Restore messed up commit of inventory

svn path=/; revision=521

Remove tmp-images from svn

svn path=/; revision=520

moved files to args

svn path=/; revision=519

swaps the GBWI ids w/ GRMZ ids for Gramene web site indexing

svn path=/; revision=518

Test add to make sure Miles can commit

svn path=/; revision=517

Add web version of inventory website

svn path=/; revision=516

updated filenames for AraCyc11 conversion

svn path=/; revision=515

added multiple screens (activities), switching mechanism
updated buttons (different looks when pressed)
fixed some crash errors
new icon!
started adding items via the app
fixed some bugs that were causing data to be switched around

svn path=/; revision=514

update user interface
buttons
colors
added web posting for more information

svn path=/; revision=513

working image capture
working server interaction, displays correct information about scanned item
items can be edited through the app interface (quantity, location can be changed)
clickable linking to the web interface for detailed information

svn path=/; revision=512

scan initiates using webcam, but even though the scan appears to be successful, rather than returning to the main activity and parsing the results the webcam continues to scan indefinitely.

svn path=/; revision=511

bitmap seems to be saved, but upon opening up the gallery no photo exists.

svn path=/; revision=510

try again at saving the barcode to the photo gallery - appears to work, but then crashes after a few seconds. No photo saved.

svn path=/; revision=509

code compiles, for some reason we cannot store a bitmap to be printed. otherwise code appears to be working.

svn path=/; revision=508

working bitmap creation code

svn path=/; revision=507

no changes, just compiled the apk

svn path=/; revision=506

compiled zxing jar added

svn path=/; revision=505

*HAS ERROS*
Added PrintDialogActivity.java, and print_dialog.xml, implemented code to print qr codes via cloud print

svn path=/; revision=504

set up information passing infrastructure

svn path=/; revision=503

now makes use of IntentIntegrator, rather than just Intent

svn path=/; revision=502

svn path=/; revision=501

commit with zxing lib included

svn path=/; revision=500

first try at integrating google's barcode scanner

svn path=/; revision=499

Initial commit for lab inventory program

svn path=/; revision=498

Initial import.

svn path=/; revision=497

Begin edits on adding multi-ontology feature.

svn path=/; revision=496

Fix coding mistake from previous revision

svn path=/; revision=495

Fixed for times when no genus + species

svn path=/; revision=494

hello_world program

svn path=/; revision=493

first python program

svn path=/; revision=492

new python folder

svn path=/; revision=491

Now needs a supplied species list file.  No longer needs to be manually edited to enter species names

svn path=/; revision=490

Fixed to use dbifloret (generalizes the script so it doesn't have to be modfied by hand for each database)

svn path=/; revision=489

Added new species

svn path=/; revision=488

new script for teasing out UniProt::locus mappings for A.th.

svn path=/; revision=487

svn path=/; revision=486

Updated for AraCyc 10 run

svn path=/; revision=485

Oops, duplicate variable name

svn path=/; revision=484

Added tomato

svn path=/; revision=483

Added the create procedure statement for import_annotated_term

svn path=/; revision=482

Latest commits. All queries are changes to use stored procedures.

svn path=/; revision=481

Added new fish species

svn path=/; revision=480

updated to v0.3

svn path=/; revision=479

Updated annotated_image stored_procedure.

svn path=/; revision=478

Updated annotated_image stored procedure

svn path=/; revision=477

used stored_procedure for annotated_image table

svn path=/; revision=476

Change some insertions through stored procedures and password hiding.

svn path=/; revision=475

Updated comments in stored_procedure.sql file

svn path=/; revision=474

Added stored procedures file

svn path=/; revision=473

no longer needed; just an example

svn path=/; revision=472

Latest commits.

svn path=/; revision=471

quick stored proc db test

svn path=/; revision=470

Deleted

svn path=/; revision=469

File reorganizatio and initial checkins for data import scripts

svn path=/; revision=468

View Ontology Changes:
        - many small bug fixes
        - solved the term cut-off problem
        - solved the gene cut-off problems

svn path=/; revision=467

Added Character encoding for synonyms table

svn path=/; revision=466

svn path=/; revision=465

View Ontology Changes
        - download tab delimited file button now only includes currently
          visible terms

svn path=/; revision=464

Heatmap Changes:
        - jump to gene button is now working

svn path=/; revision=463

Heatmap Changes:
        - jump to cluster button is now working
        - jump to gene is still not

svn path=/; revision=462

View Ontology Changes:
        -jump to gene button is now working in the ontology map

- Bug detected in HeatMap: jump to cluster and jump to gene buttons are
  no longer working

svn path=/; revision=461

More changes to UI. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=460

View Ontology Changes:
        -Error messages made bigger, clearer

Info Choice Changes:
        -User now has the option of choosing sort criteria
        -Deleted a lot of old, useless code. Much nicer now.

svn path=/; revision=459

View Ontology Changes:
        -downloaded tab delimited file now has 0,0 field
        -ontologies can now be dynamically viewed or ignored

svn path=/; revision=458

svn path=/; revision=457

Add toggling between Segmentation and Labelling modes. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=456

Add TextLabels to some UI icons and removed unnecessary icons. From Nikhil.

svn path=/; revision=455

minor visual enhancements to view ontology and heatmap, mostly to do
with scrolling

svn path=/; revision=454

VO Download Changes:
        -removed excess tabs
        -couldn't find the cause of the excess newline, suspect that it
is an artifact of fwrite() function

svn path=/; revision=453

View Ontology Changes:
        -namespace selection now fully functional, error messages
updated and made relevant

Info Choice Changes:
        -namespace selection support
        -minor javascript changes

svn path=/; revision=452

View Ontology Changes:
        -now strips out any genes that haven't been annotated from the
search paramters, and doesn't display them in the ontology
        -supports cluster and box ontologies from Heatmap

svn path=/; revision=451

Info Choice Changes:
        -view ontology button now works for both box and cluster
searches

svn path=/; revision=450

View Ontology Changes:
        -download as tab delimited file fully functional
        -check boxes for selecting or deselecting downloaded terms
functional

svn path=/; revision=449

View Ontology Changes:
        -VOdownload.php made
        -download button implimented
        -downloading tab delimited file is now working

svn path=/; revision=448

View Ontology Changes:
        -check boxes are now working

svn path=/; revision=447

View Ontology Changes:
        -genes are now clickable, and take the user to the Plant
Ontology annotation search for the relevant gene
        -more detailed user instructions

svn path=/; revision=446

View Ontology Changes:
        -random column colors is working
        -columns have a color key

svn path=/; revision=445

View Ontology Changes:
        -linking to ontology term is now working
HeatMap Changes:
        -Minor refactoring

svn path=/; revision=444

View Ontology Changes:
        -legend now displays useful information
        -added evidence counts into the chart
        -distinguished between anatomy and growth terms

svn path=/; revision=443

Moved the IADB project out of Balaji's Personnel folder to the
jaiswallab/ projects level

svn path=/; revision=442

View Ontology Changes:
        -evidence count is now included in the returned mysql table; not
yet included in the actual website

svn path=/; revision=441

View Ontology Changes:
        -side scrolling
        -automatic heigth and width adjustments
        -automatic top and side offsets
        -some code refactoring
        -PO Number now included in term

svn path=/; revision=440

discovered a bunch of failings in view Ontology, fixed them
optimized the view Ontology queries so that it can now handle at least
100 times as many genes, probably more; it runs significantly faster and
uses some joins in mysql to organize the data

svn path=/; revision=439

Working copy, made some optimization changes to heatMap.php: these may
need to be debugged as time goes on. Nothing jumps out at me however.
No more funky scrollLeftOffset or scrollRightOffset

svn path=/; revision=438

working revision, including the view ontology capability. Colors changed
in the ontology viewer from blue -> yellow to blue -> green

svn path=/; revision=437

not sure if heatmap is working, wanted something to revert to

svn path=/; revision=436

Added counts for obsolete terms and total number of terms

svn path=/; revision=435

Added script that can take an obo file and tell you how many non-obsolete terms exist

svn path=/; revision=434

svn path=/; revision=433

Term printing is now woring in viewOntology.php, nothing else has
currently been implimented here. Still to do: Gene printing, cell
coloring

svn path=/; revision=432

Everything appears to be working, will now begin serious work on the
view ontology tool

svn path=/; revision=431

code for contact upload script

svn path=/; revision=430

image annotation db schema files - load sql script, workbench schema file and image

svn path=/; revision=429

html 5 based prototype for web view of image annotation data - folder contains several implemenations - decide on one later

svn path=/; revision=428

Commented out active learning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=427

Commented incomplete ActiveLearning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=426

Resolved list drop down problem in Windows machines. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=425

Included dimers, and left a commented line for equivalent SSR counts

svn path=/; revision=424

First draft

svn path=/; revision=423

Initial copy from B.sylvaticum version, unmodified.

svn path=/; revision=422