View Ontology Changes:
        -genes are now clickable, and take the user to the Plant
Ontology annotation search for the relevant gene
        -more detailed user instructions

svn path=/; revision=446

View Ontology Changes:
        -random column colors is working
        -columns have a color key

svn path=/; revision=445

View Ontology Changes:
        -linking to ontology term is now working
HeatMap Changes:
        -Minor refactoring

svn path=/; revision=444

View Ontology Changes:
        -legend now displays useful information
        -added evidence counts into the chart
        -distinguished between anatomy and growth terms

svn path=/; revision=443

Moved the IADB project out of Balaji's Personnel folder to the
jaiswallab/ projects level

svn path=/; revision=442

View Ontology Changes:
        -evidence count is now included in the returned mysql table; not
yet included in the actual website

svn path=/; revision=441

View Ontology Changes:
        -side scrolling
        -automatic heigth and width adjustments
        -automatic top and side offsets
        -some code refactoring
        -PO Number now included in term

svn path=/; revision=440

discovered a bunch of failings in view Ontology, fixed them
optimized the view Ontology queries so that it can now handle at least
100 times as many genes, probably more; it runs significantly faster and
uses some joins in mysql to organize the data

svn path=/; revision=439

Working copy, made some optimization changes to heatMap.php: these may
need to be debugged as time goes on. Nothing jumps out at me however.
No more funky scrollLeftOffset or scrollRightOffset

svn path=/; revision=438

working revision, including the view ontology capability. Colors changed
in the ontology viewer from blue -> yellow to blue -> green

svn path=/; revision=437

not sure if heatmap is working, wanted something to revert to

svn path=/; revision=436

Added counts for obsolete terms and total number of terms

svn path=/; revision=435

Added script that can take an obo file and tell you how many non-obsolete terms exist

svn path=/; revision=434

svn path=/; revision=433

Term printing is now woring in viewOntology.php, nothing else has
currently been implimented here. Still to do: Gene printing, cell
coloring

svn path=/; revision=432

Everything appears to be working, will now begin serious work on the
view ontology tool

svn path=/; revision=431

code for contact upload script

svn path=/; revision=430

image annotation db schema files - load sql script, workbench schema file and image

svn path=/; revision=429

html 5 based prototype for web view of image annotation data - folder contains several implemenations - decide on one later

svn path=/; revision=428

Commented out active learning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=427

Commented incomplete ActiveLearning code. By Nikhil.

svn path=/; revision=426

Resolved list drop down problem in Windows machines. Done by Nikhil.

svn path=/; revision=425

Included dimers, and left a commented line for equivalent SSR counts

svn path=/; revision=424

First draft

svn path=/; revision=423

Initial copy from B.sylvaticum version, unmodified.

svn path=/; revision=422

Added new sources

svn path=/; revision=421

simple entities changed from RiceCyc to reactome

svn path=/; revision=420

simple entities are from reactome databse not from ricecyc

svn path=/; revision=419

In the curated folder, three pathways related to GA Biosynthesis. Here the simple entities were changed from riceCyc source to the reactome existing entries.

svn path=/; revision=418

jump to cluster unbroken

svn path=/; revision=417

now all species requested will appear, regardless of relevance, in their
original alphanumberical order. much bug fixing. download as jpg working
again.

svn path=/; revision=416

Fixed species inclusion to show even irrelevant species if asked.
Improved summary of data.

svn path=/; revision=415

species inclusion check boxes now in a table. Revised instructions
slightly. Renamed important functions. Select and Deselect All buttons
implimented.

svn path=/; revision=414

changed support email address from ...@palea to ...@plantontology.org

svn path=/; revision=413

updated icons for AISO rename

svn path=/; revision=412

Initial commit of Sushmas rtpjs

svn path=/; revision=411

Added folder for Sushma

svn path=/; revision=410

svn path=/; revision=409

changed from SIA to AISO

svn path=/; revision=408

svn path=/; revision=407

Species inclusion now working for webpage only. Clear box added.

svn path=/; revision=406

updated Heatmap.jar to reflect the same color scheme as the website.
species elimination working.

svn path=/; revision=405

Species elimination finally working, only from Main Page though. now
should be usable for further publications.

svn path=/; revision=404

added correctly sized and moving scrollbar

svn path=/; revision=403

svn path=/; revision=402

check boxes no longer disappear after they have been checked, the list
of species is static

svn path=/; revision=401

check boxes for removing species from the heat map

svn path=/; revision=400

species elimination working, must be known before heatmap is generated.
next update hopefully will have checkboxes.
`

svn path=/; revision=399

Trac #197 and 282

svn path=/; revision=398

Removing old copy of SIA project. "Annotation" is the correct project.

svn path=/; revision=397

Added note about required internet connection

svn path=/; revision=396

svn path=/; revision=395

Changed "apply markup now" icon to running man (avoids conflicts w/ the "Form segment" gears icon), more help doc revisions

svn path=/; revision=394

text revisions

svn path=/; revision=393

Revised help doc. Added "beta" to app name.

svn path=/; revision=392

Help URLs revised.

svn path=/; revision=391

Started revisions on the help doc, pointed at a new helpURL location, and revised wording on the SaveReminder dialog.

svn path=/; revision=390

Revised the clearing of the curator, species, and term selection combo boxes in resetView()

svn path=/; revision=389

Close and Save Reminder f(x) implemented.

svn path=/; revision=388

Tested the Close action. Drafted the Close dialog.

Save action from Close action works, but only when hard-wired.

Next: Return user choice from SaveReminder dialog to Close action.

svn path=/; revision=387

Close Action progress. Now just need to build Close action dialog and trigger Save action when requested.

svn path=/; revision=386

Comment clean-up, changed "Command-W" to "Ctrl-W" on Windows actions.props

svn path=/; revision=385

new application icons

svn path=/; revision=384

Updated image for About dialog

svn path=/; revision=383

Added OS license text and image to About dialog.

svn path=/; revision=382

License image for open source software designation.

svn path=/; revision=381

Added a folder to contain the Plant Reactome project and a subfolder for
the rice reactome curation data (pathways, etc.)

svn path=/; revision=380

test svn commits

svn path=/; revision=379

Two tickets in progress: Trac #149, 188.

Save and Close not done yet.

Object clearing associated with file-switching is improved, but not complete.

svn path=/; revision=378

Test commit

svn path=/; revision=377

Final modifications. Working download link and image generation. Notes
for future: Downloadable image doesn't have special grey and gold
squares representing 0 and 1 genes, respectively. Possibility of
modification later. If the visual effects of the scroll bars on
heatMap.php page becomes an issue, consider surrounding current div tag
with an additional div tag in order to simulate scrolling.

svn path=/; revision=376

Add back code to use the heatchart.java method

svn path=/; revision=375

Changed Kevin McGuinness' affiliation and added a link to the orig software download

svn path=/; revision=374

Deleted unneeded files

svn path=/; revision=373

Added Web page files

svn path=/; revision=372

Updates for web page compatibility.

svn path=/; revision=371

Added webpage stuff.

svn path=/; revision=370

Added HeatChart.java and modified it from original jar file to print the species on top.  Also added some color and other options to the heatchart drawing.

svn path=/; revision=369

Fully operational image generation, independent of JHeatChart libraries.

svn path=/; revision=368

Working copy with JHeatChart.java. Puts the species axis at the bottom of the graph rather than the top.

svn path=/; revision=367

Fixed empty args error.  Also added code to print actual SQL error messages

svn path=/; revision=366

Tab Delimited File option fully functional. See tmp.txt for an example output file.

svn path=/; revision=365

Added TO (Trait Ontology) web service and db access, fixed Annotation
form bug on listing Publications (no more tilde wildcards.)

svn path=/; revision=364

Now able to handle more than one gene at a time.

svn path=/; revision=363

Species now unique and alphabetized, geneMaps properly constructed, no errors.

svn path=/; revision=362

Trying to move most of workload from java to sql. Hoping to also overcome issues with repeat species in the final list and parsing of data into heatmap format.

svn path=/; revision=361

Initial import.

svn path=/; revision=360

Fixed curr_ontology_type bug in transform_gaf, correctly switches
between ontologies in the same file during XML generation

svn path=/; revision=359

Added "Assigned By" field

svn path=/; revision=358

Can now handle "Assigned By" (GAF column 15); fixed a couple of bugs;
added "Vitis vinifera" species handling

svn path=/; revision=357

initializing miles van de wetering's file

svn path=/; revision=356

Updated to work for Vitis vinifera (grape) imports. Also handled some
"missing data" scenarios for the Gene Name and Evidence fields.

svn path=/; revision=355

modified to match non-Mac updates to config files

svn path=/; revision=354

Trac #157: closed
#149: still working on recalculating window size and placement for a new image, maybe also need to dispose annotations and segments from previous image.

svn path=/; revision=353

[Trac tickets]
Closed: 204,200,203,202,198
Held: 193,188,186
Working on Trac tickets: 149,157

svn path=/; revision=352

Memory disposal work (when opening a new file) in progress.

svn path=/; revision=351

Changed app name to SIA where necessary, re-added Exit menu option (under File), removed Tools menu dropdown

svn path=/; revision=350

remove annotated_keyword_listid column

svn path=/; revision=349

interaction db stuff

svn path=/; revision=348

renaming image_annotation to image_annotation_db

svn path=/; revision=347