with no isoforms.  To be used in CAFE pipeline.

svn path=/; revision=622

Fix Ectocarpus field separator

svn path=/; revision=621

Script that will use supercluster table to generate fasta file with only longest (or random) genes from each cluster.  Useful for running bio-hal

svn path=/; revision=620

updated assembly scripts $ test

svn path=/; revision=619

full assembly script-Chia

svn path=/; revision=618

test comment

svn path=/; revision=617

adding my first shell scripts for chia (round 1)

svn path=/; revision=616

my new Personnel folder for holding scripts

svn path=/; revision=615

Add progress indicator

svn path=/; revision=614

Add section that skips T.cacao transcripts

svn path=/; revision=613

Added species hash list to check against and will only fix lines that match

svn path=/; revision=612

Fix monococcum field separators

svn path=/; revision=611

T.cacao genes <=> symbols

svn path=/; revision=610

Fix Cannabis field seperator

svn path=/; revision=609

Script that can fix InParanoid sqltable files that have incorrect gene ids

svn path=/; revision=608

Fix incorrect separator for T.cacao

svn path=/; revision=607

Fix a couple more incorrect gene names

svn path=/; revision=606

Fix broken synonyms for Glycine max

svn path=/; revision=605

Fix incorrect C.elegans gene names

svn path=/; revision=604

Fix misspelling

svn path=/; revision=603

Fix misspellings and shorten B.sylvaticum.Corvallis so that MySQL tables can be generated

svn path=/; revision=602

Shorten B.sylvaticum.Corvallis name so that database table names are < 64 chars

svn path=/; revision=601

Add error checking for db creation statement

svn path=/; revision=600

Proper detection on lines that only contain a *

svn path=/; revision=599

Scripts that can be used together to run inParanoid as an SGE batch array style job, also removes files after completion except for sqltable files which is moved to sqltables directory

svn path=/; revision=598

Switch to using DBIFloret

svn path=/; revision=597

Add synonym entries

svn path=/; revision=596

Fix file handle name and wildcard db query

svn path=/; revision=595

Fix split on tab

svn path=/; revision=594

Add source and progress indicator

svn path=/; revision=593

Generalize species input so that script doesn't have to be edited each time

svn path=/; revision=592

Updated to work with all species in the 9_9_13 folder.  Current as of 12-16-2014

svn path=/; revision=591

Use proper file handles, add a die if can't open file for writing

svn path=/; revision=590

updates for JBMS MS

svn path=/; revision=589