changed from SIA to AISO

svn path=/; revision=408

svn path=/; revision=407

Species inclusion now working for webpage only. Clear box added.

svn path=/; revision=406

updated Heatmap.jar to reflect the same color scheme as the website.
species elimination working.

svn path=/; revision=405

Species elimination finally working, only from Main Page though. now
should be usable for further publications.

svn path=/; revision=404

added correctly sized and moving scrollbar

svn path=/; revision=403

svn path=/; revision=402

check boxes no longer disappear after they have been checked, the list
of species is static

svn path=/; revision=401

check boxes for removing species from the heat map

svn path=/; revision=400

species elimination working, must be known before heatmap is generated.
next update hopefully will have checkboxes.
`

svn path=/; revision=399

Trac #197 and 282

svn path=/; revision=398

Removing old copy of SIA project. "Annotation" is the correct project.

svn path=/; revision=397

Added note about required internet connection

svn path=/; revision=396

svn path=/; revision=395

Changed "apply markup now" icon to running man (avoids conflicts w/ the "Form segment" gears icon), more help doc revisions

svn path=/; revision=394

text revisions

svn path=/; revision=393

Revised help doc. Added "beta" to app name.

svn path=/; revision=392

Help URLs revised.

svn path=/; revision=391

Started revisions on the help doc, pointed at a new helpURL location, and revised wording on the SaveReminder dialog.

svn path=/; revision=390

Revised the clearing of the curator, species, and term selection combo boxes in resetView()

svn path=/; revision=389

Close and Save Reminder f(x) implemented.

svn path=/; revision=388

Tested the Close action. Drafted the Close dialog.

Save action from Close action works, but only when hard-wired.

Next: Return user choice from SaveReminder dialog to Close action.

svn path=/; revision=387

Close Action progress. Now just need to build Close action dialog and trigger Save action when requested.

svn path=/; revision=386

Comment clean-up, changed "Command-W" to "Ctrl-W" on Windows actions.props

svn path=/; revision=385

new application icons

svn path=/; revision=384

Updated image for About dialog

svn path=/; revision=383

Added OS license text and image to About dialog.

svn path=/; revision=382

License image for open source software designation.

svn path=/; revision=381

Added a folder to contain the Plant Reactome project and a subfolder for
the rice reactome curation data (pathways, etc.)

svn path=/; revision=380

test svn commits

svn path=/; revision=379

Two tickets in progress: Trac #149, 188.

Save and Close not done yet.

Object clearing associated with file-switching is improved, but not complete.

svn path=/; revision=378

Test commit

svn path=/; revision=377

Final modifications. Working download link and image generation. Notes
for future: Downloadable image doesn't have special grey and gold
squares representing 0 and 1 genes, respectively. Possibility of
modification later. If the visual effects of the scroll bars on
heatMap.php page becomes an issue, consider surrounding current div tag
with an additional div tag in order to simulate scrolling.

svn path=/; revision=376

Add back code to use the heatchart.java method

svn path=/; revision=375

Changed Kevin McGuinness' affiliation and added a link to the orig software download

svn path=/; revision=374

Deleted unneeded files

svn path=/; revision=373

Added Web page files

svn path=/; revision=372

Updates for web page compatibility.

svn path=/; revision=371

Added webpage stuff.

svn path=/; revision=370

Added HeatChart.java and modified it from original jar file to print the species on top.  Also added some color and other options to the heatchart drawing.

svn path=/; revision=369

Fully operational image generation, independent of JHeatChart libraries.

svn path=/; revision=368

Working copy with JHeatChart.java. Puts the species axis at the bottom of the graph rather than the top.

svn path=/; revision=367

Fixed empty args error.  Also added code to print actual SQL error messages

svn path=/; revision=366

Tab Delimited File option fully functional. See tmp.txt for an example output file.

svn path=/; revision=365

Added TO (Trait Ontology) web service and db access, fixed Annotation
form bug on listing Publications (no more tilde wildcards.)

svn path=/; revision=364

Now able to handle more than one gene at a time.

svn path=/; revision=363

Species now unique and alphabetized, geneMaps properly constructed, no errors.

svn path=/; revision=362

Trying to move most of workload from java to sql. Hoping to also overcome issues with repeat species in the final list and parsing of data into heatmap format.

svn path=/; revision=361

Initial import.

svn path=/; revision=360

Fixed curr_ontology_type bug in transform_gaf, correctly switches
between ontologies in the same file during XML generation

svn path=/; revision=359

Added "Assigned By" field

svn path=/; revision=358

Can now handle "Assigned By" (GAF column 15); fixed a couple of bugs;
added "Vitis vinifera" species handling

svn path=/; revision=357

initializing miles van de wetering's file

svn path=/; revision=356

Updated to work for Vitis vinifera (grape) imports. Also handled some
"missing data" scenarios for the Gene Name and Evidence fields.

svn path=/; revision=355

modified to match non-Mac updates to config files

svn path=/; revision=354

Trac #157: closed
#149: still working on recalculating window size and placement for a new image, maybe also need to dispose annotations and segments from previous image.

svn path=/; revision=353

[Trac tickets]
Closed: 204,200,203,202,198
Held: 193,188,186
Working on Trac tickets: 149,157

svn path=/; revision=352

Memory disposal work (when opening a new file) in progress.

svn path=/; revision=351

Changed app name to SIA where necessary, re-added Exit menu option (under File), removed Tools menu dropdown

svn path=/; revision=350

remove annotated_keyword_listid column

svn path=/; revision=349

interaction db stuff

svn path=/; revision=348

renaming image_annotation to image_annotation_db

svn path=/; revision=347

image annotation database stuff

svn path=/; revision=346

sew together SSR data from 3 different sample transcriptome assemblies
, correlate via BLAST, output SSR count differentials amongst resulting orthologs >
dimer

svn path=/; revision=345

svn path=/; revision=344

documentation

svn path=/; revision=343

Coordinates saving functionality and some UI alignments. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=342

Saving annotated images functionality and UI changes. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=341

Data storage functionality completed. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=340

Added parameters to the term search web service call for prioritizing exact match and grouping branches

svn path=/; revision=339

term detail web service fix, and some temp URL testing of the next web service version

svn path=/; revision=338

Moved term detail synonyms to separate table; more debugging to to, alon with bolding the selected synonym

svn path=/; revision=337

Data retrieval functionality completed and using ontologyterm object everywhere. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=336

UI and term search web service adjustments

svn path=/; revision=335

Simple gene and expression data mapping scripts for the Rice Seed Dev
project

svn path=/; revision=334

Modified some UI functionalities and Species terms bug. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=333

Data retrieval(Fully done). Data storage(except saving boundary coordinates). Done by Nikhil.

svn path=/; revision=332

remove first \1

svn path=/; revision=331

PO web service term detail call complete; still needs UI refinement (i.e. nested list for synonyms with annotated synonym highlighted, proper horiz and vert expansion of composite) but the basics are there

svn path=/; revision=330

in progress: ontologyTerm refactoring associated with term detail web service call

svn path=/; revision=329

in progress: term details web service call

svn path=/; revision=328

pair/singleton script update

svn path=/; revision=327

bash script for creating singleton/pair

svn path=/; revision=326

illumina parse scripts

svn path=/; revision=325

Changed PO web service term_search URL: removed branch filter

svn path=/; revision=324

Moved permanently to /plantontology repo (/html/services/)

svn path=/; revision=323

changed PO aspect (branch) reference to
"plant_structure_development_stage"

svn path=/; revision=322

Made this service environment-independent. Now refers to db connection
string values with generic names.

svn path=/; revision=321

Updated "plant growth and development stage" to "plant structure
development stage"

svn path=/; revision=320

Resolved refactoring of segment label. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=319

svn path=/; revision=318

Base64 Decoding for UBio webservice. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=317

Implemented Ubio Web service integration.(yet to complete reloading functionality) Done by Nikhil.

svn path=/; revision=316

Adding an html_mocks folder for design mocks, first set of content for
PO Image Annotation popup

svn path=/; revision=315

Fix broken relative link with absolute link.  Relative would be better but because of the structure of drupal, absolute is required

svn path=/; revision=314

Limited "Recent blog posts" retrieval to 5 lines.

svn path=/; revision=313

New directory used to hold small changes to Drupal basecode. If large
changes start to pile up, consider moving to a complete SVN repo of our
Drupal install.

svn path=/; revision=312

added bullets to right nav blog posts (class item-list)

svn path=/; revision=311

Latest Commits. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=310

stylesheet adjustment for transparent banner background

svn path=/; revision=309