Add synonym entries

svn path=/; revision=596

Fix file handle name and wildcard db query

svn path=/; revision=595

Fix split on tab

svn path=/; revision=594

Add source and progress indicator

svn path=/; revision=593

Generalize species input so that script doesn't have to be edited each time

svn path=/; revision=592

Updated to work with all species in the 9_9_13 folder.  Current as of 12-16-2014

svn path=/; revision=591

Use proper file handles, add a die if can't open file for writing

svn path=/; revision=590

updates for JBMS MS

svn path=/; revision=589

updates for JBMS MS

svn path=/; revision=588

updates for JBMS MS

svn path=/; revision=587

updates for JBMS MS

svn path=/; revision=586

updates for AISO JBMS MS

svn path=/; revision=585

updates for AISO JBMS MS

svn path=/; revision=584

AISO MS updates

svn path=/; revision=583

edits to align with instructions in AISO manuscript

svn path=/; revision=582

The generation of the MSU-RAP dictionary now accepts .2, .3, .4, etc.
isoforms if no .1 is present. This will ensure the inclusion of more
orthology mappings.

svn path=/; revision=581

Fixed species names with dots or commas in names

svn path=/; revision=580

Added species

svn path=/; revision=579

...and the post-exercise script for 1.pl

svn path=/; revision=578

Added STEM 2014 camp scripts. Draft stage.

svn path=/; revision=577

Added code that generates the actual venn diagram images.  Needs source files with outlines to work, also in this commit in the Personnel/elserj/venn_sources folder

svn path=/; revision=576

diagram conditional size adjustment

svn path=/; revision=575

added percentage coverage comparisons, more captioning on diagrams

svn path=/; revision=574

now saves Venn figure files as PNG (and also generates projection Venn
diagrams

svn path=/; revision=573

enhanced Venn args, wip: projection diagram

svn path=/; revision=572

added Venn generator

svn path=/; revision=571

wip: venn diagram output

svn path=/; revision=570

complete refactor of projection comparison code; added more projection
stats

svn path=/; revision=569

added ensembl confidence flag

svn path=/; revision=568

now generates optional reactome projection output files

svn path=/; revision=567

wip: joining list of projections and prefixing at same time

svn path=/; revision=566

wip

svn path=/; revision=565

wip: reactome output files

svn path=/; revision=564

wip: generate_reactome_files option

svn path=/; revision=563

added projection prefix option

svn path=/; revision=562

finished optional uniprot mapping

svn path=/; revision=561

wip: uniprot substitution for ref loci

svn path=/; revision=560

major revision completed: now accepts all input as file args and
generates output files

svn path=/; revision=559

text edits

svn path=/; revision=558

fixed superscripts identifying source: gramene, naithani and jaiswal labs

svn path=/; revision=557

rename program to make it more generic

svn path=/; revision=556

Updated version numbers to match pathway tools 18.0

svn path=/; revision=555

WIP, not building at the moment. refactoring to accept ens, inp super
cluster, and rap map files all at once, run in one shot, produce
mapping and overlap stats files. future work: also produce reactome
orthopair files and venne diagram. maybe build UI, too, just to learn
how.

svn path=/; revision=554

svn path=/; revision=553

svn path=/; revision=552

added image link for logo

svn path=/; revision=551

pathways website logo

svn path=/; revision=550

spell check and rephrased the metabolic.html link

svn path=/; revision=549

added fragaria

svn path=/; revision=548

updated the content

svn path=/; revision=547

added addition Cycs and updated hyperlinks

svn path=/; revision=546

fragariacyc logo

svn path=/; revision=545

eucalypcyc logo

svn path=/; revision=544

vitiscyc logo

svn path=/; revision=543

metabolic pathway database and species listing

svn path=/; revision=542

added image folder

svn path=/; revision=541

test changes

svn path=/; revision=540

Added pathways website folder for Pankaj with shell index.html

svn path=/; revision=539

Added Triticum turgidum

svn path=/; revision=538

Fixed Zea and added new species

svn path=/; revision=537

Performance improvement. Changed dictionary lookup from...
  if item in dict.keys() :
to...
  if item in dict :

Noticeably faster.

svn path=/; revision=536

mods for projected species flexibility

svn path=/; revision=535

major development complete; now testing w/ different projected species

svn path=/; revision=534

completed first draft of ensembl projection 50% reciprocal id mappings

svn path=/; revision=533

wip

svn path=/; revision=532

draft of os loc 2 at mapping mashup

svn path=/; revision=531

svn path=/; revision=530

Fixed incorrect mays gene naming

svn path=/; revision=529

Added 4 new Oryza species from Pankaj

svn path=/; revision=528

Updated for new species and fixed a couple of regex issues

svn path=/; revision=527

svn path=/; revision=526

Combined label is changed to Segmented Sucessfuly.

svn path=/; revision=525

Removed this unnecessary file. Artifact of Nikhil's build environment.

svn path=/; revision=524

Added new species and fixed for new downloads.  Also added some reporting to the verify script.

svn path=/; revision=523

remove tmp-images from svn

svn path=/; revision=522

Restore messed up commit of inventory

svn path=/; revision=521

Remove tmp-images from svn

svn path=/; revision=520

moved files to args

svn path=/; revision=519

swaps the GBWI ids w/ GRMZ ids for Gramene web site indexing

svn path=/; revision=518

Test add to make sure Miles can commit

svn path=/; revision=517

Add web version of inventory website

svn path=/; revision=516

updated filenames for AraCyc11 conversion

svn path=/; revision=515

added multiple screens (activities), switching mechanism
updated buttons (different looks when pressed)
fixed some crash errors
new icon!
started adding items via the app
fixed some bugs that were causing data to be switched around

svn path=/; revision=514

update user interface
buttons
colors
added web posting for more information

svn path=/; revision=513

working image capture
working server interaction, displays correct information about scanned item
items can be edited through the app interface (quantity, location can be changed)
clickable linking to the web interface for detailed information

svn path=/; revision=512

scan initiates using webcam, but even though the scan appears to be successful, rather than returning to the main activity and parsing the results the webcam continues to scan indefinitely.

svn path=/; revision=511

bitmap seems to be saved, but upon opening up the gallery no photo exists.

svn path=/; revision=510

try again at saving the barcode to the photo gallery - appears to work, but then crashes after a few seconds. No photo saved.

svn path=/; revision=509

code compiles, for some reason we cannot store a bitmap to be printed. otherwise code appears to be working.

svn path=/; revision=508

working bitmap creation code

svn path=/; revision=507

no changes, just compiled the apk

svn path=/; revision=506

compiled zxing jar added

svn path=/; revision=505

*HAS ERROS*
Added PrintDialogActivity.java, and print_dialog.xml, implemented code to print qr codes via cloud print

svn path=/; revision=504

set up information passing infrastructure

svn path=/; revision=503

now makes use of IntentIntegrator, rather than just Intent

svn path=/; revision=502

svn path=/; revision=501

commit with zxing lib included

svn path=/; revision=500

first try at integrating google's barcode scanner

svn path=/; revision=499

Initial commit for lab inventory program

svn path=/; revision=498

Initial import.

svn path=/; revision=497