Removed 2 blank lines

svn path=/; revision=560

changed names of PO_* to be lowercase po_*. keeps the names consistent.

svn path=/; revision=559

removed 11 exact duplicate rows from PO_growth_gene_model_li_zea_mays.assoc

svn path=/; revision=558

Move soy qtl file out of testing

svn path=/; revision=557

Removing empty test folders

svn path=/; revision=556

Removing empty test folder

svn path=/; revision=555

Duplicate removal of maize association files using deldupe() R script.
PO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc:
No relative dupes were found
 2  exact dupes were removed
po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc:
 5  exact dupes were removed
 232  relative dupes were removed
po_anatomy_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed
po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc:
 69  exact dupes were removed
 69  relative dupes were removed
po_growth_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed

svn path=/; revision=554

Added eight lines that were in the PO file and referred to the obsoleted term PO:00200008 which was changed to GO:0043668.

svn path=/; revision=553

Removed lines referring to PO:0020008, which is the obsolete term 'exine'.  Moved revised lines to GO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc.

svn path=/; revision=552

Move files out of test_leaf_dev and test_PPPP_PO folders to main folder.

svn path=/; revision=551

po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc file was loaded into R and the deldupe() function was performed.  The deldupe() function performs these operations:  1. Removes any line in the assoc file that has an exact duplicate (includes all 16 columns in step 1). 2. Identifies any lines in the association file that has relative duplicates (relative duplicates are rows where everything in columns 1 through 15 are exactly the same, but the row has different values in column 16.) 3. Removes any relative duplicate rows that contain "-" in column 16. 4. performs a check to see if the expected number of rows are removed.

svn path=/; revision=550

Changed column 8 to have MaizeGDB: in the from part to fix how it shows up in AmiGO

svn path=/; revision=549

Fix taxon id column to use NCBI ids rather than gramenes.  Also, updated to latest from gramene release 39, which removed rice associations with no EO:XXXXXX numbers

svn path=/; revision=548

revised the po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc to include correct tab spacing.

svn path=/; revision=547

revised column 1 of po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc so the new MaizeGDB_stock Xref will be recognized.

svn path=/; revision=546

Removed duplicate lines from TO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=545

Removed duplicate lines from TO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc

svn path=/; revision=544

removed duplicate lines from GO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc

svn path=/; revision=543

Removed duplicated lines from GO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc

svn path=/; revision=542

removed duplicated lines from GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc

svn path=/; revision=541

Removed test_phenos folder and the go_gene_oryza_phenos.assoc.xls, as it has been replaced by go-associations/Test_PPPP_GO/GO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc

svn path=/; revision=540

renamed all the association files in the Test_PPPP_TO folder to be consistant with naming. Also fixed the spelling on the tomato association file in the test_PPPP_PO folder.

svn path=/; revision=539

Renamed all association files in Test_PPPP_GO to be consistent with naming conventions.

svn path=/; revision=538

renamed the test-maizegdb-2015 folder to test-maizegdb

svn path=/; revision=537

Renamed test folder PO association files from test_PPPP to test_PPPP_PO to be consistent with the rest.

svn path=/; revision=536

Changed Test_GO folder to Test_PPPP_GO

svn path=/; revision=535

Changed Test_TO folder to Test_PPPP_TO

svn path=/; revision=534

added TEST_TO folder containing .assoc files for maize, medicago, rice,
soybean, tomato

svn path=/; revision=533

added TEST_GO file containing .assoc files for Maize, medicago,rice,
soybean, tomato, arabidopsis

svn path=/; revision=532

Added go-association/ directory, and moved all go-associations from the [poc] branch into it.  All files were moved except for compressed .gz files.

svn path=/; revision=531

created to-associations/ folder, and moved all to.assoc files from the [poc] branch to here.  They are now duplicated on the svn

svn path=/; revision=530

Added an eo-association folder to the associations branch.  Moved all eo-association*.assoc files into it.  They are now duplicated in both [poc] and associations/ within the SVN"

svn path=/; revision=529

Adding test folder for new MaizeGDB association files

svn path=/; revision=528

changed the + to a space in plant_ontology_qtl_glycine_soybase.assoc because the + cases amigo to crash.

svn path=/; revision=527

replaced all spaces with '+' so they would work as IDs in the URL xref

svn path=/; revision=526

Modified the second column of the plant_ontology_qtl_glycine_soybase.assoc file to have correct verbose ID for lookup in SOY_QTL database

svn path=/; revision=525

removed PO_ontology_IMP_gene_oryza.assoc

svn path=/; revision=524

renamed test_PPPP/PO_ontology_IMP_gene_G.max.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_S.lycopersum.assoc

svn path=/; revision=523

added pubmed IDs to
/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc
and renamed
PO _ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=522

Fixed a typo in the taxonID column of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc file.

svn path=/; revision=521

Updated the Taxon column to add "taxon:" before the taxonID number

svn path=/; revision=520

revised column 13, added "taxon" before actual id for/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc

svn path=/; revision=519

Added leading zeros back to Database ID column.

svn path=/; revision=518

Remove empty lines from end of file

svn path=/; revision=517

revised the PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc

svn path=/; revision=516

revised column 1 of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=515

revised column 1 of PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=514

made revisions to column 4 and last rows of the test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=513

corrected errors in test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc
~

svn path=/; revision=512

revised database column in /PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=511

removed headers from /PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc
:
M    test_PPPP/PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc

svn path=/; revision=510

added directory test_PPPP containing /PO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_maize.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_medicago.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_oryza.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_solanum.assoc,/PO_ontology_IMP_gene_soybean.assoc

svn path=/; revision=509

Fixed some more spacing problems.

svn path=/; revision=508

Fixed extra spaces in PO id column. Needed for AmiGO2 load

svn path=/; revision=507

Fixed spacing issues in file.  Can't have spaces between relationship and parantheses.  Fixed in anticipation of migration to AmiGO2

svn path=/; revision=506

Undoing commit of bad data merge

svn path=/; revision=505

TAIR monthly commit

svn path=/; revision=504

Fixed spacing issues in assoc files.  Most were in col 16, but some in col 5 as well.  AmiGO2 does not like the spaces and fails on load. Fixed in anticipation of migration to AmiGO2 for planteome.

svn path=/; revision=503

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=502

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=501

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=500

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=499

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=498

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=497

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=496

Some lines had the worng aspect entered (column 9)

svn path=/; revision=495

Final checkin of free TAIR data as of August 31, 2013

svn path=/; revision=494

Fixed typo in name and remove header line.

svn path=/; revision=493

Added 2 new files of associations to developing maize leaves from Li et al,2010

svn path=/; revision=492

Added a folder to put the Leaf development annotations in to test.

svn path=/; revision=491

run mac2unix again

svn path=/; revision=490

Fixed object symbol column.

svn path=/; revision=489

Fixed space in curator name.

svn path=/; revision=488

Had to run mac2unix to fix the mac line breaks.  Made the file only have one line until fixed

svn path=/; revision=487

Fixed suffix for filename

svn path=/; revision=486

Renaming SoyBase QTL test file.

svn path=/; revision=485

Removed the new file fix continuity.

svn path=/; revision=484

SoyBase QTL annotation file was updated- corrected columns and PO Ids to obsolete term: sporophyte (PO:0009003).

svn path=/; revision=483

Fixing name

svn path=/; revision=482

Renaming the test file of SoyBase QTL annotations.

svn path=/; revision=481

Updated to associations files in release #20

svn path=/; revision=480

Adding new association file for Soybase QTLs for Rex Nelson.

svn path=/; revision=479

Changed obsoleted term PO:0007617 to PO:0007616

svn path=/; revision=478

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=477

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=476

emoved extra GR: from the Gramene files.

svn path=/; revision=475

Removed the working copies of the rice IMP files since it has been moved to the main folder.

svn path=/; revision=474

Removed some extra spaces in the DB_object_ID

svn path=/; revision=473

emoved annotations to DSG1 as we do not have a GR:id for those.
Changed assigned by from PO:Laurel_Cooper to POC:Laurel_Cooper
Changed GR to GR_gene as DB in Col #1
Renamed file po_ontology_IMP_gene_oryza_poc.assoc

svn path=/; revision=472

Renamed cotton transcript anatomy file and moved to main folder.

svn path=/; revision=471

Renamed cotton transcript anatomy file and moved to main folder.

svn path=/; revision=470

Changed annotation from seed trichomes (PO:0004511) to  plant protoplasts (PO:0000006), and fixed DB_Object_name- col#10.

svn path=/; revision=469

Removed the extra GR: from the Rice_phenos annotation file.

svn path=/; revision=468

Added tsv version of association file

svn path=/; revision=467

Updated the "assigned _by" and removed colored lines.-
-This line, and those below, will be ignored--

M    test_phenos/go_gene_oryza_phenos.assoc.xls
M    test_phenos/po_gene_oryza_phenos.assoc.xls

svn path=/; revision=466

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=465

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=464

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=463

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=462

TAIR weekly commit

svn path=/; revision=461