Fix missing tab in last column

svn path=/; revision=648

final edits to map CO-TO

svn path=/; revision=647

Removed lines to CO_334:0000010- # of plants harvested.  Metadata not trait.

svn path=/; revision=646

Adding cassava trait file with TO annotations

svn path=/; revision=645

moved "isolated_from_germplasm" relation from column 16 to column 8 (with/from)

svn path=/; revision=644

removed empty test folders

svn path=/; revision=643

changed names to include database "GRIN"

svn path=/; revision=642

added rice and lentil germplasm assoc files to main folder from test folder

svn path=/; revision=641

moved rice and lentil germplasm assoc files out of test folder for loading

svn path=/; revision=640

Moved the TO_IMP files from PPPP to main folder

svn path=/; revision=639

Changed Assigned by from POC:Ethan_Johnson to Ethan Johnson to be consistent

svn path=/; revision=638

added the !gaf-version: 2.0 first line back.≈

svn path=/; revision=637

moved "isolated_from_germplasm(Nipponbare)" to column 8 in po_growth_gene_oryza_poc.assoc

svn path=/; revision=636

Changed aspect code from S to A

svn path=/; revision=635

Fixed typo on line #91

svn path=/; revision=634

Fix gaf-version header

svn path=/; revision=633

Changed object type "Protein" to "protein"

svn path=/; revision=632

Removed spaces after object type "gene"

svn path=/; revision=631

Change expressed_under relation to in_presence_of

svn path=/; revision=630

Change taxon id to one that works

svn path=/; revision=629

Fixed 'stock" to "germplasm"

svn path=/; revision=628

Fixed Ethan Johnson! assigned by column.

svn path=/; revision=627

Removed NA from Col8

svn path=/; revision=626

Fixed Gene- should be "gene"

svn path=/; revision=625

Fixed Aspect code

svn path=/; revision=624

Commented out line with missing TO term

svn path=/; revision=623

Add gaf-version header since these files are gaf 2.0

svn path=/; revision=622

Remove version header as this isn't actually a gaf 2.0 file

svn path=/; revision=621

added "GRIN" to column 6 of lentil assoc file.

svn path=/; revision=620

Added PMID to column 6

svn path=/; revision=619

Fix missing columns

svn path=/; revision=618

-commented out lines with missing data.

svn path=/; revision=617

updated headers of gaf files to include "!gaf-version: 2.0\n"

svn path=/; revision=616

-commented out lines with missing data.

svn path=/; revision=615

Commented out lines with missing data.

svn path=/; revision=614

Added lentil germplasm annotation file created from data downloaded from GRIN

svn path=/; revision=613

Fix extra bracket in column 16

svn path=/; revision=612

- Removed test file Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_O.sativa-new.assoc
- modified  Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc to nromalize line endings
- Commented out lines with missing data in 'Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc'

svn path=/; revision=611

Fix broken relations in column 16 and missing columns

svn path=/; revision=610

Add extra tabs to last line that were missing

svn path=/; revision=609

Add tab to get 17 columns

svn path=/; revision=608

Changed taxon id to one that works for Physcomitrella

svn path=/; revision=607

Add gaf-version header and fix number of columns

svn path=/; revision=606

Changed aspect column to "T" from "TO".  Should be last change.

svn path=/; revision=605

Add gaf version header

svn path=/; revision=604

Fix all loading errors, which included adding version headers, commenting out lines with nothing in column 2, remove Windows line endings and random spaces, and added extra tabs

svn path=/; revision=603

updated rice germplasm annotation file, removed individual annotation files.

svn path=/; revision=602

updated new annotation files, added them to the concatenated file.

svn path=/; revision=601

Remove unnecessary tabs from last column

svn path=/; revision=600

Fix loding errors in AmiGO2

svn path=/; revision=599

Remove extra columns from header

svn path=/; revision=598

Add "taxon:" to taxon column

svn path=/; revision=597

Remove gaf-version tag from header, file isn't actually 2.0

svn path=/; revision=596

Change Physcomitrella taxon id to one that works

svn path=/; revision=595

Messed up adding the "taxon:", it shouldn't have been on the header line, caused the warnings about how many columns there were to come back.

svn path=/; revision=594

Removed extra column 18, added gaf-version header and fixed taxon column (13) to have "taxon:"

svn path=/; revision=593

Added gaf-version header line to make warnings go away when loading in Amigo.

svn path=/; revision=592

Removed individual annotation files, replaced them with concatenated version- to_germplasm_rice.assoc

svn path=/; revision=591

Removed lines in TO_IMP_gene_O.sativa.assoc and saved as TO_IMP_gene_O.sativa-new.assoc

svn path=/; revision=590

Adding cassava data files for reference

svn path=/; revision=589

Adding cassava germaplsm annotations from Genesys

svn path=/; revision=588

Fixed file names for TO_PPPP files
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_G.max.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_O.sativa.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_M.truncatula.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_G.max.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_M.truncatula.assoc
D    Test_PPPP_TO/TO_ontology_IMP_gene_O.sativa.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_S.lycopersicum.assoc
A  + Test_PPPP_TO/TO_IMP_gene_Z.mays.assoc

svn path=/; revision=587

changed aspect to T from branch identifiers in PPPP TO files

svn path=/; revision=586

Added a couple missing TO annotations.

svn path=/; revision=585

added test files to test column 9 (Aspect).  Added DB object name as the germplasm name

svn path=/; revision=584

Added blast annotation file back

svn path=/; revision=583

removed blast annotation file testing the use of column8.

svn path=/; revision=582

Adding test folder for cassava annotations

svn path=/; revision=581

changed from_country annotation to column 8, and left has_phenotype_score in column 16

svn path=/; revision=580

Removed '\n' from protein_trait_annotation.tsv

svn path=/; revision=579

Fixed line errors in files.  Testing column 8 in blast2_trait_annotation.tsv

svn path=/; revision=578

Files should no longer be empty!!!

svn path=/; revision=577

this time I actually added the gaf files.

svn path=/; revision=576

Removed old test_rice_blast_annotation.tsv, and replaced with current 'blast_trait_annotation.tsv'.  Also added annotation file for all other traits annotated via NSF.PROJECT.OBS experiment: https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/method.aspx?id=494436

svn path=/; revision=575

Added a test_germplasm folder to store test annotation files for germplasm with annotations to traits in the TO

svn path=/; revision=574

Replace GR_tax ids with corresponding NCBI ones

svn path=/; revision=573

Remove all .txt files as they have been superceded by .gaf files.  Fix header in all .gaf files (was missing "!"), and rename all files to .assoc.  Files were originally downloaded from Gramene Sep 14 2014.

svn path=/; revision=572

Updated zip file to have all association files in release #21

svn path=/; revision=571

Replace references to "Ethan Johnson" and "Brian_Atkinson" to have "POC:" in front to make it clear who added the annotations

svn path=/; revision=570

Change association to alt_id PO:0007617 to PO:0007616 (flowering stage)

svn path=/; revision=569

Revert back to non-empty revision.  Automatic commit from TAIR was messed up and had no associations.

svn path=/; revision=568

Fix typo: GRR should have been GR

svn path=/; revision=567

changed line 1476  in po_anatomy_stock_arabidopsis_nasc.assoc file to use PO:0009029 instead of the alt_id PO:0006472 that was causing issues.

svn path=/; revision=566

Remove space in column 16

svn path=/; revision=565

Fix missing end parantheses in column 16.  Was causing errors trying to load in AmiGO.

svn path=/; revision=564

Fix extra pipe symbols in column 16 that were causing load errors in AmiGO

svn path=/; revision=563

Fix missing parantheses in column 16 on some lines

svn path=/; revision=562

revised line 441 to fix issue with blank col_7

svn path=/; revision=561

Removed 2 blank lines

svn path=/; revision=560

changed names of PO_* to be lowercase po_*. keeps the names consistent.

svn path=/; revision=559

removed 11 exact duplicate rows from PO_growth_gene_model_li_zea_mays.assoc

svn path=/; revision=558

Move soy qtl file out of testing

svn path=/; revision=557

Removing empty test folders

svn path=/; revision=556

Removing empty test folder

svn path=/; revision=555

Duplicate removal of maize association files using deldupe() R script.
PO_ontology_IMP_gene_Z.mays.assoc:
No relative dupes were found
 2  exact dupes were removed
po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc:
 5  exact dupes were removed
 232  relative dupes were removed
po_anatomy_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed
po_anatomy_stock_zea_MaizeGDB.assoc:
 69  exact dupes were removed
 69  relative dupes were removed
po_growth_genemodel_zea_MaizeGDB.assoc:
No relative dupes were found
 0  exact dupes were removed

svn path=/; revision=554

Added eight lines that were in the PO file and referred to the obsoleted term PO:00200008 which was changed to GO:0043668.

svn path=/; revision=553

Removed lines referring to PO:0020008, which is the obsolete term 'exine'.  Moved revised lines to GO_anatomy_IMP_gene_arabidopsis.assoc.

svn path=/; revision=552

Move files out of test_leaf_dev and test_PPPP_PO folders to main folder.

svn path=/; revision=551

po_anatomy_gene_zea_MaizeGDB.assoc file was loaded into R and the deldupe() function was performed.  The deldupe() function performs these operations:  1. Removes any line in the assoc file that has an exact duplicate (includes all 16 columns in step 1). 2. Identifies any lines in the association file that has relative duplicates (relative duplicates are rows where everything in columns 1 through 15 are exactly the same, but the row has different values in column 16.) 3. Removes any relative duplicate rows that contain "-" in column 16. 4. performs a check to see if the expected number of rows are removed.

svn path=/; revision=550

Changed column 8 to have MaizeGDB: in the from part to fix how it shows up in AmiGO

svn path=/; revision=549