Added tomato

svn path=/; revision=483

Added the create procedure statement for import_annotated_term

svn path=/; revision=482

Latest commits. All queries are changes to use stored procedures.

svn path=/; revision=481

Added new fish species

svn path=/; revision=480

updated to v0.3

svn path=/; revision=479

Updated annotated_image stored_procedure.

svn path=/; revision=478

Updated annotated_image stored procedure

svn path=/; revision=477

used stored_procedure for annotated_image table

svn path=/; revision=476

Change some insertions through stored procedures and password hiding.

svn path=/; revision=475

Updated comments in stored_procedure.sql file

svn path=/; revision=474

Added stored procedures file

svn path=/; revision=473

no longer needed; just an example

svn path=/; revision=472

Latest commits.

svn path=/; revision=471

quick stored proc db test

svn path=/; revision=470

Deleted

svn path=/; revision=469

File reorganizatio and initial checkins for data import scripts

svn path=/; revision=468

View Ontology Changes:
        - many small bug fixes
        - solved the term cut-off problem
        - solved the gene cut-off problems

svn path=/; revision=467

Added Character encoding for synonyms table

svn path=/; revision=466

svn path=/; revision=465

View Ontology Changes
        - download tab delimited file button now only includes currently
          visible terms

svn path=/; revision=464

Heatmap Changes:
        - jump to gene button is now working

svn path=/; revision=463

Heatmap Changes:
        - jump to cluster button is now working
        - jump to gene is still not

svn path=/; revision=462

View Ontology Changes:
        -jump to gene button is now working in the ontology map

- Bug detected in HeatMap: jump to cluster and jump to gene buttons are
  no longer working

svn path=/; revision=461

More changes to UI. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=460

View Ontology Changes:
        -Error messages made bigger, clearer

Info Choice Changes:
        -User now has the option of choosing sort criteria
        -Deleted a lot of old, useless code. Much nicer now.

svn path=/; revision=459

View Ontology Changes:
        -downloaded tab delimited file now has 0,0 field
        -ontologies can now be dynamically viewed or ignored

svn path=/; revision=458

svn path=/; revision=457

Add toggling between Segmentation and Labelling modes. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=456

Add TextLabels to some UI icons and removed unnecessary icons. From Nikhil.

svn path=/; revision=455

minor visual enhancements to view ontology and heatmap, mostly to do
with scrolling

svn path=/; revision=454

VO Download Changes:
        -removed excess tabs
        -couldn't find the cause of the excess newline, suspect that it
is an artifact of fwrite() function

svn path=/; revision=453

View Ontology Changes:
        -namespace selection now fully functional, error messages
updated and made relevant

Info Choice Changes:
        -namespace selection support
        -minor javascript changes

svn path=/; revision=452

View Ontology Changes:
        -now strips out any genes that haven't been annotated from the
search paramters, and doesn't display them in the ontology
        -supports cluster and box ontologies from Heatmap

svn path=/; revision=451

Info Choice Changes:
        -view ontology button now works for both box and cluster
searches

svn path=/; revision=450

View Ontology Changes:
        -download as tab delimited file fully functional
        -check boxes for selecting or deselecting downloaded terms
functional

svn path=/; revision=449

View Ontology Changes:
        -VOdownload.php made
        -download button implimented
        -downloading tab delimited file is now working

svn path=/; revision=448

View Ontology Changes:
        -check boxes are now working

svn path=/; revision=447

View Ontology Changes:
        -genes are now clickable, and take the user to the Plant
Ontology annotation search for the relevant gene
        -more detailed user instructions

svn path=/; revision=446

View Ontology Changes:
        -random column colors is working
        -columns have a color key

svn path=/; revision=445

View Ontology Changes:
        -linking to ontology term is now working
HeatMap Changes:
        -Minor refactoring

svn path=/; revision=444

View Ontology Changes:
        -legend now displays useful information
        -added evidence counts into the chart
        -distinguished between anatomy and growth terms

svn path=/; revision=443

Moved the IADB project out of Balaji's Personnel folder to the
jaiswallab/ projects level

svn path=/; revision=442

View Ontology Changes:
        -evidence count is now included in the returned mysql table; not
yet included in the actual website

svn path=/; revision=441

View Ontology Changes:
        -side scrolling
        -automatic heigth and width adjustments
        -automatic top and side offsets
        -some code refactoring
        -PO Number now included in term

svn path=/; revision=440

discovered a bunch of failings in view Ontology, fixed them
optimized the view Ontology queries so that it can now handle at least
100 times as many genes, probably more; it runs significantly faster and
uses some joins in mysql to organize the data

svn path=/; revision=439

Working copy, made some optimization changes to heatMap.php: these may
need to be debugged as time goes on. Nothing jumps out at me however.
No more funky scrollLeftOffset or scrollRightOffset

svn path=/; revision=438

working revision, including the view ontology capability. Colors changed
in the ontology viewer from blue -> yellow to blue -> green

svn path=/; revision=437

not sure if heatmap is working, wanted something to revert to

svn path=/; revision=436

Added counts for obsolete terms and total number of terms

svn path=/; revision=435

Added script that can take an obo file and tell you how many non-obsolete terms exist

svn path=/; revision=434

svn path=/; revision=433

Term printing is now woring in viewOntology.php, nothing else has
currently been implimented here. Still to do: Gene printing, cell
coloring

svn path=/; revision=432

Everything appears to be working, will now begin serious work on the
view ontology tool

svn path=/; revision=431

code for contact upload script

svn path=/; revision=430

image annotation db schema files - load sql script, workbench schema file and image

svn path=/; revision=429

html 5 based prototype for web view of image annotation data - folder contains several implemenations - decide on one later

svn path=/; revision=428

Commented out active learning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=427

Commented incomplete ActiveLearning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=426

Resolved list drop down problem in Windows machines. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=425

Included dimers, and left a commented line for equivalent SSR counts

svn path=/; revision=424

First draft

svn path=/; revision=423

Initial copy from B.sylvaticum version, unmodified.

svn path=/; revision=422

Added new sources

svn path=/; revision=421

simple entities changed from RiceCyc to reactome

svn path=/; revision=420

simple entities are from reactome databse not from ricecyc

svn path=/; revision=419

In the curated folder, three pathways related to GA Biosynthesis. Here the simple entities were changed from riceCyc source to the reactome existing entries.

svn path=/; revision=418

jump to cluster unbroken

svn path=/; revision=417

now all species requested will appear, regardless of relevance, in their
original alphanumberical order. much bug fixing. download as jpg working
again.

svn path=/; revision=416

Fixed species inclusion to show even irrelevant species if asked.
Improved summary of data.

svn path=/; revision=415

species inclusion check boxes now in a table. Revised instructions
slightly. Renamed important functions. Select and Deselect All buttons
implimented.

svn path=/; revision=414

changed support email address from ...@palea to ...@plantontology.org

svn path=/; revision=413

updated icons for AISO rename

svn path=/; revision=412

Initial commit of Sushmas rtpjs

svn path=/; revision=411

Added folder for Sushma

svn path=/; revision=410

svn path=/; revision=409

changed from SIA to AISO

svn path=/; revision=408

svn path=/; revision=407

Species inclusion now working for webpage only. Clear box added.

svn path=/; revision=406

updated Heatmap.jar to reflect the same color scheme as the website.
species elimination working.

svn path=/; revision=405

Species elimination finally working, only from Main Page though. now
should be usable for further publications.

svn path=/; revision=404

added correctly sized and moving scrollbar

svn path=/; revision=403

svn path=/; revision=402

check boxes no longer disappear after they have been checked, the list
of species is static

svn path=/; revision=401

check boxes for removing species from the heat map

svn path=/; revision=400

species elimination working, must be known before heatmap is generated.
next update hopefully will have checkboxes.
`

svn path=/; revision=399

Trac #197 and 282

svn path=/; revision=398

Removing old copy of SIA project. "Annotation" is the correct project.

svn path=/; revision=397

Added note about required internet connection

svn path=/; revision=396

svn path=/; revision=395

Changed "apply markup now" icon to running man (avoids conflicts w/ the "Form segment" gears icon), more help doc revisions

svn path=/; revision=394

text revisions

svn path=/; revision=393

Revised help doc. Added "beta" to app name.

svn path=/; revision=392

Help URLs revised.

svn path=/; revision=391

Started revisions on the help doc, pointed at a new helpURL location, and revised wording on the SaveReminder dialog.

svn path=/; revision=390

Revised the clearing of the curator, species, and term selection combo boxes in resetView()

svn path=/; revision=389

Close and Save Reminder f(x) implemented.

svn path=/; revision=388

Tested the Close action. Drafted the Close dialog.

Save action from Close action works, but only when hard-wired.

Next: Return user choice from SaveReminder dialog to Close action.

svn path=/; revision=387

Close Action progress. Now just need to build Close action dialog and trigger Save action when requested.

svn path=/; revision=386

Comment clean-up, changed "Command-W" to "Ctrl-W" on Windows actions.props

svn path=/; revision=385

new application icons

svn path=/; revision=384