Moving files

Moving duplicate QTL files to new folder so they won't be loaded

Moving annotations

Moving annotations

Fixed Xrefs

Fixing xref

Moving annotations, cleaning up synonyms

Moving annotations, cleaning up synonyms

reassigning annotations to study conditions

Update obsolete GO annotations

Fixing evidence codes

Update po_miRNA_Oryza_miRBase.assoc

Cleaning up annotation extensions

cleaning up names

Cleaning up synonym field

Updating mappings

Reassigning annotations to better fit the definitions

Move 4 annotations to parent term

Fixed 2 annotations

Moved annotations to TO:0000170 elongation under submergence

Update to_qtl_glycine_SoyBase.assoc

Moved 31 annotations from  TO:0000114 flooding related trait to TO:0000524 submergence tolerance

Moved 2 annotations to TO:0000286

Moved 2 annotations to grain tenderness

Update to_qtl_Setaria_italica_Gramene.assoc

Moved annotations from  cauline axillary branch number to stem branch number

Renamed axillary branch number

Moved annotation to TO:0000031  silicon response

Moved annotations to TO:0000437 plant male sterility

Fixing synonyms

Fixed conflicted changes

Fixed line length

Fixed line length

Noved i annotation to TO:0000580

Fixed annotations

Removed duplicated lines

Moved annotations from pollen sterility (TO:0000053) to TO:0000437 male sterility

Moved annotations, fixed duplicated synonyms and refs

Moved two annotations to TO:0000036

Adding curator xref

Removed a few more duplicated synonyms

Removed duplicated synonyms

Moved annotations from TO:0000042 to parent term TO:0000035 incompatibility trait

Moved annotations from TO:0000036 and TO:0000046 to  parent term TO:0000035  hybrid incompatibility

Fixed typo

Moved 1 annotation to grain quality  TO:0000162

Removed annotation to incorrect term

Filled in ref column

Added missing line return

Adding new file for Triticeae QTLs

Fixing filename

Fixed database name

Adding new file of oat QTLs from GrainGenes

Moved 3 QTLs to TO:0000631

Removed 4 duplicated lines

Adding more barley QTLs, fixing annotations

Added line return at the end

Adding more annotations

Fixed typo

Adding test file of GrainGenes QTLs

Change all obsoleted GO terms with known replacements

Updated annotations to insect responses

Replaced 1 TO term, removed by mistake

Updated annotations to insect traits

Remove extra tab

Removed redundant annotation to parent term

Removed 10 annotated QTL as we have no evidence to support them

Moved IRRI germplasm files to a new folder

Moved 1 annotation to vivpary TO:0000619 from seed dormancy

Moved 11 annotations from seed dormancy TO:0000253 to New term- grain dormancy TO:0001159

Moved annotations to vivpary TO:0000619 from seed dormancy

Moved 11 annotations from seed dormancy TO:0000253 to New term- grain dormancy TO:0001159

Moved 164 rice QTLs from seed dormancy to grain dormancy TO:0001159

Moved ND gene to tillering TO:0000329

Moved annotations to new shoot axis length term TO:0001158 and TO:0000634 node #

Moved 2 QTLs to grain moisture TO:0000057

Fixed annotations, removed duplicated synonyms

Sorted by accession #

Added header line

No duplicates

Added header line

No duplicates

Added header line

No Duplicates

Added header line

No duplicates

Added header line

No duplicates

Added column headings line

Removed 23,490 duplicated lines

Fixed reference

Fixed evidence code

Replaced IAGP with EXP evidence code

Replaced IAGP evidence code with EXP

Moved 7 qtl annotations to TO:0000604

Moved 11 annotations from TO:0000488 seed composition quality trait

Fixed annotation on WD! gene to TO:0000604, which is a child of metabolite content trait

Change OB_Gene to Oryzabase to match dbxrefs.yaml

Added new test file of Oryzabase genes

Fixing typo in Oryza gene name

Error is coming from Gramene page

Fixed two mappings for maize QTLs

reverting test

testing

reverting test

test

Merge branch 'main' of https://gitlab.cqls.oregonstate.edu/jaiswal-lab/associations

Reverting test